當鹹豐五年，胡林翼既為湖北巡撫，從上遊規複武、漢。時曾國藩所率水師尚困於江西，不得出湖口。而林翼急思得湘軍上將為助，請調羅澤南入鄂。國藩方倚澤南軍肅清江西腹地，而澤南以為武、漢不急複，不足圖九江，即江西之師終不得與外江合。自請行，國藩許之。會江西之義寧州被由鄂來之太平軍攻陷，澤南赴剿，以七月十六日克其城，而官文、胡林翼調援武、漢之檄至，遂由義寧入鄂。緣道皆太平軍據地，澤南連克通山、崇陽、蒲圻、鹹寧，轉戰至十一月而達武昌。林翼亦從上遊會官文督率楚軍，攻克德安府，又克漢川縣，與湘軍水師之在外江者楊載福、鮑超等均來會。林翼見澤南，以師禮事之極恭，事必谘而後行。羅門弟子李續賓、續宜兄弟輩，林翼與親密如昆季，是為湘楚會攻武、漢之師。
方澤南之赴剿義寧，曾軍正由塔齊布籌攻九江，力辟出江之路，而塔齊布忽於七月十八日驟卒。曾軍始起，稱將材者以塔、羅為首，羅既入鄂，塔又不幸，年止三十九，江西部曲稍弱，又增調湖南平江勇，以李元度等為管帶，由南康渡湖，攻湖口，克之，唯石鍾山未下，並複都昌。是時江南北兩大營亦尚能久駐，且亦分軍出剿，克複旁近郡邑，但亦旋得旋失。江中官兵亦有水營二：一為浙艇，泊焦山；一為粵艇，泊金山，然不足斷江南北太平軍之聯絡。蓋湘水師未下駛，太平軍所憚之粵艇不過如是。鹹豐六年三月，揚州再陷，十餘日而複。太平軍於江南北四出攻掠，江、皖之間，城邑迭陷。向榮疲於援應，遂以五月失陷江南大營；賴張國梁力戰，保榮突圍出，退守丹陽，是為江南大營第一次敗退。向榮旋卒，朝命江南提督和春代榮。而其先湘、楚軍力攻武昌者，以三月初乘勝薄之，羅澤南中流彈入腦，傷重，數日卒，時官至寗紹台道。其部眾即由林翼派羅門弟子李續賓接統，攻武昌如故。
向榮之卒也以七月，由廣西提督與太平軍相角，雖不能全捷，而尾追出境，直至太平所定都之金陵，攻守曆三年有半，使太平根本之地無一日釋警。張國梁，本廣東高要人，少習賈於貴縣。值太平軍興，已被脅附，令入向軍詐降為內應。榮察知之，而重其人，感以誠，遂真服，所向立功，與榮相處如父子。榮死，以軍事屬之，江南大營遂能複振，和春實受成而已。太平軍初聞榮已死，以為莫予毒也。楊秀清在軍中攬事過秀全，凡有誥諭，首署秀字，拆為禾乃二字。其文曰：“禾乃師、贖病主、左輔、正軍師、東王楊。”至是，遂令其下呼以萬歲。秀全懼逼，召北王韋昌輝、翼王石達開歸圖之。昌輝自皖先至，秀清招飲，即飲次刺秀清死，割而烹之，盡殺其黨。達開自鄂後至，責昌輝處秀清太過。昌輝怒，並圖之。達開夜遁，昌輝盡誅其母妻子女。
秀全益懼，複與秀清黨共攻殺昌輝，傳其首招達開乃返。時同起事之五王皆盡，唯達開存，終覺為秀全所猜，未久複出之皖，而國梁之師已由丹陽日逼，時在六年八月。至十一月，胡林翼偕官文以一日間同複武、漢，水師乘勝下清江麵，迭克興國、大冶、蘄州、蘄水等州縣。時湖南以曾國藩久困江西，由巡撫駱秉章募勇二千，遣國藩弟國荃往援。國藩諸弟國華、國葆，亦先以父命乞師於林翼，林翼予以五千人，先後由湖南入江西，收複袁州並旁近諸縣地，兄弟會於南昌。而上遊水陸軍由武、漢捷後東下者，李續賓軍亦自大冶、興國入江西，克瑞州，遂攻九江。南昌已無西顧憂，國藩親至九江視師。續賓所統，即上年國藩所遣援鄂之師。轉戰各一年有半，至此方會。江南張國梁軍亦迭勝，克江寧諸屬邑，而太平軍以內變後勢又大蹙。七年二月，國藩丁父憂，與諸弟奔喪回。續賓濬長壕困九江，力攻又閱一年半，至八年四月乃下。
太平軍既不得誌於畿輔，而金陵為定都根本之地，官軍留屯攻剿不絕，勁敵唯有湘、楚，而長江關鍵，腹地門戶，武、漢而下，集中於九江、安慶兩城。官軍欲圖金陵，非克此兩郡城，不能固其後路。胡林翼既平武、漢，專意二城；太平軍亦以全力救護之。英王陳玉成率大兵屯皖、豫、鄂三省之處，結合撚匪為用，四出摧陷，冀解兩城之圍，尤注意武、漢，將覆湘、楚根本。李續賓既專攻九江，林翼亦率師出省，助之規劃。守九江太平貞天侯林啟榮力扼鄱陽、湖口，使湘軍水師入湖者數年不得出，國藩但力保南昌，分剿旁郡，以為鄂、湘捍蔽。七年二月，以父喪歸，準假三月。國藩連疏終製，乃開兵部侍郎缺，令守禮廬候旨。楊載福接統水師。時外江、內湖尚梗，湘軍雖一克湖口，然石鍾山太平壘仍堅踞，湖口終非官軍所能守。載福總理內外水師，時官提督，以彭玉麟為協理，時官惠潮嘉道。玉麟建議，拔石鍾山乃為克湖口，克湖口則九江自下。於是年九月，約外江進攻，內湖衝出，陸師拔臬司李孟群一軍，聲言開皖北禦玉成軍，繞山後攻其壘，水師攻其前，太平方悉眾堵禦，出不意焚其壘，遂克湖口。兩軍傷亡皆巨，為湘軍第一血戰。後國藩有石鍾山《昭忠祠記》記之。克湖口之日，為七年重九節。