太平軍陳得才合撚匪入武關，窺省城，省防標兵多遠征，巡撫瑛棨飛章乞援，官文、曾國藩商遣多隆阿或舒保援陝，道遠弗能至，民團戰敗，回勇亦散歸，經華陰小張村，伐民家竹為矛，主家噪逐，格鬥斃回人二，餘逃入回居之秦家村，糾眾複仇。會太平軍阻渭不得渡，仍出潼關入豫境，而回亂則已醞釀甚熾，漢民亦起相抗，焚殺相踵，村鎮往往為墟，詔瑛棨諭解，而由團練大臣張芾親往，遂被戕於回，由是困城戕官，殺屠萬計。同州、西安回焰既熾，鳳翔回亦殺漢民與相應。甘肅回皆蠢動。時川、滇土匪，及太平軍與撚匪，出入奔竄，多隆阿已入陝，又追剿東還，詔勝保督陝西軍，以雷正綰副之。二年二月，甘回陷固原，寧夏、河州、狄道、平羅、靈州皆反側。旋又圍攻平涼。多隆阿既逐賊出陝，仍返剿回。自二月至四月，連戰皆捷。八月，甘回陷平涼，複攻涇州。詔趣多隆阿西援鳳翔、平涼。九月，解鳳翔圍，鳳翔被圍已十四月。
將進剿甘回，而於十月滇匪藍大順竄陷盩厔，多隆阿移師困之。盩厔城小而固，大順百計守禦，久不能拔。而陝回懾多隆阿軍威，漸西趨。寧夏又有漢回互鬥之事起，兵備道侯登雲練民備之。將軍慶瑞主撫，奏劾登雲，勒漢團繳械，回遂夜襲陷寧夏城，登雲被害，漢民屠戮無遺。滿城隔數裏，慶瑞佯為弗聞。次日，靈州回起陷州城，而馬化隆本據金債堡，設碉卡，納亡命，反側鴟張。寧夏既陷，其酋赫姓，使使迎入城，群回跪道左，鹹聽命焉。化隆自其父馬二與穆大阿渾善，穆大阿渾習新教，臨死，以所服白帽紅衣授化隆，屬徒眾歸其管束。大阿渾之孫穆三、穆四、穆五，均為新教阿渾，自京師、天津及黑龍江，吉林之寬城子，山西之包頭，湖北之漢口，均有新教徒黨，潛匿勾引。化隆又自托神靈，妄言禍福，群回傾信之。化隆既起，遂足以號令甘回，厚集其毒矣，時陝回已漸肅清，多隆阿兵若不頓，甘回可以被懾不動。既為由滇入川之藍匪所掣，而旗員之為將軍於寧夏者又助成之，是為陝、甘、回毒盡發之日。
多隆阿攻盩厔久，朝廷以多隆阿行軍決勝最神速，怪此役獨遲，嚴旨催督。多隆阿以為恥，三年二月，力攻之，自登炮台援桴鼓，槍傷目，卒克其城。藍大順走漢陰，為鄉團所截殺。多隆阿以傷重，請以穆圖善權欽差大臣，四月，卒於軍。朝命西安將軍都興阿督辦甘省軍務，提督雷正綰幫辦。又以楊嶽斌為陝甘總督，代熙麟。巡撫為劉蓉，亦湘中名流，督諸將進攻回所陷城邑，時勝時敗，此克複彼又蠢起。又艱於糧運，軍以缺餉而嘩變，即不變亦屢為回所乘。當同治五年間，甘省小麥一石值銀一百六七十兩，他糧稱是。甘既窮瘠，不能不仰給於陝。西撚複入陝蹂躪。六年春，曾國藩檄鮑超霆軍、劉鬆山老湘營西援。超以勇著名，為宿將。鬆山為王錱舊部，能得錱部勒法，而益以識力膽勇，為後起之異材。國藩之為陝計，為剿撚計，可謂周矣。
顧於是時，鮑超方剿東撚，與淮軍劉銘傳共扼撚於湖北德安、安陸之間。尹隆河之役，超出銘傳於險，銘傳恥素輕霆軍，而今反倚霆軍自救，乃以其失利諉咎於霆軍之失期。李鴻章據銘傳言入奏。時超已援銘傳於圍中，續得累勝，自喜有功，忽奉嚴飭，大憤，引疾解軍職。唯鬆山獨入關，逐撚方急，亦不暇問回。嶽斌督陝、甘被困，乞養，且陳病。朝廷乃移左宗棠自閩、浙督陝、甘，時為五年十一月。未幾，宗棠於武昌途次，又奉欽差大臣之命，且從所請，以按察使劉典改三品卿幫辦軍務。鬆山於其時先抵西安，蓋五年歲杪事也。甘回乘陝有撚患，時時入掠，逐之則退，去輒複來。劉蓉以事罷，喬鬆年代。六年二月，回、撚分擾全陝，各路請援，鬆年無以應，唯奏催宗棠。宗棠頓漢口，募勇未集。陝官紳瀝請宗棠速赴，宗棠非於軍事餉事有成算不遽進，唯鬆山一軍戰撚，所至必勝。蓋用老湘營之節製，又倚國藩之餉源。