十一月，朝命國藩回江督任，授鴻章欽差大臣剿撚。時西撚已由湘軍劉鬆山躡其後，撚不得東還。而陝中有回亂，朝命左宗棠以陝甘總督為欽差大臣，兼剿回、撚。東撚則回竄山東，鴻章方踵國藩成規防運，而運河在濟寧以北防段由山東巡撫任之。會天旱水涸，人馬可行，六年五月，突破運防，議者嘩然，以為防河防運有同兒戲。鴻章不為動，乃創倒守運河之策，截東撚於運河以東。撚更東趨入登、萊，鴻章乃更於膠萊河設防，蹙賊於海隅而殲之。並嚴運防，以為膠萊河防之重固。
七月，撚又反撲，由海神廟潛渡濰河，山東軍不能禦，膠萊防潰，急扼運防，追賊至贛榆，降人潘貴升陣斃任柱，餘賴文光眾無幾，複流竄至揚州，守運軍擊擒之，東撚遂平，時在六年十二月。禦流寇之法，以不流之兵待之，限以河道，守以長牆，無河之處，掘濠續之，其事甚拙而不能保其無失；一失，則譴責隨之。疆臣尤不樂於境內設防，以為戰鬥乃督帥之責，代分防線之任，又且域而限之，使久戰於其土，皆所不便，故訾議防河之說甚盛，朝廷亦疑之。鴻章堅持國藩始議不少詘，雖累遭失敗，然辦賊得多迎戰而少尾追，防賊得縮小其區域，而少保聚不及之患，使賊之擄掠日少，損折日多，以至於亡。此亦曾、李有功以後之威信足以堅持之，不然亦敗於群口矣。
西撚之竄陝也，由湘軍劉鬆山躡之，不令停足。唯陝中回匪方熾，撚酋張總愚乘機奔進，終以湘軍緊迫，無從久踞。六年，宗棠入陝，聲勢益壯。時總愚竄渭北，屢為官軍所敗。宗棠慮其回竄鄂、豫，檄諸軍扼渭上，並檄山西按察使陳湜防河。而賊無所戀於關中，急趨北向，竄陷綏德，分擾米脂。以十一月二十二日，由龍王廟乘河冰已合，呼嘯過河，山西平陽、蒲州並警。晉、豫急急防守，賊已由絳州、曲沃、垣曲山僻小路竄豫。十二月初九日，過晉、豫界邵原關，抵濟源縣境，遂遍竄懷慶、衛輝兩郡地，逼近畿輔。其時正東撚就殲、論功行賞之日，近畿驟警。宗棠自賊竄渡河，急督所部入晉，請敕劉典暫行督辦陝省剿回事務。至是，由翼城東趨入直，已奉“調度無方，革職留任”之旨，而山西巡撫趙長齡、防河按察使陳湜，則遣戍矣。
劉鬆山之軍，由宗棠飭從北路徑向畿南，朝命又嚴催鴻章入援。時直督為官文，亦以毫無布置被責。七年正月，鬆山軍追賊及之於河內，大捷。賊竄直隸境衡水、定州等處，再降宗棠二級。而鬆山軍已抵保定，宗棠亦抵獲鹿，又有旨獎之，而切責鴻章不即至，亦奪職。鴻章疏陳：“辦流寇以堅壁清野為上策，川、楚教匪辦理十數年，卒賴此收功，任、賴撚股流竄數省，畏圩寨甚於畏兵。豫東淮北，民風強悍，被害已久，故圩寨到處高堅，與城池等，撚不能久停肆擾。湖北、陝西素無圩寨，籌辦不及，賊得盤旋飽掠，其勢愈張。自渡黃入晉，沿途擄獲騾馬，步賊多改為騎，我軍騎少步多，即騎兵每人不過一馬，追逐病斃，即已無馬，賊每人二三騎，隨地擄添，狂竄無所愛惜，官軍不能也。又彼可隨地擄糧，我須隨地購糧，勞逸饑飽，皆不相及。今欲絕賊糧，斷賊馬，唯趕緊堅築圩寨。
如果十裏一寨，賊至無所掠食，其技漸窮，或可克期撲滅。”蓋以平東撚之經驗言之。時朝命恭親王節製各路統兵大臣及各督撫，又命宗棠總統各軍。宗棠連破賊於獻縣、深州、束鹿、博野、深澤、饒陽、肅寧等處。二月，賊再竄衛輝，直至臨清；官軍追剿。四月，突回竄直境，襲天津，宗棠又以落賊後降三級留任。鴻章亦到，遂與宗棠會籌且防且剿之策。閏四月，黃、運兩河增漲，官軍既逐撚南下過滄州，滄州南有捷地壩，在運河東岸，當減河口，乃開壩導運入減，就減河北築牆，以為滄、青、靜海屏蔽，複圈之於徒駭、黃、運之間，湘、淮諸軍就而蹙之。六月二十八日，諸軍追撚至東昌之茌平境，水溜泥陷，總愚奔走無路，攜八騎至徒駭河濱，下馬投水死，西撚亦平。諸大帥所被降黜嚴譴皆複，且有加賚焉。治馬賊之法，卒用阻水築牆，堅壁清野，是為長策。明之亡於流寇，蓋以將帥不足任此。撚禍之與闖、獻，相去能幾何哉！