起義軍勢如破竹，一時間天下響應，京師震動。麵對聲勢浩大、席卷全國的黃巾起義，東漢朝廷驚恐萬分。時任河南尹的何進奏漢靈帝劉宏火速降詔“聚天下精兵，博選將帥”，漢靈帝命何進為大將軍，率左右羽林五營士屯於都亭，整點武器，鎮守京師。又於函穀關、大穀、廣城、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津等各京都關口，設置都尉駐防；下詔各地嚴防，命各州郡準備迎戰，訓練士卒、整點兵器。而後朝廷又召集義軍，聚集天下一切可以聚集的兵馬，分三路對黃巾軍進行征討：一路中郎將盧植，率精兵五萬往冀州征討張角率領的二十萬黃巾軍主力，一路由朱雋率領五萬大軍往南陽征討張曼城所率領的十萬黃巾軍，一路由衛將軍皇甫嵩領精兵五萬出虎牢關征討張梁張寶所率的二十萬大軍，還下令各地官府武裝自保。各地豪強、地主也紛紛起兵，配合官軍鎮壓起義。
皇甫嵩上表漢靈帝要求解除黨錮，並拿出朝廷錢財良馬賞賜將士，提升士氣。漢靈帝一一照準，還下旨士族公卿捐出錢財良馬，推舉眾將領的子孫及民間有謀略的人到公車署接受麵試。得到錢糧戰馬的士兵士氣大振，漢靈帝遂發重兵圍剿黃巾軍。經過10個月激戰，張角病死，張梁、張寶陣亡，起義歸於失敗。其後餘眾仍在各地繼續活動，起義不斷，使朝廷極為頭疼，不得不下放軍權以有效地鎮壓起義軍。但此舉卻使地方軍擁兵自重，逐漸使朝庭失去皇威，各群雄互相攻擊，逐鹿中原，導致軍閥混戰，天下大亂，最後三分天下而有三國。
黃巾軍被鎮壓以後，太平道走向衰敗，但仍在民間流行，後來融合於天師道（五鬥米道）。雖然如此，太平道在民間仍有一定影響，並有部分在家修行者。後世民間秘密宗教—明教，尊張角為教主，表明太平道仍有一定影響。
明教是由摩尼教發展而成的秘密宗教組織，混合有道教、佛教等成分，尊張角為教祖,敬摩尼(或譯作“牟尼”)為光明之神,並崇拜日月。教徒衣服顏色喜愛白色,提倡素食、戒酒、裸葬，講究團結互助,稱為一家，並認為世上光明力量終必戰勝黑暗力量，五代、宋、元農民起義常將其作為組織工具。兩宋時流行於淮南、兩浙、江東、江西、福建等地,不斷組織農民起義,最著名的有方臘起義、王念經起義。
摩尼教是波斯人摩尼在公元3世紀所創立，當時大約相當於中國的魏晉時期。唐代摩尼教傳入中國，以後逐漸發展起來，在中國稱為明教。摩尼教教義的核心，是說在世界的一開始，就有光明和黑暗兩個王國並存著，光明占據北、東、西三方，黑暗占據南方。在光明王國裏，光明、善美、和平、秩序、潔淨。
至今，河北許多地方仍有部分從事太平道的在家修行者，尤其在每年的正月和二月，在河北邢台邯鄲衡水一帶的許多農村裏，還會舉行三天的醮會祭神活動，常請在家的太平道修行者頌經祈禱！如有人去世，也會請太平道修行者超度頌經。太平道樂在2005年被河北省列為非物質文化遺產之一。
東漢時中國最早出現的規模及影響較大的三個宗教教團（張陵的天師道、張修的五鬥米道、張角的太平道），因都尊老子《道德經》為其經典（太平道雖尊《太平經》為經典，但《太平經》是對《道德經》的繼承與發展），所以都屬於道教。天師道先後吞並、融合了五鬥米道和太平道，使天師道進一步得到發展壯大，成為中國道教的正宗，一直延續至今。天師道與元明時發展起來的全真道一起，成為中國的兩大道教派係。
由於中國道教來源複雜，在黃老道、方仙道、巫鬼道的基礎上產生，又經三大教團融合，並經北魏寇謙之改革北方天師道而形成北天師道，南朝陸修靜改革江南天師道而形成南天師道，後來又有全真道（南宗、北宗），使得中國道教的神仙譜係極為複雜，成為世界上少見的信仰多神的宗教。