乾嘉學者闡發哲學思想，往往通過訓詁的方式，以實證的方法追求一種理想中的客觀之意。阮元通過訓詁的方式，對原始儒家的“仁學”思想，以及宋明以來詳細而熱烈討論過的“性命”思想，給出了他自己的新解釋。
阮元將“仁學”看作孔子的核心思想，如他說：“孔子為百世師，孔子之言著於《論語》為多。《論語》言五常之事詳矣，惟論‘仁’者凡五十有八章，‘仁’字之見於《論語》者凡百有五，為尤詳。若於聖門最詳切之事論之，尚不得其傳而失其旨，又何暇別取《論語》所無之字標而論之邪？”[212]問題是，在《〈論語〉論“仁”論》長文裏，阮元幾乎是通過資料長編的方式，將《論語》涉及“仁”字的資料集中在一起，同時又引證其他文獻，以證明孔子的“仁學”思想是他阮元所理解的那樣：“相人偶為仁”之意。因此，阮元的“仁學”思想並不就是孔子“仁學”思想的原意。在筆者看來，阮元運用訓詁的方式對孔子“仁學”的思想所做出的解釋，在相當大的程度上其實表達了阮元本人的“仁學”思想。然而，由於阮元的“新仁學”思想是建立在文字訓詁基礎之上的，以一種貌似客觀的麵目掩蓋了其新思想的光芒。這一含蓄的新思想與其作為三朝大吏的身份極其吻合。如果不理解他通過語言學的方法進行哲學思考的思想特征，下列有關“仁”“己與私”的論述與辨別就很難被看作一種哲學的論述。
他為了證明他的“仁，即相人偶”的新仁學觀點，以訓詁的方式引證了大量的語言學文獻：
許叔重《說文解字》：“仁，親也。從人二。”段若膺大令《注》曰：“見部曰：‘親者，密至也。’會意。”《中庸》曰：“仁者，人也。”注：“人也，讀如相人偶之人，以人意相存問之言。”大射儀：“揖以耦。”注：“言以者，耦之事成於此意相人耦也。”《聘禮》：“每曲揖。”注：“以人相人耦為敬也。”《公食大夫禮》：“賓入三揖。”注：“相人耦。”《詩·匪風》箋雲：“人偶能烹魚者。人偶能輔周道治民者。”……以上諸義，是古所謂人耦，猶言爾我親愛之辭。獨則無耦，耦則相親，故其字從人二。[213]
在“仁即相人偶”的仁學思想前提之下，阮元又通過大量的訓詁材料，並從文本內部語詞的內在一致性原則上出發，進一步論證宋儒將“己”釋為“私”，將“克己”解釋為戰勝“己身私欲”的觀點屬於對經典的誤解，從而以“漢學”的語言學工具重新闡發他的“仁學”思想。他說：“顏子‘克己’，‘己’即‘自己’之‘己’，與下文‘為仁由己’相同，言能克己複禮，即可並人為仁。……仁雖由人而成，其實當自己始，若但知有己，不知有人，即不仁矣。……若以‘克己’字解為私欲，則下文‘為仁由己’之‘己’，斷不能再解為私，而由己不由人反詰辭氣與上文不相屬矣。”[214]
為了進一步證明自己的觀點更符合孔子的原意，他先引前賢毛奇齡（字西河）來支持他的觀點：
毛西河檢討《四書改錯》曰：“馬融以約身為克己，從來說如此。惟劉炫曰：‘克者，勝也。’此本揚子雲‘勝己之私之謂克’語。然己不是私，必從‘己’字下添‘之私’二字，原是不安。至程氏，直以己為私，稱曰：‘己，私致’。《集注》謂‘身之私欲’，別以‘己’上添‘身’字，而專以‘己’字屬私欲，於是宋後字書皆注‘己’作‘私’引《論語》‘克己複禮’為證，則誣甚矣，毋論字義無此，即以本文言，現有‘為仁由己’，‘己’字在下，而一作‘身’解，一作‘私’解，其可通乎？”[215]