按照幕府規劃，京都的治安主要交給鬆平容保的會津兵，而江戶的治安則交給了譜代莊內藩。莊內藩主酒井忠篤，他老祖宗酒井忠次乃是德川家康麾下“四天王”之一，那對幕府當真是忠心耿耿。一聽說有人在江戶鬧事，忠篤立刻親自領兵前往鎮壓，逮住了幾名浪人嚴刑拷問，很快就查明了幕後主使原來是薩摩。
酒井忠篤向幕府請示，應當如何懲處薩摩。勘定奉行（相當於內政部長）小栗忠順聞聽此訊怒不可遏：“薩摩果真要造反嗎？倘若置之不理，各藩都會起而效尤，則幕府的威信何存？”立刻命令莊內藩兵前去包圍薩摩藩邸，以及薩摩的支藩佐土原藩的藩邸，一把火全都燒成了白地。
幕府大目付瀧川具舉和勘定奉行並（指勘定奉行的助手）小野友五郎是在當年的12月28日來到大阪，上報焚燒江戶薩摩藩邸之事的，這件事極大地鼓舞了城內的強硬派——“開戰！殺上京都去，討伐奸賊薩摩，拱衛天皇陛下！”雖然在他們心目中，德川氏江戶幕府永遠是第一位的，可是傳統和輿論擺在那兒，也不可能把矛頭直接指向天皇朝廷，於是隻好打著“清君側”的旗號，希望能夠從薩摩、長州等倒幕諸藩手裏把天皇給搶過來。
隻要天皇到手，公武合體就能順利達成，幕府就不會倒台，薩摩、長州，還有什麼可鬧騰的呀。
群情激昂，搞得德川慶喜一時沒了主意。慶喜本人是沒有開戰決心的——就這一點點軟弱，後來直接導致了德川氏政權的徹底垮台——但扛不住強硬派的一再遊說，最終在第二年也就是慶應四年（1868年）的正月二日簽署了《討薩表》，正式派出大軍前往京都，去跟薩摩交戰。
德川方共有多少兵馬呢？根據統計，總數大約為15,000人，其中既包括了幕府的旗本，也包括會津、桑名等佐幕方的兵馬，更包括新選組、見廻組等準警察部隊。大軍分為三個部分，兩部各5,000，浩浩蕩蕩殺奔京都，剩下5,000繼續守衛大阪城和德川慶喜。
相比之下，薩摩兵、新入京的長州兵，以及其他護衛京都禦所的倒幕派各藩兵馬，總數還不到5,000。以一敵三，即便薩、長的裝備再精良，士卒再英勇，這仗也是很難打的，況且，幕府軍還大多是法式裝備，不見得比英式裝備的薩、長兵差。消息傳來，三條實美、岩倉具視、西鄉隆盛、大久保利通等人趕緊聚在一起商議，並且做好了戰敗的準備。
“這第一仗，看起來是必敗無疑了，重要的是要保護天皇，不能讓天皇落到德川家手裏！”
聽了岩倉具視的話，西鄉和大久保連連點頭，回複說：“我等已有腹案。一旦情況危急，就請三條公護衛著天皇陛下換穿女裝從禦所逃出，前往長州暫避。再請鳳輦（天皇出行的正式儀仗隊）駕幸比叡山，以欺瞞敵軍。隻要計劃周密、時機準確，則等德川軍搶到鳳輦，知道上當的時候，陛下已經遠離京都去了。”
天皇男扮女裝逃亡，這是個傳統。1159年，源義朝發動叛亂，16歲的二條天皇就曾經這麼幹過；1331年，為了對抗當時的武家政權鐮倉幕府，53歲的後醍醐天皇也曾經這麼幹過。據說二條天皇是個容貌俊秀的美男子，還則罷了，那年過五旬的後醍醐長著張大寬臉，還留著威武的大胡子，竟然能夠穿女裝騙人，實在有夠搞笑的。
新選組血風錄
幕府大軍浩浩蕩蕩向京都殺來，隊列中飄揚著繪有各種家族徽章的旗幟——當然，其中最主要的是就是德川家世襲的三葉葵紋及其各類變種。日式家紋和西歐家紋有著根本的不同，首先，最基本的圖形輪廓是圓形而非盾形，其次，用動物做家紋的很少，相反，以植物紋樣為最多。除此以外，基本的幾何圖形、日常用品，甚至漢字也常被變形為家紋圖案。
幕府大軍的隊列中就夾雜著幾麵寫有漢字的旗幟，不過它並不代表一個家族，而是代表了一個組織——高張“誠”字大旗的新選組。
咱們前麵說過，新選組乃是以尊王佐幕為行動原則的京都準警察部隊，有獨特的旗幟、獨特的製服，也有獨特的組織結構。芹澤鴨和新見錦遭肅清以後，新選組被以近藤勇為首的試衛館門人徹底控製，但後人也往往評論說：近藤勇雖為最高領袖——局長，組織內的大小事務卻往往由另一個人說了算，那就是副長土方歲三。
土方歲三為新選組草擬了簡明扼要但異常嚴格甚至是冷酷的“局中法度”，包括以下幾條：
一，嚴禁違背武士之道；二，嚴禁任意脫組；三，嚴禁任意收受金錢；四，嚴禁任意介入糾紛；五，嚴禁私鬥。
凡有觸犯以上五條禁令的，處罰辦法隻有一種：切腹謝罪。
