1.以總RNA為材料的RT－PCR方法
（1）cDNA第一鏈合成取0.5mL新的無菌矽化的Eppendorf管，加入100ng~5μg的總RNA樣品，再加入蒸餾水至12.5μL，混勻。加入3μL oligo(dT)，混勻，68℃保溫5min，降溫至30℃保溫5min，最後降至0℃保溫5min。取出加入如下試劑：2μL dNTPs，10倍RT緩衝液2μL，M-MLV(100UμL)0.5μL，混勻，37℃下反應45min，於-20℃放置。
（2）PCR反應取0.5mL新的無菌矽化Eppendorf管，依次加入如下試劑：cDNA反應混合液3μL，10倍PCR緩衝液(無Mg2+)8μL,25mmol/L MgCl2 1.2μL，2mmol/LdNTPs 2μL，引物(100ng/μL)各1μL, Taq酶1.5U，加雙蒸水至20μL，混勻，加礦物油一滴(約50μL)，置PCR擴增儀中，94℃變性40s，55℃退火1min,72℃延伸1.5~2min，循環25~35次，72℃延伸10min。用Parafilm將礦物油移去。
（3）取5μL電泳檢測。
2.以mRNA為材料的RT-PCR方法
(1)逆轉錄反應取0.5mL新的無菌矽化Eppendorf管中依次加入以下試劑：10倍PCR緩衝液2μL，dNTPs 2μL，Oligo(dT)1μL，RNasin 1μL,mRNA 1μL，MgCl2 2μL，逆轉錄酶100U，重蒸水加至2μL，混勻，42℃保溫1h。
（2）終止逆轉錄反應95℃水浴加熱5min，取出離心管，置離心機中，轉速達數千，離心數秒，備用。
(3)PCR擴增依次加入以下試劑：10倍PCR緩衝液3μL,3′引物2.5μL，5′引物2.5μL，dNTPs 2μL，Taq DNA聚合酶1μL，混勻後加入50μL礦物油，95℃變性1min，45～50℃退火1.5min,65~72℃延伸1.5~2min，循環25~35次，72℃延伸10min。
(4)電泳檢測
（三）多重PCR(Multiple PCR，MPCR)用於轉基因食品的定性檢測
MPCR即是在同一反應管中含有一對以上引物，可以同時針對幾個靶位點進行檢測的PCR技術。該技術不僅效率高，而且因為它是針對多個靶位點進行同時檢測，所以其檢測結果較之普通PCR更為可信。該技術對植物的轉基因背景進行檢測具有較高的靈敏度。已報道經過對DNA方法的選擇、對各種PCR程序的比較以及對引物的修飾，建立了一種快速檢測植物轉基因情況，利用該技術對5個大豆樣品、6個豆粕樣品進行實驗檢測，同時利用普通PCR方法對上述樣品進行檢測，兩者的結果完全一致。
二、轉基因食品的定量檢測
但是，隨著人們對轉基因食品重視程度和量化要求的提高，各國有關GMO標簽法對食品中的GMO含量下限已有所規定，定性檢測方法已經不能滿足需要。另外，定性篩選PCR本身也具有局限性，所采取的PCR法因其高敏感性或操作上的誤差，常伴有假陽性或假陰性現象。為此，研究者們在定性篩選PCR方法的基礎上，發展了不同的定量GMO的PCR檢測方法。目前，國外較為成熟的方法主要有半定量PCR法、定量競爭PCR（Quantitative Competitive PCR，QC-PCR）法和實時定量PCR法（Real-time PCR）法。在此將介紹這三種方法在轉基因食品檢測中的應用。
（一）半定量PCR法
PCR反應具有高度特異性和敏感性，隻需對少量的DNA進行測定便可檢測GMO成分，但對實驗技術的要求很高，其結果易受許多因素的幹擾而產生誤差，因此，一般PCR隻用作轉基因食品的定性篩選檢測。針對所存在的問題，研究人員在實驗設計中引入內部參照反應，以消除檢測時的幹擾，並與已知含量係列GMO標準樣的PCR結果進行比較，從而可以半定量地檢測待測樣品的GMO含量。操作流程如下：