隨著海上交通網絡的建立，葡萄牙在沿途建立貿易中轉站，戰略據點，壟斷海上航線同時以此為據點開始對沿途陸地的殖民活動，來自非洲和巴西的大量黃金源源不斷的運回葡萄牙本土，而通過掠奪、戰爭俘虜和購買的非洲黑奴則被賣到包括葡萄牙本土和其海外殖民地上種植糧食、棉花、染料、甘蔗等作物來為他們生產商品，同時，它所占有的廣闊的殖民地又為葡萄牙提供了巨大的市場。這樣，在曼努埃爾統治時期，葡萄牙在亞洲、非洲和拉丁美洲的廣闊土地上建立起了一個龐大的殖民帝國，它從一個僅有少數島嶼屬地的歐洲小國發展成為第一個世界性的大帝國。
1460年亨利王子病逝，標誌著葡萄牙海上探險一個偉大時代的結束。亨利王子雖然一生中隻有4次海上航行經曆而且都是在熟悉海域的短距離航行，但他仍無愧於“航海家”的稱號，是他組織和資助了最初持久而係統的探險，也是他將探險與殖民結合起來，使探險變成了一個有利可圖的事業。他推動了葡萄牙邁出了歐洲的大門，到未知世界進行冒險。
亨利王子去世時，葡萄牙已把從直布羅陀到幾內亞約3500公裏長的西非海岸線納入版圖當時的國際法規定對領土的取得是“先占原則”，即誰發現誰占有。這本身就是歐洲人的一種強盜邏輯，因為當地已有居民居住，歐洲人無權排除他們的權利。隨著探險的不斷深入，探險者的目光越來越遠大，不僅限於探索非洲的奧秘，繞過非洲大陸南端，發現通往印度的新航線漸漸成為主要目標。盡管此時的探險已變得有利可圖，但國王阿方索五世對此不感興趣，他的注意力集中在直布羅陀海峽對麵的摩洛哥，所以他把探險委托給私人進行。1469年，阿方索和富商戈麥斯達成5年協議：戈麥斯壟斷幾內亞的貿易權，但他必須每年向國王繳納20萬雷阿耳，並且從塞拉裏昂開始以每年100裏格（1裏格＝6269米）的速度進行探險。不久以後，戈麥斯的船長們便把一船船的奴隸、象牙、黃金帶回葡萄牙，黃金海岸、象牙海岸、穀物海岸等等地名也相繼出現了。在現在的貝寧他們還發現了非洲胡椒，從此葡萄牙開始了香料貿易。戈麥斯在壟斷中大發橫財。
雖然他的目的是純商業的，但戈麥斯仍不失為一個真正的探險家。在協議期滿時，他的艦隊已到達幾內亞灣東端，為葡萄牙征服了近3000公裏長的海岸線，是亨利王子一生探險的總和。
亨利是一位令後人敬仰也被後人詬罵的傑出人物。他的業績是封建主義與早期資本主義嵌合期中所特有的。他是虔誠的基督教徒，並以騎士風度光耀一生，他又是從古希臘文明中竊得一隻火炬照亮大西洋海岸的“普羅米修斯”；他是用科學武裝了頭腦的早期殖民事業的領袖，又是敢於向世界之謎挑戰的探險事業的英雄。在40年的有組織的航海活動中，葡萄牙成了歐洲的航海中心，他們建立起了世界上第一流的船隊，擁有第一流的造船技術，培養了一大批世界上第一流的探險家或航海家，他為葡萄牙興建了最早的天文台，建立了航海學校，創設了航海服務工廠，訓練了一大批地圖繪製人員和研製航海用具的人員，更積累了大量的航海資料。如果沒有亨利這一切是不可能出現的。
亨利終年66歲。曆史學家都評價說，無論對葡萄牙還是對整個歐洲，他的一生及其事業的重要性是無法估量的。從他的航海時代起，每一個從事地理大發現的人，都是沿著他的足跡前進的。
將印度“收入囊中”
經過無數次連續性的探險活動，葡萄牙人建立了深入大西洋的前哨陣地；海外拓植已由少數人的自發性行動，演變成一種在一定權力支持下、有領導有組織的持續不斷的運動，初步形成了各階層聯合擴張的格局。
尤其值得一提的是，隨著海外探險活動的推進，經濟聯係也不斷擴展，葡萄牙人在加那利、馬德拉、亞速爾從事最初的殖民墾殖活動，購買這裏的蔗糖、酒和穀物。直接的經濟關聯甚至擴伸到撒哈拉沙漠以南的黑非洲，這裏出產的穀物、黃金，甚至奴隸成為交易對象。西歐人對海外資源的追求更加迫切，擴張大西洋已顯示出有利可圖的利潤前景。直到15世紀末期，西班牙、葡萄牙兩國終於掀起了打通世界航線的航海高潮。
亨利王子去世之後，葡萄牙政府繼續推進沿非洲西部海岸向南部航行的探險活動。1469年，唐·阿豐索五世與裏斯本的商人資本家費爾南·戈麥斯簽定合同，授予他與非洲西海岸居民進行貿易的專有權，條件是，他必須每年沿海岸至少發現100裏格，並每年向王室交納20萬雷阿爾的款項。在合同期內，戈麥斯組織了航行，先後發現了從塞拉利昂到聖卡塔莉娜角的土地，包括米納、聖多美和普林西比諸島以及費爾南·多波島。在最後一次的航行中，指揮者西格拉第一次越過了赤道。
費爾南·戈麥斯的合同結束後，唐·若昂親王親自擔負起海上探險活動的組織工作。他首先組織艦隊保衛幾內亞沿岸免受西班牙人的進攻。經過努力，1478年，葡西兩國簽定了阿爾卡索瓦條約，其中規定：葡萄牙永遠放棄對加那利群島的占有權，而西班牙則答應不派船向該群島以南航行。於是，待發現的世界以穿過加那利群島的緯線（約北緯28度半）為界分為南北兩部分，北部的發現權歸西班牙，南部則歸葡萄牙。這是葡西兩國第一次瓜分世界。