以八月陷平陽，學士勝保統帥收複之。朝廷以勝保代訥爾經額為欽差大臣。太平軍由洪洞東趨，直入畿輔，踞臨洺關至深州。逮訥爾經額，命惠親王綿愉為奉命大將軍，科爾沁郡王僧格林沁為參讚，總統四將軍，督旗營察哈爾精兵，會勝保進剿；京師並設巡防所。是為太平軍直逼燕京之師。而太平所都之金陵，則亦為向榮所統之江南大營緊逼不舍，且亦間分其兵收複旁郡失陷之地。而太平軍則以清中葉之廢弛養癰，伏莽遍地，地方官又積慣承平粉飾之習，所到即破，以故力不能摧向軍，唯有分軍旁突，使向軍自陷於孤立而撤退。既圍南昌未克，退趨九江，陷之，遂入湖北境。連陷黃州、漢陽。其踞安慶者，則由桐城、舒城向廬州。舒城有督辦團練之在籍侍郎呂賢基殉之。廬州則自安慶陷後，大吏僑寓以為安徽省治。江忠源既出南昌圍中，即由臬司超授安徽巡撫。聞廬州急，疾趨入廬城，所部兵僅數百，胡以晃以十萬眾圍之，拒守月餘，敵勢盛，外有赴援者亦格不能達，以十二月十七日城陷殉節。
時林鳳祥等北上之軍，為僧格林沁等所扼，秀全乃命皖北之軍渡河入山東，以為河北之軍應援。鳳祥已進至天津，據靜海縣，以獨流鎮為堅壘地。四年正月，僧格林沁軍攻破獨流鎮，鳳祥南退河間之阜城。入山東之太平軍由金鄉破臨清，冀聲勢與相接。時在四年三月。旋為勝保克複臨清，退走冠縣、鄆城，至曹縣堅守。勝保追至，四月破之，逼入黃河，並緣道所追殺，此一軍自丞相曾立昌、許宗揚以下皆沒。而僧格林沁亦攻克阜城，鳳祥退連鎮，複分兵入山東，冀應合曹縣之軍；蓋未知勝保已肅清曹縣也。五月陷高唐州。是時太平軍之北上者，日退日蹙，而曾國藩之所治水陸軍已成。會湖北官軍由總督吳文鎔率以出剿，敗死於黃州，太平軍連陷德安諸郡縣，金陵複益師會之。溯江，複入湘，陷嶽州，至湘陰。舟集靖港，國藩與戰不利。太平已間道襲湘潭，益掠民船，將溯湘江通兩粵。國藩於靖港之敗，投水將殉，為人救起，乃派水師楊載福、彭玉麟等，陸師塔齊布等，急援湘潭。水師連戰，焚毀太平軍船六七百隻，斃者千餘，並退入湘潭城。四月初五日，陸軍克湘潭。太平軍水陸死者萬數，解散之眾稱是。以團勇克此大敵，湘軍之氣始揚，自信必可任征討之任矣。
太平軍之由漢入湘，越武昌而過，期得誌於嶽州以上。曾軍既克湘潭，太平軍尚走陷常德，兵鋒至辰州。既知曾軍將規取嶽州，湘中太平軍皆退。先至嶽，期扼守以阻曾軍。在漢陽者，亦渡江陷武昌。武、漢、嶽州扼長江衝要，而肆掠於荊、襄間。曾軍於六月之杪以水師攻嶽，七月初一日克之。陸路塔齊布軍亦陣斬太平驍將丞相曾天養。閏七月，複大捷於高橋，遂迭複通城、崇陽各邑。八月二十一、二十二兩日，水陸攻武、漢，同時並下其城。九月，克興國、大冶。十月，克蘄州。十一月，克廣濟、黃梅。十二月，方攻九江、湖口，而太平軍乘湘軍已至下遊，突再入鄂。湖廣總督楊霈敗於廣濟，武、漢岌岌。五年正月，漢口複失，太平軍入襄河，迭陷各邑。湘軍回救，而水師之已入鄱陽湖者遂為九江太平軍所梗，不得出。別為內湖水師，調羅澤南移師，與水師相依倚，洗清江西腹地。而湖北荊、襄軍大敗。三月，武昌複陷，巡撫陶恩培死之。於是胡林翼署鄂撫，圖規複，湘人始有任地方兼兵柄者。
前江忠源甫任皖撫而殉節，曾國藩有督師之名，至今尚困於江西，餉事握於各省長官之手，軍權由其自奮而有立，政權則未之屬也。林翼以湘中第一流，當武、漢兵事之衝，任全鄂地方之責。武、漢經三陷，百孔千瘡，至林翼之收武、漢，乃為第三次克複，遂能用為東征根本。察吏安民，以政事足財用，以一身係湘軍全局。問兵事，曰“唯我在”；問餉事，曰“於我取”。朝廷所置荊、襄等處欽差大臣兼湖廣總督滿洲官文，人尚長厚，而為清廷所倚，務交歡之，使不掣肘，有功則推與之。官文亦唯命是聽，結為兄弟，登堂拜母，相得無間。遂以其間出境督師，收複濱江九江、安慶各要地。敵於其時，猛撲鄂境，以撓後路，武、漢時有危機。林翼遣將赴援，卒不撤九江、安慶之圍，以終其事。向時積亂稔禍之湖北，林翼用之而為平亂弭禍之淵泉。以此與太平軍相角，乃非浮寄之軍。一切接濟，聽命於朝廷所置賢愚不等之大吏矣。其時直取畿輔之太平軍，亦於五年正月為僧格林沁攻破連鎮堅壘，擒林鳳祥送京師磔之。二月，複高唐州，餘眾退踞馮官屯，四月破之，擒李開芳等。北軍盡覆，無複孑遺。凱旋，撤大將軍、參讚大臣，京師解嚴，是為成敗大略可睹之一段落。