宗棠急檄王德榜接統傅軍，沈玉遂接統徐軍，申明紀律，乃複振。河州回酋馬占鱉聞官軍增壘複進，使使詣行營哀請繳馬械聽撫，先後繳馬四千有奇，槍矛一萬四千餘件。西寧回目馬永福等亦乞降。二月，各遣子弟赴宗棠安定大營，獻馬五十匹。宗棠縱令歸巢，群回疑畏盡釋。乃奏：“辦撫以遷徙客回、安輯土回為要。河州全境周五六百裏，回多漢少，雜以番眾，同治元年變亂以來，陝回多避居其中。自陝境肅清，金積掃蕩，固原東、西山繼平定，各屬倡亂之回，亦多寄孥其間，此客回之應徙者。其本籍漢民，有受河回脅製，甘心役使，名為隨教者；有仇隙已深，逃至洮、岷、狄道充當勇丁，而親屬仍留者，宜分別拔出。其外來漢民，有被陝回裹脅而來者，有被河回裹脅、認為義子、齒諸奴仆者，宜勒令交出，送回原籍，此漢民之應徙者。至安輯之法，則檄安定、會寧、平涼、隆德、靜寧各牧令，擇荒地便水草者，安置降回。”以此分別辦理，河州平。
肅州之叛也，宗棠奉詔派勁兵西赴，已檄徐占彪赴之。四月，占彪進屯肅州中和橋。五月，攻肅州東關，克其大卡一，遂攻塔爾灣，破其堡四、墩卡十九。時錦棠自湘還隴，宗棠令道平涼、蘭州趨西寧，蓋白彥虎、禹得彥猶踞西寧旁近拒命。錦堂至碾伯，榜諭甘回安堵，專討陝回。七月，宗棠進駐蘭州省城。時肅州東西南三麵賊壘皆盡，而陝回禹得彥、崔三、白彥虎等旋圍西寧。九月，錦棠破走之，西寧解嚴。十二年正月，悉定西寧各回堡，群酋皆降，唯白彥虎向肅州，官軍攻肅州不下，彥虎先遁關外，入安敦玉境，遂獨與回疆踞回合。
肅州城濠深三四丈，冬夏不涸，古所謂“酒泉”。官軍以巨炮轟城，城坍而阻濠不得進，輒被回酋砌補。占彪因攻堅傷足，宗棠乃親赴肅州督軍。八月，至肅州，將士踴躍攻城，炮中數將，不克。宗棠見仰攻損精銳，乃增修濠壘困之。錦棠蕆西寧事，檄令至肅助剿。九月，錦棠至，日令降回馬福壽等馳馬城下，呼回酋馬四等曰：“死期將至，善自為謀。”馬四乃親詣大營乞命。諭令先繳馬械，次造土、客各回名冊，聽候安插。核對冊籍，拔出漢民。磔馬四等八人，殺客回一千五百餘、土回五千四百餘，皆積悍所並聚也。肅州平，大升賞，宗棠以總督協辦大學士，追鬆山功，賞男爵，餘給賞有差。
（二）新疆。乾隆開辟新疆，前已敘及。至道光初，昔時大和卓木博羅尼都，子孫遁居敖罕，有孫曰張格爾，以和卓之名，乘回疆辦事旗員昏憒失職，境外屬回之憤怨，得用安集延布魯特之眾作亂，陷喀什噶爾，時在六年八月。當是時，朝廷猶以故事主兵者必旗員，詔用伊犁將軍長齡為揚威將軍，宿將楊遇春以署陝甘總督為參讚。賊旋盡陷西四城，官軍扼渾巴什河，東四城無失。楊遇春、楊芳等迭複各城，以七年歲杪，會擒張格爾於喀爾鐵蓋山。是役經年餘而畢，以非甚勞瘁，不詳列其曲折。自是曆三十餘年，至同治初，陝回乘太平軍之釁倡亂。有陝中阿渾妥明出關，至烏魯木齊，結參將索煥章，煥章奉妥明為帥。會烏魯木齊都統勒捐防餉，奉行之役皆回人，漢民怨憤，抗捐兼有仇回之意。
三年四月，奇台縣回漢民鬥於市，回敗。其時庫車有能叛回警，南路回皆蠢動。烏魯木齊為都統、提督所駐，乃新疆都會。提督業布衝額遣兵赴南路討叛，其兵多回人，至喀喇沙爾（今改焉耆）潰歸，舉城反，時在六月。索煥章手戕提督並其家屬，據漢城，推妥明為主，煥章自為元帥，進圍滿城，八月陷之，都統平瑞殉節。於是烏城屬邑奇台、綏來、昌吉、阜康及哈密、吐魯番、呼圖壁、庫爾喀喇烏蘇，先後失守。妥明進號清真王，不用煥章，多引馬姓諸回為元帥。此為陝、甘出關之回，其人與內地回無別，亦與漢人無異式，是為新疆東路之回變始擁有名號者也。
既而東路回結新疆纏頭回。共取南八城。纏頭回與境外屬回為近。屬回舊以敖罕部為敢戰。敖罕一作浩罕，有四城。其東一城名安集延，距回疆喀什噶爾城僅五百裏。其人好賈遠遊，新疆南北各城處處有之，故即以安集延名敖罕。敖罕其時為俄所逼，國都已被並入俄，其酋號帕夏，宗棠奏中謂即“伯克”轉音。其人名阿古柏，東保安集延而王。喀什噶爾奸回金相印導帕夏入境，以兵取喀什噶爾，次第攻奪南八城。纏回以其同類，頗歸附之。妥明欲結纏回取此八城者，已為纏回導屬回先之，遂遣黨分陷山北諸城，塔爾巴哈台回民亦叛。五年，纏回又攻陷伊犁九城，新疆南北皆亂。其間漢民乃結團自保，寇至則戰，寇去則耕。其田公種公收，立壯士為之長，兵事田事皆屬焉。