他與朋友們都覺得，國家擺脫了一個戴金冠的暴君，倘若僅僅是為另一個戴黑色耷拉帽的暴君來濫用職權的話，那又有什麼用呢？為何要今天對這一群教士的忠誠進行否認，卻在第二天又接受另一群一樣自大專橫的教士的統治呢？邏輯上說這肯定是對的，可是有那麼一些人，對他們來講，一旦“自由人”成功了，僵化的社會體係被倫理辯論的社會體係所代替，他們便會麵臨失業的境地，所以在他們當中這樣的觀點是行不通的。似乎洛克本人很有點魄力，他有幾個朋友頗有勢力，可以避免他受地方長官的懷疑，然而過了不多久，他依舊無法再逃避“無神論者”的嫌疑了。這件事發生在一六八三年的秋天，此後洛克來到阿姆斯特丹。斯賓諾莎已離開人世六年了，可是荷蘭首都的學術氣氛依然很自由，洛克有學習與寫作的機會，並且不受官方當局的幹涉。他很用功，在逃亡的四年裏寫下了有名的《關於寬容的信》，這讓他成為我們這部小曆史書的主人翁。信中（依照他的反對派的意見應是三封信），他完全否定國家有幹涉宗教的權利。
洛克覺得（這源於另外一個流亡的法國人，皮埃爾·貝爾，當時他居住在鹿特丹，正在獨自一人編撰百科全書，非常有才學），國家不過是個保護性的團體，由一批人創建與維持，為的是彼此間的利益與安全。為什麼這樣的一個組織要發號施令、讓別人信仰這個而不許信仰那個，洛克與他的追隨者一直都沒有搞清楚。國家並未規定他們應吃什麼喝什麼，為何一定要強製他們去這個教堂而不去那個教堂呢！清教徒主義的不完全的勝利讓十六世紀變成了怪異的宗教妥協退讓的年代。威斯特法利亞的和平把一切宗教戰爭終止了。它說明了一條道理：“一切臣民都不得不服從統治者的宗教信仰。”如此一來，整個公國的公民在今天都是路德教教徒（因大公爵是路德教教徒），可第二天又都突然成了天主教教徒（由於男爵剛好信仰天主教）。洛克辯論說：“假如國家有權讓公民的靈魂歸宿，那樣的話半數人都注定是要沉淪的，原因是不可能兩種宗教都對（依照宗教手冊第一條的說法），生在邊界這一邊的覺得會上天堂，生在邊界那一邊的注定是要下地獄的。
這樣的話，人出生時的地理位置就可以決定他的靈魂可不可以被拯救了。”天主教徒沒有被洛克列進他的寬容計劃當中去，這的確很遺憾，然而能夠理解。在十六世紀的不列顛公民眼中，天主教是個政黨，不是宗教形式，一直沒有停止顛覆英國的安全計劃，它創建了個“無敵艦隊”，還弄來大桶的炸藥要將這個友好國家的議會炸個稀爛。因而洛克寧可建議將權力交給殖民地的異教分子，也不想給天主教徒，並且不讓他們再次踏入英國的國土。可這僅僅是由於他們危險的政治活動，並非是因為他們的信仰不一樣。要聽這種說法就必須回溯一六○○年。曾有個羅馬皇帝定下有名的原則：宗教是人同上帝間的事，上帝認為自己尊嚴受損時，他自己會照顧自己的。在不到六十年裏英國人曆經了四次政府的變更，因此基於常識的寬容理想所涵蓋的根本道理他們較容易接受。一六八八年，奧蘭治的親王威廉渡過北海，洛克也坐船緊跟其後，同船的還有英格蘭新王後。從此以後，他的生活安寧無事，活到了七十二歲的高壽，成為受人敬重的作者，不再是嚇人的異端人士了。內戰很可怕，但是卻有一大好處。它能夠淨化氣氛。
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