文秀之起，官書皆甚隔膜。至後專到剿迤西時，始揭其名。同治十一年克大理時，滇督劉嶽昭、滇撫岑毓英奏捷疏中言：“杜逆倡亂，曆十八載”，則自其年上推十八年，知為鹹豐五年也。又同治七年，毓英始擢巡撫，疏陳軍事，首言“杜文秀竊踞迤西十有三載，根深蒂固”。自其年上推十三年，乃係鹹豐六年。蓋五年起事，六年而踞有迤西也。《東華錄》於鹹豐五六年間，屢言漢回互鬥滋事；又言回民抗糧，朝廷與疆吏皆存一敷衍之見。疆吏諱重為輕，朝廷不求甚解。當時總督為恒春，出省剿貴州苗；巡撫為舒興阿，其奏報諭旨，有如兒戲。如六年五月甲戌（十八日），舒興阿奏：“楚雄回匪，迭受懲創，剿撫兼施，尚易得手。唯尋甸悍匪，理喻不從，地方多被擾害，現已飛調昭通、開化各鎮兵，相機剿辦。”得旨：“尋甸豈不能剿撫兼施？若必期剿洗殆盡，焉有多兵？但不可遷就了事也。
”此蓋以尋甸屬迤東道，逼近川、黔，為省城通內地之後路，不能拋棄；楚雄雖已在大理之東，距省不遠，然尚屬迤西道轄，意將置之度外，以一撫字掩飾了事。而諭旨，則並不責其兵取迤東矣。是時滇事，朝廷與疆吏互相粉飾，究其實狀，乃從旁見側出之文，略知鹹豐六年亂象。劉嶽昭等同治十一年折，有追敘文雲：“鹹豐六年，提臣文祥調川軍助剿，克紅崖，圍賓居，而東西各回圍省，退兵還援，則彌渡、雲縣失矣。”賓居塞在賓川州，紅崖當即賓川州之赤石崖，與趙州之白崖為對。彌渡鎮在趙州，雲縣即大理之雲南縣。據此，知大理初陷，提督尚調鄰省兵赴剿。賓川、趙州、雲南，皆大理所屬州縣，而省城於是被圍，遂加陷數地。又《史稿·忠義·談樹琪傳》：“鹹豐六年，以知府候補雲南。先是，雲南各郡縣漢回相殺，回人據大理諸州縣。樹琪至滇境聞變，遣家屬還，間道至省城。次日，城門晝閉。……初，樹琪以部郎出守貴州，苗匪亂，辦賊有聲。
……大吏率遣樹琪及副將謝周綺防堵碧雞關。關去城三十裏。……樹琪旋遇害。時六月二十六日，距至雲南僅七十餘日。”是即六年省城被圍事，而大理則早被回據。樹琪於抵滇境時已聞之，必是春間之事。《東華錄》於六月十六日辛醜諭，據滇撫舒興阿有“回匪勾結日眾，現飭分股剿辦”一折。又另片奏“漢回仇鬥，勢難姑息，擬次第查辦”等詔。八月初二日丙戌，又奏西路剿匪獲勝，及剿辦海口回匪各一折，並不言省城被圍。朝廷亦方飭滇督恒春由黔回滇，仍令其酌度情形，先其所急。初九日癸巳諭，本日侍郎何彤雲奏滇省回匪滋事情形，略言：“當漢回互鬥之初，自應持平辦理；迨至因焚殺而戕官，回已叛逆，漢無此事，地方官力持並剿之議，又盡撤各鄉團練，而轉募回匪守城。現在迤東、迤西各屬，回勢燎原。海口、碧雞等處，逼近省垣，回皆屯踞，非大加懲創，不能使之畏威斂跡。
”並保前任知府彭崧毓及在籍侍郎黃琮、禦史竇垿、總兵周鳳岐等，辦團練佐兵力；劾從前縱回袒回諸員，責令恒春、舒興阿查照商辦；並詢恒春能否回滇。旋又諭恒春奏貴州剿辦吃緊，未便折回，唯為滇請兵請餉，朝廷亦無如何，唯飭四川助兵二千，籌撥三四萬金，往資接濟而已。九月十九日癸酉諭，乃由恒春奏澄江、臨安兩府幾無完區，海口未能獲勝，姚州未複，浪穹失守，大理被焚，開化滋擾等語。於是三迤皆匪區，滇亂不可複掩。詔恒春回滇督剿，而舒興阿仍奏回方求撫。十二月十五日戊戌，又以恒春奏，迤西大理、永昌，迤東開化、廣南，回仍猖獗，責舒興阿前奏難信。二十四日丁來又諭，有人奏滇回猖獗，總由官意專主撫，致墮術中，大理紳民赴省請剿，舒興阿置若罔聞，現患怔忡，任信門丁、巡捕，表裏為奸，著恒春查奏。七年正月，恒春奏回省調度，依違剿撫之間。諭旨責令出省剿辦，恒春覆奏在省可以兼顧，不敢出省。舒興阿旋乞病回京，回又逼省垣。六月初一日夜，恒春與妻博禹特氏在署皆自縊，乃調前曾任滇撫之川督吳振棫督滇。