一周後探險隊就望見了加那利群島以及佛得角群島。但接下來的航程卻發生了變化。以前，沿非洲大陸南航的葡萄牙船隻，從來都是靠近或者貼著海岸行駛的，達·伽馬起初也是這麼做的。當船隊航行到剛果河以南海區時，達·伽馬發現有一股向北的海流使行船速度大大減慢。為了不影響整個航程，他果斷地放棄貼靠海岸航行的傳統航線，而是下令船隊使入南大西洋深處，順著西南季風海流航行。這樣的做法盡管有些風險，但卻找到了一條從歐洲到達非洲大陸南端的最便捷航線。
8月，各船相繼到達佛得角的聖地亞哥島，迪亞士與達·伽馬分手，沿非洲海岸前往米納。達·伽馬船隊在當地停留一個星期，進行了小規模的修補並補充了淡水。爾後，按照迪亞士的建議，船隊離開海岸，深入南大西洋航行。從8月3日至11月8日，船隊在茫茫海洋中航行了整整3個月，最後，西風將船隊吹送到了好望角附近。在選擇好了合適的登陸地點之後，達·伽馬決定在一個海灣拋錨，並將之命名為聖·埃列娜灣。
在聖·埃列娜灣，達·伽馬船隊與當地的黑人建立了和平的接觸，並送給他們許多禮物。不久，船隊拔錨起航，繼續向東航行，來到了非洲東海岸的聖布拉斯灣。達·伽馬下令燒掉了運輸補給品的小船，將船上的水手和貨物分配到其他船上。達·伽馬一行與當地的黑人友好相處，用軟帽和金屬鏈交換了當地人的象牙手鐲，並在此立下了第1根石柱。12月25日，他們在航行中望見了一片陸地，並將其命名為納塔爾。1498年1月11日，船隊在今莫桑比克境內一條河口處拋錨。因當地人的友善，達·伽馬將所到之地稱為“好人地”，把一條水色呈青銅色的河流命名為“青銅河”（今名伊尼亞裏梅河）。達·伽馬一行與當地人進行了友好的接觸，兩名水手還在當地人的草房裏睡了覺，這是自出航以來第一次在陸地上睡覺。
5天之後，刮起了順風，船隊長下令起航。為了避開流向陸地的海流，船隊離開海岸，繼續向北航行，遠遠經過了著名的索法拉港口。
1月22日，船隊的水手們望見了一片長滿樹木的平原和一條河口很寬的河流。達·伽馬的人與當地人民進行了友好的接觸，了解到摩爾人乘大船在印度與索法拉之間南來北往的重要消息，阿拉伯語言成為貿易活動中的溝通工具。這些消息使達·伽馬相信，此次航行的目的地印度已經不遠了。於是，就把這條河命名為“吉兆河”。他們在此河口停留了32天，完成常規性的任務：修理船隻、補充給養、治療傷員。出發前，達·伽馬留下了經過此地的標誌：聖拉法埃爾碑。
3月2日，船隊來到了南緯15度的莫桑比克港。在此，達·伽馬了解到了當地的居民構成、與印度的貿易關係和貿易貨物等重要信息。
這使他更加確信，離印度不會太遠了。同時，他也認識到，必須找一個領航員。為此，達·伽馬給莫桑比克島的蘇丹送去禮物，結果得到了一名領航員。臨行前，達·伽馬船隊遭到了當地人的襲擊，因為他們知道了新來者是他們在貿易上的競爭對手。有效的反擊之後，船隊得以脫離危險，繼續航行。4月7日，船隊來到了位於南緯4度的蒙巴薩。鑒於當地事先得到了消息，並做好了進攻的準備，為了避免衝突，達·伽馬決定離開該港口。4月13日，船隊從蒙巴薩北上，太陽落山時，抵達了馬林迪。達·伽馬派人與當地的國王交換了禮品，並與該國王相約在船上進行了交談，達成諒解，對方答應派一位經驗豐富的領航員，帶領船隊前往印度。馬林迪是達·伽馬船隊在非洲的最後一站。
4月24日離開馬林迪以後，航行進入最後階段，也是最關鍵的階段。讓達·伽馬一行感到快慰的是，派給他們的這位阿拉伯領航員態度和藹，知識豐富。他用地圖和定向儀器帶領葡萄牙人沿著一條安全的航道行進。
達·伽馬率領船隊在南大西洋中繞了半個大圈，迤邐南行。1498年3月，船隊到達莫桑比克後，繼續北航至斯瓦希裏海岸美麗的馬林迪。達·伽馬驚喜地看到港內停泊著四艘來自印度的大帆船，意味著從這裏可以直航印度了。實際上，當他繞過好望角，越過莫桑比克海峽時，葡萄牙人就已經踏上了古代東西方之間的“海上絲綢之路”了。
就在前不久，著名航海家鄭和曾率領龐大的明朝船隊，不止一次到達這裏，創造了世界航海史上的壯舉。
4月24日離開馬林迪以後，航行進入最後階段，也是最關鍵的階段。讓達·伽馬一行感到快慰的是，派給他們的這位阿拉伯領航員態度和藹，知識豐富。他用地圖和定向儀器帶領葡萄牙人沿著一條安全的航道行進。1498年5月28日，船隊順利抵達印度西海岸的卡利卡特，在此豎起了第3根石柱。卡利卡特國王在王宮接見了達·伽馬。
達·伽馬向國王講述了他為了找到通往印度的航線而進行的多次航行，介紹了葡王的強大，表達了建立貿易關係的願望，還說自己是國王的使節。雙方接觸的開端似乎是良好的。