2000年，金庸正式得到浙大的導師資格認證，受聘為浙大人文學院博士生導師。浙大曆史係教授何忠禮參加過主要由曆史係老師組成的基層評議，“別人都是三本著作和若幹論文，厚厚一遝材料，隻有金庸是一張空白表格，上麵寫著‘查良鏞’三個字”。他們拒絕進行這樣的評議，表示“由上級領導決定”。何坦率地指出，“金庸對曆史學基本不懂，讓他帶博士完全是誤導學生”。複旦大學葛劍雄教授說：“浙大沒有遵守學術規範和國務院學位委員會、教育部的規定，評金庸為博導，或許他們隻考慮了有利的一麵，但實際上卻損害了浙大的學術聲譽，對金庸也不利。”南京大學董健教授稱這是“一場錯位”。
① 田家明《劍橋觀禮記》，《明報月刊》2005年10月號。
② 2005年5月21日中央電視台《麵對麵》。
對於這樣的批評，金庸內心並不服氣。2003年7月，他在央視《新聞夜話》不無傷感地說：“我現在的想法是覺得自己學問太差，如果照我自己的意思，最好小說也不寫，從大學開始就專門研究曆史，研究外國文學，那麼到現在大概跟其他的大學教授學問差不多了。”2005年他對記者說，自己正在寫《中國通史》，“南京大學有個院長批評我，金庸不是科班出身，不是研究曆史的。但北大有教授就認為，曆史學家和曆史工作者是不同的。曆史學家要目光很遠，需要一個大的曆史觀，而不是考證哪一點”。問及他是否希望自己的研究得到內地史學界的認可，他回答：“能承認當然好。但有時候一旦妨礙到個人的利益，他覺得你想得太聰明了，他想不到，不肯承認，就情願打倒你，來貶低你。”①
金庸對在浙大的身份特別看重，南京大學文學院院長董健記得他們在南大見麵時，他一再“淡化”武俠小說家的身份，強調自己是“曆史學家”、“博士生導師”、“浙江大學人文學院院長”。他遞上名片說：“請不要叫我金庸，我是查良鏞，我是研究國際關係史的教授。”
餘英時“對金庸深厚的文史造詣更為欣賞”。金克木說金庸的史學佛學見解，“論水平未必是‘超一流’……然而以史學佛學入小說，在武俠中講‘破相’，那就超人一等了”。2001年，金庸到南京大學演講，學生想要聽他講武俠小說，他講的卻是“南京的曆史與政治”。結果，演講不到一半，聽眾就起哄、鼓倒掌了。一名曆史係學生對董健說：“這報告的學術水平連我們係的副教授也達不到。”台下一片叫聲：“我們請你講小說！”他急得滿頭大汗、氣喘籲籲。在場陪同的董健擔心出亂子，叫主持人請同學改用提問的方式來穩定秩序。所有提問或是關於武俠小說的，或是關於他愛情生活的，沒有一個人問及“南京的曆史與政治”。①
① 《中國新聞周刊》2005年第3期，29頁。
此前1994年10月25日，在北大授予金庸名譽教授頭銜的儀式上，大家也希望聽他講武俠小說，他卻要講曆史，講中華民族長期不斷發展壯大的規律，內容與他三年前在加拿大英屬哥倫比亞大學講的差不多，結論是，“我們中華民族之所以這樣壯大，靠的就是改革和開放”。他多次提及，“加拿大的一些教授覺得我的這些觀念比較新”。②北大教授陳平原說，“可在北大演講時，則未見大的反響，主要原因是，關注種族衝突與文化融合，乃史學家陳寅恪一以貫之的學術思路，其入門及私淑弟子周一良、唐長孺以及眾多再傳弟子對此均有很好的發揮”。
金庸的民族融合論觀點在《天龍八部》《鹿鼎記》等作品中都有體現。韋小寶生於妓院，他的父親可能是漢、滿、蒙、回、藏等任何一族的人。他到揚州問母親：“我的老子到底是誰？”他母親也不知道，可能是漢人、滿人、蒙古人、回族人，甚至是西藏喇嘛。對中國各民族一視同仁是金庸武俠小說的基調，在他筆下，出身世代書香門第的陳家洛不僅愛上兩個回族女子，最後還皈依伊斯蘭教；大英雄喬峰是契丹人；《白馬嘯西風》中，李文秀愛上了哈薩克青年。然而，當他將武俠小說中的曆史觀形成“學術性文字”，在北大講壇上卻“未能博得滿堂掌聲”。陳平原認為，“對於中國曆史的獨立思考，乃金庸小說成功的一大關鍵”，但是，“對金庸的史學修養，不應估價太高”。③
金庸在成都給一些作家講羌族曆史時說，“羌族在曆史上曾經是最大的民族”，“羌族與西南的漢人聯盟，建立了西周”，還說“正在研究羌族的滅亡”。消息見報，精通文史的詩人流沙河就公開撰文批評，所謂“西南的漢人”又是大笑話，武王伐紂是姓姬的周民族領導羌族和其他七族，哪來什麼“羌漢聯盟”？那時哪有什麼“漢人”？此外，羌族還在，還有羌族自治縣，並無滅亡預兆。④
① 董健《善作秀者必虛偽——說金庸“華山論劍”》，《現代快報》2003年11月10日。
② 《明報月刊》1994年12月號。
③ 陳平原《文學史的形成與建構》，廣西教育出版社1999年版，227頁。
④ 流沙河《又挑金庸》，《流沙河近作》，安徽教育出版社2006年版，144—145頁。