是年七月十七日癸卯，文宗崩於熱河，穆宗立。八月初一日丁巳，國荃克安慶，是為肅清東南之基。時林翼久病咯血，力疾成此勝算，至二十六日，卒於武昌軍次，蓋猶及見安慶之捷也。至九月，國荃軍連克安慶以下沿江諸隘，駸駸直指金陵。十月十八日，朝命國藩統轄江、皖、贛三省，並浙江全省軍務。所有四省巡撫、提、鎮以下，悉歸節製。宗棠赴浙援剿，浙省提、鎮以下歸宗棠調遣。又諭江北軍將軍都興阿、皖北軍欽差漕督袁甲三，遇緊要軍務，均會商國藩辦理。國藩力辭，並請明降諭旨，令宗棠督辦浙江軍務，謂宗棠前在湖南，讚助軍謀，兼顧數省，實應獨當一麵。奉諭不允辭，唯宗棠準自行奏事。
十一月，太平軍陷杭州，將軍瑞昌、巡撫王有齡皆殉。先是，浙江軍務猶命瑞昌為幫辦，至是，專待湘軍入浙，亦宗棠所謂洗蕩而後可以措手者也。十二月，詔授宗棠浙撫，李續宜皖撫。時江、浙淪陷，江蘇則江北僅保揚州以東裏下河，江南僅保鎮江及上海。鎮江依水師而存，上海依洋商開埠而太平軍不願擾。浙江則浙西僅有湖州，為籍紳趙景賢所固守，而四麵皆太平軍，孤懸隔絕。浙東則衢州一線為官軍由贛進浙之路。宗棠先平江西，進趨衢州，為綽有後路之軍。蘇則大軍尚在皖境。朝廷原意以國荃下援鎮、滬，規複蘇、常。國荃意金陵指日可達，攻彼都城，足致敵救，攻金陵正所以分蘇、常敵勢，使之易取。國藩壯之。其時上海為退守之官、避難之紳麋聚棲托之地，群推代表舉人錢鼎銘等，攜公函，籌雇洋商輸船，乞師於安慶大營，即以輪船迎載。又有蘇籍大學士翁心存奏言：“蘇、常紳民，結團自保，盼曾國藩如慈父母，請飭該大臣派援。”奉旨詢國藩，並詢國荃：“安慶克後，回湘募勇，曾否回營？著速東下。”國藩乃定留國荃攻金陵，而薦幕下延邵建道李鴻章堪膺封疆重寄，請明詔令署蘇撫，赴滬圖進取。
鴻章以道光二十八年丁未進士，入翰林。父文安，以刑部郎中記名禦史，其通籍與國藩同歲，故鴻章早以年家子師事國藩，國藩賞之。太平軍既陷金陵，各省紛起辦團練，安徽以旌德籍侍郎呂賢基為團練大臣，奉命擇人自助。鴻章方在籍，賢基奏留之，鴻章始從戎。未幾，陳玉成攻陷皖北各郡縣，賢基在舒城殉，朝命江忠源撫皖，國藩以鴻章可任事告忠源，而忠源又殉於廬州，遂從新巡撫福濟，建議欲複廬州先取含山、巢縣，福濟授以兵，遂複二縣，時鹹豐四年十二月。福濟將以道員疏薦，而左右忌者爭擠之，遂輾轉無所就。八年，國藩以奪情起，督軍江西，鴻章遂入軍幕，多所讚助。十一年，安慶既下，議攻金陵、援浙、援蘇三大任。國荃願任金陵，宗棠已由贛漸向浙，蘇為財賦重地，亦急於收複，遂委之鴻章。疏保鴻章才大心細，可獨當一麵，令招淮勇七千，以淮甸人健銳，且久為太平軍出入地，習攻守擊刺者多。遂選鄉裏帶勇之劉銘傳等數人，並編修劉秉璋、舉人潘鼎新等為將領，並綜營務。弟鶴章亦從軍。又於湘軍中選程學啟、郭鬆林等，用曾軍編製法成軍，是為淮軍與湘軍代興之始。自此以國藩一身，總戡亂之成，而大功告蕆之基，悉定於是。
同治元年正月一日，詔授國藩以江督、協辦大學士。初四日，又授國荃浙江按察使。倚畀之殷，加於往日。旋以軍中奏報較簡，諭詢其故，並列款問當時要務，敕國藩及浙撫左宗棠、皖撫李續宜速奏。國藩奏言：（一）國荃募勇，二月底可抵安慶，擬令進攻巢、和、含以達金陵。楊載福回湘，因辰、沅有警，留湘防守，已催令先於二月回營。（二）鴻章新募淮勇立營，另撥湘勇數營，二月可成軍，擬由陸路赴鎮江。（三）攻金陵必腳根先穩。（四）潁州被圍，續宜派兵赴援。（五）謀浙從衢、嚴入，現左宗棠屢獲大勝。（六）鬆、滬告急，擬借洋兵防守。並陳奏報甚少之故：凡謠傳之言，未定之事，預計之說，皆不輕奏。嗣後擬十日奏事一次，急則加班。
諭又以“各路軍營，往往以遊移無據之詞馳奏，本屬陋習，擬定十日一奏，有警加班，轉覺拘滯，仍當毋失常度，力求實濟”。二月，國荃抵安慶，詔授江蘇布政使，並諭兄弟無庸回避。淮勇成軍，本擬由巢、含繞越金陵，從揚州達鎮江，而江蘇紳民備銀十八萬兩，雇輸船八艘來迎，遂以三月初八日由安慶分起開行，徑抵上海。旋奉命署江蘇巡撫。是月，國荃與弟貞幹，盡克皖境江北岸各隘，直破西梁山堅壘。四月，複南渡會彭玉麟水師，克太平府、金柱關、東梁山、蕪湖縣，於是金陵上遊門戶盡辟。會皖北軍將軍多隆阿克廬州，陳玉成走壽州投苗練沛霖，沛霖獻勝保軍前斬之。玉成號“四眼狗”，久踞皖北，屢突上遊，為安慶解圍，卒不可得。至是，為苗練所賣。苗練者，苗沛霖以練起，既擁眾，反側於官軍與太平軍之間。本諸生，自稱“老先生”，諸練目皆稱“先生”。久與玉成往來。玉成事急往投，遂為獻，因以為勝保功，而師事勝保，勝保之。為攻金陵之師去一後路患，未始非當時一功也。