同治元年，鐸先至滇，奏鄧爾恒獄正犯何有保已斃，之銘土使無實跡，候亮基來再會同查辦。又以馬如龍可用，澄江知府岑毓英有將材，皆為之銘所識拔，密陳之銘尚能撫回。朝命改亮基署貴州巡撫，以羈縻之銘。未幾，之銘文檄杜文秀之叛黨馬榮署武定營參將。二年正月，榮忽率二千人至省，駐五華書院。鐸令遷出，不應。自往諭遣，被殺，並殺府縣各宮，縱兵大掠。時毓英代理藩司，獨守藩署拒戰。馬如龍來援，榮乃率眾攜所掠去。回眾戕總督，已擁其掌教馬德新為總督。之銘故事德新，以聯絡回眾。及是，如龍逐德新，取總督關防授之銘，之銘遂以巡撫讓如龍，如龍不受，遂令署提督，一切拱手聽命。是時雲南如化外，之銘疏但報杜文秀勾匪犯省被卻退而已。論者謂之銘與亂謀。朝命褫職，以勞崇光為督，賈洪詔為撫。皆不能至。數年無督撫，兵事由岑毓英、馬如龍為主，而毓英乃卒成平亂之功焉。之銘未就逮旋死，死時尚保毓英、如龍。滇事所賴，其言亦驗。後雖有言之銘罪者，朝廷亦不究。
毓英，廣西西林州附生，鹹豐初辦團保縣丞。六年，帶勇入雲南，投效迤西軍營，轉戰至迤東。九年，有克宜良縣功，即署縣事。十年，有偕參將克路南州功，即署州事。方報丁憂，以之銘奏不令解署任。十二月，兼署澄江府事。十一年正月，剿毀澄江賊壘。時馬如龍尚為迤東叛回酋帥，毓英屢破其眾。杜文秀僭號大理，授如龍職，不受，遂有隙。如龍自據近省諸州縣入寇，勢駸盛。迤西杜酋複陷楚雄、廣通、祿豐諸城，亦逼首垣。之銘主撫迤東回，其酋如龍亦自陳為殉難九江鎮總兵馬濟美之侄，三世效忠，願反正。毓英奉檄往諭，如龍聽命，獻所據八城，之銘即奏毓英暫代藩司，如龍徑令署臨元鎮總兵，留省襄解撫事。朝廷以為投誠叛酋，遽擅授鎮將，諭張亮基、潘鐸查辦。嗣納駱秉章言，暫置不問，以羈縻之，遂授如龍鶴麗鎮總兵。如龍旋出剿臨安回。二年正月，馬榮之變，毓英串所部粵勇千餘人，與弟毓祥、毓寶、毓琦死守藩署，密馳書如龍，以大義趣赴援，乃夾擊殲賊。時滇民健者，楊玉科、李維述，皆從毓英，以戰回為樂。蓋滇事起於漢回相仇，誤在大吏怵於回強，務抑漢人以媚，漢人無所憑借。
唯毓英以粵勇來，久戰有功，漢人有材力者附之，毓英之軍益盛。如龍則擁回眾為一軍。文秀貽書掌教馬德新，斥如龍自殊同教。如龍亦馳書迤西，數文秀狂悖，德新不明大義，勸回眾勿為所惑。德新入省申割地媾和議，如龍力止之。毓英方進兵迤西，屢複城邑，而迤東回馬榮、馬聯升等複陷曲靖各邑。毓英回救，所複地複盡失。毓英與如龍分下尋甸、沾益諸城，盡擒馬榮、馬進才、馬聯升諸酋，剖榮屍祭潘鐸。四年，迤東平，如龍加提督銜，賞效勇巴圖魯號；毓英加布政使銜，賞勉勇巴圖魯號。五年，毓英署布政使，勞崇光方入省就督任，乃命如龍主迤西軍事，圖大理；毓英出省剿貴州豬拱箐苗，清後路。豬拱箐隸大定府之畢節縣，毗連雲南昭通之鎮雄、四川之敘永廳，險隘，為三省要害。楚軍劉嶽昭、席寶田用兵貴州，久未競功，朝廷方擬以主軍。同治四年，授嶽昭雲南布政使，以援貴州，未赴。五年正月複擢雲南巡撫。川、黔大吏爭留嶽昭蕆黔事乃行。勞崇光乃檄毓英由滇入剿，毓英約百二十日，以滇軍獨任豬拱箐事，如期克之，僅逾四日，時在六年六月。七月，又攻克海馬姑。
崇光卒於滇，如龍征文秀屢失利，聯升部回練多通文秀，如龍稱疾還省，文秀大舉東犯，連陷二十餘城，省垣告急。嶽昭奉令毓英回師，朝旨亦催嶽昭赴滇。如龍既失回眾，專倚漢兵守省城。其冬，毓英凱旋抵曲靖。七年正月，迤西回迭陷附省各縣，新督張凱嵩未赴乞病，詔以嶽昭升總督，毓英為巡撫。迤東回馬添順距尋甸應文秀，如龍部回弁亦倒戈，毓英將李維述救之乃免。嗣是，如龍昵就毓英，無複角立誌，滇事待毓英而辦。嶽昭亦散遣其弟嶽睃軍，專倚毓英。是年，文秀遣巨股應尋甸，迭進迭退。省城糧路再絕再通。八年五月，嶽昭諸弟嶽曙、嶽晙攻克尋甸。八月，省城圍解，嶽昭入省。是年，再定迤東，唯澄江、新興尚未下。迤西軍事，亦克楚雄，至彌渡，進圍蒙化，距大理百裏而近。至歲杪，收賓居及麗江，攻克劍川、緬寧，圍永昌、騰越、威遠、姚州。九年正月，克威遠。二月，澄江回又出犯，新興回亦得援襲陷圍師營。毓英自將攻澄江，如龍自將攻新興，嶽昭親至觀地勢。四月，楊玉科克姚州。姚州回悍，攻之三月餘，地雷再發乃克。五月，如龍克新興。澄江至十年二月乃克。