（1）編碼沙門氏菌鞭毛蛋白的基因序列在許多細菌中，鞭毛都是重要的毒力因子，不僅鞭毛所提供的動力可能是細菌侵入細胞的重要因素，鞭毛可以作為黏附素，決定了細菌在細胞表麵的吸附，以及其後的侵入和定居過程。已有的研究根據該序列設計內、外引物進行套式PCR，除傷寒沙門氏菌能擴增出特異性DNA片段外，其餘沙門氏菌和其他菌群均無特異性擴增，且能與副傷寒沙門氏菌區別開。
（2）編碼菌毛的fimA基因序列已證明，細菌表麵的附屬器官如菌毛、纖毛介導與上皮表麵的特異受體相結合。在沙門氏菌株中，Ⅰ型菌毛型的表達由一係列基因編碼，fimA基因編碼主要的菌毛亞單元。已有的研究根據fimA基因設計了特異引物，用於牛奶等食品樣品中沙門氏菌的PCR檢測。
（3）與沙門氏菌質粒毒力相關的SPV基因序列對許多有重要醫學意義的細菌來說，質粒不僅編碼毒力因子，還編碼某種調控蛋白，控製毒力因子的產生。含有致病性質粒的細菌是致病性的，丟失了致病性質粒的細菌，對人或動物不再致病，或致病力下降。已有的研究以鼠傷寒沙門氏菌的質粒毒力相關基因SpvR合成引物進行PCR檢測，結果含該基因的沙門氏菌株都得到了特異性的擴增產物，而不含質粒和含質粒但無該毒力基因的菌株均無特異性擴增。
（4）編碼吸附和侵襲上皮細胞表麵蛋白的inv基因序列沙門氏菌、誌賀氏菌、耶爾森氏菌等許多腸道病原性細菌具有侵襲宿主上皮細胞的能力。侵襲是病原菌導致慢性感染的原因之一。Inv基因序列是一組基因，包括invA、invB、invC、invD、invF等。研究根據invA基因設計引物，進行PCR檢測，結果沙門氏菌屬都得到特異性的DNA片段，而非沙門氏菌無特異性擴增。
（5）沙門氏菌侵襲基因正轉錄調節蛋白hilA在沙門氏菌中發現了5個毒力島，分別命名為SPI1、SPI2、SPI3、SPI4、SPI5。其中SPI1編碼Ⅲ型分泌係統，與沙門氏菌對腸道上皮細胞的侵襲力有關。SPI1存在於所有侵襲性沙門氏菌中。HilA為SPI1的毒力基因之一，是許多侵襲基因的正轉錄調節蛋白。研究用根據hilA和sirA設計的四對引物檢測了番茄原料中Salmonelle Montevido，其中有一對hilA引物可特異性檢測沙門氏菌。
（6）編碼沙門氏菌LPS O抗原的rfb基因脂多糖（LPS）作為革蘭氏陰性菌外膜主要成分，其多糖部分（含O-特異性多糖和核心多糖）參與了細菌對宿主細胞的黏附、侵襲和在細胞間擴散的過程，是細菌主要的致病因子之一。根據rfbJ、rfbS基礎序列分別設計引物，可檢測A、B、C、D組血清型沙門氏菌。
（7）編碼與蛋白質結合的DNA的hns基因根據該序列設計的上遊引物LHNS-531和下遊引物RHNS-682及一條25個核苷酸的探針HNS-P，對牡蠣中汙染的沙門氏菌進行PCR-基因探針檢測，該方法可以小於40個細胞的敏感性檢測沙門氏菌屬中的多個種。
設計一對適宜的引物是應用PCR技術檢測沙門氏菌的關鍵，除上述幾種引物設計，還可根據其他保守序列來設計引物，但要注意種特異性、屬特異性的區別，應根據檢測目的來選用。
（三）PCR檢測方法
近年來，用PCR技術檢測沙門氏菌得到了迅速發展，產生了許多種PCR法，如常規PCR、巢式PCR、多重PCR。也可幾種方法結合使用，有研究將常規PCR與巢式PCR組合，根據沙門氏菌中保守的16S rRNA基因為模板設計了一對引物，擴增的片段為555bp。經過優化設計反應條件，隻對沙門氏菌產生特異擴增，敏感性達30cfu。為了對擴增結果進行鑒定，又在這兩條引物之間設計一條半套式引物。經巢式PCR檢測證明，第一次產物是正確的，且靈敏度提高至3cfu。此外，還可將PCR與微孔板檢測、ELISA技術、探針雜交有機結合起來。