十月初二日，張曜軍由喀喇沙爾進庫車。有回酋麻木爾，自庫車南之沙雅爾遁還阿克蘇西南之哈番。至是，謀襲庫車官軍。錦棠自阿克蘇偵知之，初七出兵，初九日擊哈番回，破之，解散其眾，麻木爾受創遁。時西四城猶在安酋手：伯克胡裏自踞喀什噶爾，其南英吉沙爾，又南而偏東葉爾羌，再南而東曰和闐，和闐距喀城最遠，其伯克名呢牙斯，圍葉爾羌以應官軍。伯克胡裏憤甚，率眾救葉爾羌，呢牙斯敗走，降張曜軍。伯克胡裏進踞和闐，其留守喀城酋名阿裏達什，於白彥虎之失烏什而來投，拒不納，而喀城原有從逆之守備何登雲、章京英韶，及滿、漢兵弁數百人，守漢城反正，使使迎官軍。阿裏達什保回城以攻漢城，告急於和闐。伯克胡裏方以複保西四城向外國英、俄兩邊告捷，聞警，棄和闐奔回喀城之回城，且先屬收納彥虎自助。錦棠方自阿克蘇遣軍將攻葉爾羌，而喀城漢城反正並告急之使至，乃分軍三道取喀城，期以十一月十四日入喀城。十三日日中，兩路進取之軍皆抵喀城，距數十裏之外。
錦棠自統之兵，方進駐葉爾羌、和闐間衝要，以為聲援。賊候騎猝遇官軍，急歸呼言“大軍至矣”，纏回皆駭潰，安酋禁殺不能止。安、白兩酋皆逃走，其黨猶城守。夜三鼓，軍抵城下，騎賊出戰，漢城降弁憑城大呼助威，賊大敗，守城賊亦盡走，未明而克喀城。追獲著酋於小虎、馬元、王元林等。白彥虎、伯克胡裏及阿裏達什遁入俄。錦棠師截殲逸賊，疾驅而前。十七日，複葉城，二十日複英吉沙爾，二十九日複和闐，於是南疆西四城皆下。俘故帕夏四子、三孫及妻子，按律治之。磔於小虎、馬元、麻木裏及倡亂之金相印父子於市。誅悍黨安回、纏回、陝甘回千一百六十六人。新疆平。以次查各城流寓番夷，英國有商官、商人凡十人，乳目國有洋操教習二、商三，阿拉伯人三，皆給資遣還國。印度痕都斯坦及回部各國人五千餘，去留聽自便。希魯特本分十九部落，喀城西北五部落已附俄，其餘十四部落附安集延，至是附安者求內附，納之。嗣是，四年十月、五年正月，俄迭縱逋回犯境，皆擒斬極多，並由回目捕獻其來寇之酋阿裏達什，迨俄交還伊犁約定後乃已。新疆之改行省，亦在俄約定後，事由錦棠主政。
（三）雲南回。回之變也，多由聚族而居，與漢人痕跡不化。始而以漢藐回，迨天下多故，則以回仇漢，而漢人無以禦之，則變作矣。故回有地域與宗教之係著，陝、甘、新疆尚不盡一氣，雲南與陝、甘、新，更隔絕自為一係。湘中良將，未暇及此。貴州平苗，尚出湘軍之席寶田、劉嶽昭輩。戡定滇回，大功成於岑毓英；嶽昭雖督雲貴，亦唯虛己聽之。毓英自有部屬，自有節製。蓋唯此一隅，不在湘軍建績之列。
今先言滇事之起因。滇自漢至於唐初，亦為中國郡縣地。《新唐書·地理誌》：“戎州、姚州及瀘州三都督府，所隸諸蠻州九十二，皆無城邑，椎髻皮服。唯來集於都督府，則衣冠如華人焉。天寶末，諸蠻中南詔蠻蒙氏據有其地，旋自立國號大理。”輾轉易姓改號，自五代石晉至宋，皆稱大理國。宋末，元起北方，當理宗寶佑元年，即元之憲宗三年，滅大理，複為蒙古統地。時蒙古尚未取宋，先有雲南。其色目種人，自西域回部移來者至夥。雲南回民之多，蓋自此始。回漢相仇之事，自來不可勝數。至道光間，漢回互鬥，焚殺幾無虛日。
賀長齡為雲貴總督，二十五年十月，永昌府又有回匪糾眾肆掠之事。迤西道羅天池殺戮永昌回民，指為內應，殲除幾盡，回益懷憤報複。長齡以辦理不善降調，代以李星沅，稍理其紛，未久調任兩江，又代以林則徐。是時梗法為暴者，與其謂為回民，寧謂實由漢民改變，回以被迫而控之官，省不能理，至控之京部。官不庇漢以虐回，提犯鞫訊。而漢民先以毀官署，劫獄囚，搜殺回戶，拆橋梗道，抗敵拒捕聞矣；唯亦有回人滋事者。則徐所謂“止問良莠，不問漢回”，自是正辦。然粵亂漸熾，賢長官不能久任滇中。漢回相仇，回以種族、宗教之結合，心力易齊；漢以各地之土豪，逞其勢力於一地，至回合各地以成眾，則聲勢不相侔矣。於是遂成十九年掘地僭號之禍。