（四）緩衝液
目前最為常用的緩衝體係為10~50mmol/L的Tris-HCl(pH8.2~8.3，20℃)，PCR標準緩衝液含有10mmol/L的Tris-HCl（pH8.3）、50mmol/L的KCl、1.5mmol/L的MgCl2、0.1g/L的明膠。
Tris-HCl是一種雙極性離子緩衝液，該緩衝液於72℃保溫時，pH下降到7.3。反應液中50mmol/L以內的KCl有利於引物退火，50mmol/L的NaCl或50mmol/L以上的KCl則抑製Taq酶的活性。有的反應液以氯化銨或醋酸銨中的NH代替K，其濃度為16.6mmol/L。明膠有保護Taq酶的作用，有的反應中以小牛血清白蛋白（100μg/mL）或吐溫-20（0.5~1.0g/L）代替明膠。反應中加入5mmol/L的二硫蘇糖醇（DTT）也有類似作用，尤其在擴增長片段延伸時間較長時，加入這些酶保護劑對PCR反應是有利的。有的實驗室推薦在PCR緩衝液中加100g/L二甲基亞礬（DMSO），其作用是打開DNA的二級結構，使模板DNA易於變性。
PCR標準緩衝液對大多數模板DNA及引物都是適用的，但對某一特定模板和引物的組合，標準緩衝液並不一定就是最佳條件，因此各實驗室可在此條件上，根據具體擴增項目進行改進。其中Mg2+濃度對擴增作用的特異性和產量有明顯影響。Taq酶是一種Mg2+依賴酶，Mg2+濃度一般為1.5mmol/L左右。Mg2+濃度過低時，酶活力明顯降低；過高時，酶可催化非特異性擴增。由於反應體係中的DNA模板、引物和dNTP都可能與Mg2+結合，因此降低了Mg2+的實際濃度。所以建議，反應中Mg2+加量至少要比dNTP濃度高0.5~1.0mmol/L。
（五）Taq DNA聚合酶
Taq酶是一種耐熱的DNA聚合酶，92.5℃時半衰期至少是130min。在不同的實驗條件下，此酶的聚合酶活性為每秒35~100個堿基。在70℃延伸時，鏈的延伸速度每秒可達60個堿基。在100μL標準體積的PCR反應液中，一般加Taq酶2.5U，足以達到每分鍾鏈延伸1000~4000個堿基。Taq酶除了聚合作用，還具有5′→3′外切酶活性，但缺乏3′→5′切酶活性，因此不能糾正鏈延伸過程中核苷酸的錯誤摻入。估計每9000個堿基出現一次錯誤，而合成41000個核酸可能導致一次框碼移位。由於錯誤摻入堿基有終止鏈延伸的傾向，這就使得發生了的錯誤不會繼續擴大。
在DNA的高溫合成過程中，Taq DNA聚合酶和其他熱穩定DNA聚合酶的酶促特性、生化和結構特性及其輔助蛋白的複製識別的特性等，都有待於作更深一步的研究，隻有全麵了解了這些特性，才能提高PCR合成產物的產量，提高其特異性，並增強檢測微量靶DNA的敏感性。
（六）反應促進劑
PCR反應中，加入一定濃度的添加劑如DMSO（二甲基亞碸）、甘油或甲酰胺等，可提高PCR擴增效率及特異性。但目前，關於添加劑對PCR擴增效率的影響機製尚不清楚。可能是添加劑消除了引物和模板的二級結構，降低DNA雙鏈的解鏈溫度，使DNA雙鏈變性完全。同時，添加劑還可增進DNA複性時的特異配對，增加或改變DNA聚合酶的穩定性，提高PCR擴增效率。現已發現不同溫度條件下，添加劑會影響Taq酶的半衰期。反應中加入小牛血清白蛋白（100μg/mL）或明膠（0.01%）或吐溫20（0.05%~0.1%）有助於酶的穩定，反應中加入5mmolL的二硫蘇糖醇（DTT）也有類似作用，尤其在擴增長片段（此時延伸時間長）時，加入這些酶保護劑對PCR反應是有利的。
對於不同的PCR反應體係，添加劑的濃度及其對PCR擴增的影響是不同的，當添加劑的濃度超過某一範圍時，反而會抑製PCR擴增。
①二甲基亞碸（DMSO）：許多耐熱DNA聚合酶廠家推薦在PCR反應中加入10%DMSO，這可能是DMSO有促進DNA變性的作用。DMSO的使用對大腸杆菌DNA聚合酶Ⅰ Klenow片段是有益的，但對Taq DNA聚合酶有抑製作用，一般反應中應盡量不用DMSO。不過，在複合PCR中可以用。