1513年2月進行的占領亞丁的行動不那麼順利，因為地形不熟，加之準備不足，缺乏淡水，而且航行所必須的天氣情況也不利，要麼沒風要麼是暴風雨，所以葡萄牙摧毀了停泊在亞丁的船隻，炮轟了亞丁城後就撤離了。
經過一年的準備，1515年2月，阿爾布克爾克率領27艘大船，1500名葡萄牙人士兵和幾百名土著人又重新開始了軍事行動。他有三個目的：占領霍爾木茲，重新占領亞丁，如果有可能從陸路去摧毀麥加。
在霍爾木茲，被波斯人控製的國王懾於阿爾布克爾克的武力和殘酷的名聲投降了，國王繳納了1.25萬金謝拉芬，歸還了葡萄牙的要塞，另外還親自在宮殿中升起了葡萄牙旗幟。阿爾布克爾克幫助國王擺脫了波斯人的控製，並留下了一支強大的軍隊駐紮。
阿爾布克爾克一麵建立在印度洋上的霸權，一麵又派人向東去探索真正的香料群島——摩鹿加群島。摩鹿加群島，舊稱馬魯古群島，位於今天印度尼西亞群島東北部，麵積7.4萬平方公裏，由大約1000個小島組成，氣候炎熱潮濕，適於香料作物的生長，這裏生產的香料，香味濃鬱，質地優良。
1511年，安東尼奧·德·阿布雷烏率領3艘船偵察摩鹿加群島，在完成任務返航時，一艘船觸礁沉沒，船長弗朗西斯科·塞爾旺獲救，被帶到了摩鹿加群島的特爾納特島，後來他擔任了蘇丹顧問。塞爾旺設法使蘇丹與葡萄牙結盟，1521年，葡萄牙在此修建了炮台等軍事設施，後來又步步推進，1522年占領雅加達，1545年又在萬丹建立了貿易中心。並且在1562年和1564年，安汶和特爾納特先後成了葡萄牙的屬地。這樣葡萄牙終於完全控製了香料群島，在東方建立起了以果阿、霍爾木茲和馬六甲為核心的東方貿易網絡。
此時的西班牙借助麥哲倫的環球航行，通過南美洲南部也到達了亞洲。麵對香料群島，西班牙人垂涎三尺。由於沒有計算摩鹿加群島地理坐標的可靠方法（這一問題直到18世紀才解決），葡萄牙和西班牙都聲稱根據《托爾德西拉斯條約》摩鹿加群島在自己的勢力範圍內。兩國開始了激烈爭奪，為此還爆發了小規模衝突，即使教皇出麵調解也沒有什麼作用。直到1529年，由於同英國和法國作戰，陷入了財政危機，西班牙不得不向葡萄牙貸款，並同意了葡萄牙提出的放棄爭議群島一切權利的條件。1529年4月，兩國簽訂了《薩拉戈薩條約》，西班牙放棄了對摩鹿加群島的主張，並接受了兩國在東方的分界線，即在摩鹿加群島以東17度的子午線。
阿爾布克爾克一生的結局是痛苦和不體麵的。盡管阿爾布克爾克不斷地為葡萄牙在亞洲的事業建立功勳，但國內的政治形勢卻日益對他不利，有謠言說他懷有巨大的野心，想當果阿總督，把亞洲變成他的私人領地。這些謠言被他的對手利用，國王聽信了讒言，任命與他有私仇的洛波·蘇亞雷斯·德·阿爾貝加裏亞為印度總督。聽到這個消息後，本已染病的他一病不起，1515年12月就在返回果阿的船上死去了，年僅53歲。
其實，阿爾布克爾克有一個宏偉的計劃，但是死前都沒有實現。
在他死時僅有亞丁沒有攻占，但問題在於葡萄牙的國力太弱了，實行這樣的計劃有些力不從心。本來後麵的總督是有機會補救的，但他們的才能都遠遠不及阿爾布克爾克。1516年，在國王的一再要求下，蘇亞雷斯率領由37艘戰船和1800人組成了龐大艦隊向亞丁出發，但由於指揮官的無能和惡劣天氣的影響，行動失敗了，這支艦隊的大部分船隻沉沒，一半的人因各種原因死去。蘇亞雷斯在亞洲做的唯一一件有影響的事是在錫蘭的科倫坡修建了一個要塞，並強迫錫蘭國王納貢。
阿爾布克爾不愧“東方凱撒”這個稱號，他不僅征服了果阿和馬六甲，他還控製了東方航路，並且提出建築要塞、安置移民等措施，為葡萄牙王國在東方的霸權奠定了基礎。他一生的偉績值得後世為之傳頌。
“第一個擁抱地球的人”
麥哲倫是世界上第一位駕船環繞地球的人，首次在阿根廷、智利之間開辟了麥哲倫海峽，接著探險橫穿太平洋到達亞洲菲律賓群島，又創造了環繞地球新航線的新奇跡。人們因此親切地稱他為“第一個擁抱地球的人”。
1480年，麥哲倫出生在葡萄牙北部波爾圖一個破落的騎士家庭裏，屬於四級貴族子弟。他的父親叫路易·德·麥哲倫，是個小貴族，母親叫阿爾達·梅斯桂塔。他10歲時進王宮服役，16歲進入國家航海事務廳。麥哲倫年輕時就對航海十分神往，年輕時的夢想為他今後環航地球提供了強大的精神支柱。
1505年參加葡萄牙海軍去印度作戰。雖然葡萄牙在非洲東海岸及印度西海岸作戰勝利，從而打破了印度洋上的穆斯林勢力，也從阿拉伯人手中奪取了海上貿易控製點，但沒能控製馬六甲，其成就還欠完美。為此，1511年參加攻占馬六甲之役。東方的財富經過馬六甲流入西方世界的港埠，葡萄牙因控製了馬六甲海峽，掌握了通往馬來西亞海域與港口的鑰匙。但還需要向香料群島、產生財富的摩鹿加群島探險。因此於1511年12月作一次偵察航行，到達班達島後，帶了一批香料於1512年回裏斯本，次年隨軍攻打摩洛哥要塞阿薩莫爾，因受傷成終身跛腳。1514年回國後兩次上奏國王要求晉級和增加年金，均被拒絕。