阮元通過有選擇的方式，將儒家經典中並非常用的語詞上升到重要的思想史高度，從而通過訓詁的方式作一創造性的解釋，曲折地表達了他本人愛民的政治與倫理思想。在《釋順》篇，阮元說道：
有古人不甚稱說之字，而後人標而論之者；有古人最稱說之恒言要義，而後人置之不講者。孔子生春秋時，誌在《春秋》，行在《孝經》，其稱至德要道之於天下也，不曰“治天下”，不曰“平天下”，但曰“順天下”。“順”之時義大矣哉，何後人置之不講也！《孝經》“順”字凡十見。“順”與“逆”相反，《孝經》之所以推孝弟以治天下者，順而已矣。故曰：“先王有至德要道以順天下，民用和睦，上下無怨。”……是以卿大夫士本孝弟忠敬以立身處世，故能保其祿位，守其宗廟，反是，則犯上作亂，身亡祀絕，《春秋》之權所以製天下者，順逆間耳，魯臧、齊慶皆逆者也。此非但孔子之恒言也，列國賢卿大夫莫不以順、逆二字為至德要道。是以《春秋》三傳、《國語》之稱“順”字者最多，皆孔子《孝經》之義也。[204]
阮元通過文獻訓詁，得出了這樣的政治學結論：
聖人治天下萬世，不別立法術，但以天下人情逆敘而行之而已。故孔子但曰“至德要道以順天下”也。“順”字為聖經最要之字，曷可不標而論之也。[205]
在《釋達》篇，他針對宋明以來將“達”理解成“明體達用”之“達”，提出了一種重視事功的人生觀。他說：“‘達’之為義，聖賢道德之始，古人最重之，且恒言之，而後人略之。元按：達也者，士大夫智類通明，所行事功及於家國之謂也。”[207]他反複引證古代經典，以證明“達”非“達用”之“達”，而是指士大夫“學問明通，思慮不爭，言色質直，循行於家國之間無險阻之處也”[208]。
在《釋相》篇，阮元說道：“自周、秦以來，凡宰輔之臣皆名曰‘相’，相之取名，必是佐助之義。……其本字為何？曰“襄”字也。古人韻緩，平仄皆可同義，是以‘輔相’之‘相’亦可平聲，‘讚襄’之‘襄’亦可去聲，後人昧此，故不知‘襄’‘相’音同，可假借矣。”[209]
阮元的倫理學思想集中體現在《性命古訓》一文裏。在該文裏，他通過對儒家經典中“性”“命”兩字的意涵分析，得出“節性”的倫理主張。阮元認為：“古性命之訓雖多，而大指相同。”僅以《尚書·召誥》《孟子·盡心》二說為例可知。《召誥》上說：“節性，惟日其邁。王敬作所，不可不敬德。”又說：“若生子，罔不在厥初生，自貽哲命。今天其命哲，命吉凶，命曆年。”又說：“王其德之用，祈天永命。”通過對這些文獻的分析，阮元進一步地得出自己的哲學觀點，認為《召誥》所講的“命”有如下意涵：“即天命也。若子初生，即祿命福極也。哲與愚，吉與凶，曆年長短，皆命也。哲愚授於天為命，受於人為性，君子祈命而節性，盡性而知命。故《孟子·盡心》亦謂口、目、耳、鼻、四肢為性也。性中有味、色、聲、臭、安佚之欲，是以必當節之。”[210]
在論述心性修養的傳統倫理學問題時，阮元通過訓詁的方式，揭示了“主敬”與“主靜”的區別。他說：“古聖人造一字必有一字之本義，本義最精確無弊。‘敬’字從‘苟’、從‘攴’。‘苟’，篆文作‘茍’，非‘苟’。‘茍’即‘敬’也，加‘攴’以明擊敕之義也。‘警’從‘敬’得聲得義。故《釋名》曰‘敬，警也，恒自肅警也。’此訓最先最確。蓋敬者言終日常自肅警，不敢怠逸放縱也。……非端坐靜觀主一之謂也，故以肅警無逸為敬。凡服官之人，讀書之士，所當終身奉之者也。……蓋靜者，敬之反也。”[211]