於是在麥哲倫的航行日記上留下很不光彩的一頁。
船隊再往西行，來到現今的菲律賓群島。此時，麥哲倫和他的同伴們終於首次完成橫渡太平洋的壯舉，證實了美洲與亞洲之間存在著一片遼闊的水域。這個水域要比大西洋寬闊得多。哥倫布首次橫渡大西洋隻用了一個月零幾天的時間，而麥哲倫在天氣晴和、一路順風的情況下，橫渡太平洋卻用了一百多天。
麥哲倫首次橫渡太平洋，在地理學和航海史上產生了一場革命。
證明地球表麵大部分地區不是陸地，而是海洋，世界各地的海洋不是相互隔離的，而是一個統一的完整水域。這樣為後人的航海事業起到了開路先鋒的作用。
之後在麥哲倫的船隊在菲律賓群島的馬薩瓦登陸，為西班牙在太平洋找到第一個同盟者。在宿務島，使地方統治者及其官員們皈依天主教。不到兩個月之後，4月27日麥哲倫在麥克坦島上與當地人作戰時被殺。麥哲倫死後，隻有兩條船到達摩鹿加，而隻有“維多利亞”號於1522年9月由埃爾卡諾指揮回到西班牙。生還者還有另外17名歐洲人和4名印第安人。埃爾卡諾從太平洋繞好望角回到大西洋，證明地球是圓的。
麥哲倫的死說法不一，下麵這個“麥哲倫企圖利用當地部族間的矛盾來達到他的目的，卻在一次衝突中被殺害”的版本最為廣泛流傳。
據說，有一天，麥哲倫船隊來到薩馬島附近一個無人居住的小島上，以便在那裏補充一些淡水，並讓海員們休整一下。鄰近小島上的居民前來觀看西班牙人，用椰子、棕櫚酒等換取西班牙人的紅帽子和一些小玩物。幾天以後，船隊向西南航行，在棉蘭老島北麵的小島停泊下來。當地土著人的一隻小船向“特立尼達”號船駛來，麥哲倫的一個奴仆恩裏克用馬來西亞語向小船的槳手們喊話，他們立刻聽懂了恩裏克的意思。恩裏克生在蘇門答臘島，是12年前麥哲倫從馬六甲帶到歐洲去的。兩個小時後，駛來了兩隻大船，船上坐滿了人，當地的頭人也來了。恩裏克與他們自由地交談。這時，麥哲倫才恍然大悟，現在（1519年）又來到了說馬來語的人們中間，離“香料群島”已經不遠了，他們快要完成人類曆史上首次環球航行了。
島上的頭人來到麥哲倫的指揮船上，把船隊帶到菲律賓中部的宿霧大港口。麥哲倫表示願意與宿霧島的首領和好，如果他們承認自己是西班牙國王的屬臣，還準備向他們提供軍事援助。為了使首領信服西班牙人，麥哲倫在附近進行了一次軍事演習。宿霧島的首領接受了這個建議，一星期後，他攜帶全家大小和數百名臣民作了洗禮，在短時期內，這個島和附近島上的一些居民也都接受了洗禮。
麥哲倫成了這些新基督徒的靠山。為了推行殖民主義的統治，他插手附近小島首領之間的內訌。夜間，他帶領60多人乘三隻小船前往小島，由於水中多礁石，船隻不能靠岸，麥哲倫和船員50多人便涉水登陸。不料，反抗的島民們早已嚴陣以待，麥哲倫命令火炮手和弓箭手向他們開火，可是攻不進去。接著，島民向他們猛撲過來，船員們抵擋不住，邊打邊退，島民們緊緊追趕。麥哲倫急於解圍，下令燒毀這個村莊，以擾亂人心。島民們見到自己的房子被燒，更加憤怒地追擊他們，射來了密集的箭矢，擲來了無數的標槍和石塊。當他們得知麥哲倫是船隊司令時，攻擊更加猛烈，許多人奮不顧身，紛紛向他投來了標槍，或用大斧砍來，麥哲倫就在這場戰鬥中被砍死。
從1519年9月到1922年9月，麥哲倫和他的船員們，花了整整3年的時間，終於完成人類的第一次環球一周的航行。麥哲倫雖然死去了，但是他對後世航海和科學事業所做的貢獻，卻是讓我們每一個人都不能忘記的。
麥哲倫的突出貢獻不在於環球航行本身，而在其大膽的信念和對這一事業的出色指揮。他是第一個從東向西跨太平洋航行的人。他以3個多月的航行，改變了當時流行的觀念：從新大陸乘船向西隻消幾天便可到達東印度。麥哲倫船隊的環球航行，用實踐證明了地球是一個圓體，不管是從西往東，還是從東往西，毫無疑問，都可以環繞我們這個星球一周回到原地。這在人類曆史上，永遠是不可磨滅的偉大功勳。
麥哲倫航線被許多人認為是迄今為止世界上最有價值的海洋探險，雖然他得到了後世人的稱頌，但在他所生活的年代卻飽受苦難與不被理解的難堪之中。在他死後，西班牙對這個戰功卓著的外鄉人不屑一顧，而葡萄牙人因麥哲倫叛逃出去幫助敵國效力也懷恨在心，甚至有人覺得他客死他鄉是罪有應得，所以這位偉大的航海家在兩國的地位非常之低，以至於現在的西葡兩國都沒有專門紀念他的博物館或者雕像等。