顧欽差大臣和春頗自謂克金陵在近，有驕意，援浙值敵退有功，兵分在外，餉又不繼，以四十五日發一月餉，太平軍驟乘之，自閏三月初七起，撲大營，張國梁拒戰數日，漸不支，再退丹陽，並陷溧陽、宜興，進圍丹陽大營。國梁受傷投水死，和春走常州，再敗退滸墅關，亦以傷重死。常州為總督僑駐地，總督何桂清遽率司道退蘇州，巡撫徐有壬不納，乃退常熟。士民守常州，數日城陷，蘇州繼之，有壬殉焉。於是由蘇而浙，東南糜爛。朝命逮桂清，加國藩尚書銜，署兩江總督，督辦江南軍務。國藩又與林翼會保左宗棠募勇赴敵。
宗棠在湘居撫幕，負才氣，任天下事，巡撫駱秉章倚任專。會劾罷永州總兵樊爕，爕訐控於總督官文，以紳士把持官事為罪，官文檄宗棠赴鄂質審。樊爕者，湖北鍾祥人，樊增祥之父也。宗棠故高視一切，不為人下，秉章奉以賓師，不受保獎。視湘中立功之將帥，指揮或加訓迪，以諸葛孔明自居，嚐稱“老亮”。而郭嵩燾之弟崑燾，亦以佐理幕府，稱“新亮”配之。以避督府威焰，出走至湘軍諸帥軍中。曾、胡乃奏請給京堂職名，獨當一麵，是為國藩以督師任地方，始有軍餉兼理之權。宗棠出幕府，為朝官，遂為封拜之初步。而太平軍事居勘定之功者，遂皆出湘軍或其所提挈，無有與之同功者矣。
江南大營之陷也，在十年閏三月十五日。時宗棠已避仇入林翼軍中，聞而歎曰：“江南營將蹇兵罷，不足資以討賊。得此洗蕩，而後來者可以措手，天意其有轉機乎！”林翼亦曰：“朝廷能以江南事付曾公，天下不足平也。”四月十九日癸未，朝命國藩署江督；翌日，宗棠奉賞給四品京堂，襄辦國藩軍務之命，促救蘇、常。時國荃已由林翼遣攻安慶，議者謂國藩當撤安慶圍師，先所急。國藩謂安慶關係淮南全局，即為克複金陵張本，不可動。身自渡江趨祁門，扼江西、安徽軍衝。以六月十一日至祁門，二十四日奉諭實授江督，並命為欽差大臣，督辦江西軍務。七月，英、法兵陷天津，八月，文宗幸熱河，國藩、林翼疏請入衛。會和議成，敕止北上，得專力對太平軍。
國藩既駐祁門，太平軍在江南者，李世賢、李秀成、黃文金等，迭出江、皖之間，斷祁門餉道。宗棠率鮑超、張運蘭諸將轉戰，敵屢卻仍奮進，國藩大困。蓋自靖港初出時一困，鄱湖隔絕時再困，至此凡三困。十一年四月，乃移駐東流，與水陸相依倚，全局始活。時宗棠已以功擢三品京堂，補太常卿。國藩請改宗棠為幫辦軍務，俾事權漸漸屬，儲為大用。而江、皖經宗棠收複郡縣，太平軍漸退入浙。其在江北者，陳玉成以安慶為必救，家屬亦留居安慶，糾合太平諸將，從英山、霍山間道入鄂，擾安慶圍師根本。林翼先遣李續宜回援，繼自返赴急。國荃圍安慶之師，迄不分解。國藩亦身至國荃軍，商撤否便宜。國荃示以必可駐攻狀，日夜與太平軍之來援者血戰，卒不退撤。