新選組全盛時期擁有四百多名組員，試衛館門人在其中隻占很小一部分，其餘組員出身不同、來源不同，當然思想傾向和行為處事上也就千差萬別，想用如此嚴格的法度來約束形形色色的組員，無疑是件很困難的事情。正因為如此，新選組從建立一直到消亡，始終由血腥的內部整肅所貫穿——新見錦切腹和芹澤鴨被殺，隻是開端而已，遠非終結。
首先在1865年3月，總長山南敬助突然脫隊離開，結果被土方歲三和衝田總司追上，一番唇槍舌劍後將其逮捕，數日後即被迫切腹自盡。
這位山南敬助可算是半個試衛館門人，他本是小野派一刀流的高手，後來又學北辰一刀流，為了磨煉武藝而巡遊各地。在江戶試衛館和近藤勇較量過後，敬助深為其劍術和人品所折服，拜投在門下，後來也跟著加入了新選組。芹澤派被肅清以後，敬助出任總長一職，地位略高於副長土方歲三。
據說山南敬助為人寬厚，和各門各派出身的隊員關係都很好。但與近藤、土方等人不同，他老家既不是江戶，祖先也並非德川家臣，和“八王子千人隊”更是徹底拉不上關係，尊王的色彩較濃，佐幕色彩則淡薄很多。或許正因為如此，他才逐漸看不慣近藤、土方的所作所為，起意脫隊，導致被迫切腹的吧。
連這種試衛館老門人、排位第二的總長都難逃觸犯法度而死的命運，別人就更不用說了。
就在山南敬助切腹後的第二年，新選組遭遇了一次規模較大的分裂，分裂首腦就是咱們前麵提過的伊東甲子太郎。這個人的正式名字應該叫伊東武明，是常陸國誌築藩上士出身，曾長年在水戶遊學，是水戶學說的堅定捍衛者。1864年的時候，他突然收到同門（北辰一刀流）好友藤堂平助的來信，邀請他加入新選組。
藤堂平助這個家夥的來曆很複雜，傳說是伊勢國津藩藩主藤堂高猷的私生子，雖然並非試衛館門人，卻深得近藤勇的器重，被任命為八番隊長。平助給伊東甲子太郎寫信，大意說新選組是個尊王的組織，正在京都維持治安，兄長報複遠大，何不前來同襄善舉，共赴國難呢？甲子太郎看了信心動不已，於是便和兄弟鈴木三樹三郎，以及好友筱原泰之進、服部武雄、加納鷲雄等人一起上京，加入了新選組。
伊東甲子太郎以其高明的劍術、卓越的學識，很快就被近藤勇看重，任命為參謀，跟山南敬助、土方歲三平起平坐。可是甲子太郎一心為了尊王來的，進了新選組一看，這組織表麵上尊王，實際上佐幕，心裏就有點不爽。他還想依靠自己的三寸不爛之舌扭轉組織走向，但經過兩年的努力卻收效甚微，失望之下，帶著藤堂平助和鈴木三樹三郎等人一起脫隊，去組建了禦陵衛士，也稱“高台寺黨”。
按照局中法度，脫隊就是死罪，咱們前麵說過，在脫隊7個月以後，新選組對高台寺黨發動了一次突襲，伊東甲子太郎和藤堂平助都倒在了血泊之中，鈴木三樹三郎及時逃入薩摩藩邸，才勉強保住了性命。
脫隊整整7個月才遭到懲處，大概因為伊東甲子太郎拉走的人太多，新選組暫時還找不到動手的好機會吧，其中某人的動向很值得關注，背後似乎隱含了無窮的陰謀秘計——這個人就是新選組三番隊長齋藤一。
齋藤一是新選組最年輕的幹部之一——在大家的印象裏，一番隊長衝田總司是個萬年正太，但實際上總司有生於1842年和1844年兩種說法，如果前一種說法正確，那就是比齋藤一還要大兩歲，如果後一種說法正確，那也和齋藤一同年。齋藤一雖然不是試衛館門人，但在試衛館時代就和近藤勇、土方歲三相識了，加入新選組以後頗得重用。
伊東甲子太郎脫離新選組，組建禦陵衛士之時，齋藤一出乎眾人預料地竟然跟同行動，更奇怪的是，當甲子太郎等人被殺以後，他卻又毫無任何先兆地回歸了新選組。因此有人認為，齋藤一原本就是埋伏在伊東甲子太郎身邊的棋子；還有人說，甲子太郎有暗殺近藤勇的圖謀，全靠了齋藤一通風報信，近藤勇無奈之下才搶先動手的……
新選組的局長是近藤勇，第二號人物就是副長土方歲三，永遠都是土方歲三，其餘威脅或覬覦這個位置的家夥全都不得好死，第一個就是山南敬助，最後是伊東甲子太郎，夾在中間的是武田觀柳齋。
武田觀柳齋乃是甲州流的軍學家，因此專長被近藤勇看重，主動邀請他加入了新選組——大概成員多了，不能再玩一對一的街頭對砍，必須得懂得兵法謀略，所以觀柳齋才有了用武之地吧。加入新選組以後，他被任命為副長助勤，也就是說副長土方歲三的主要幫手，身份在近藤、土方之下，而在各番隊長之上。
對於武田觀柳齋的思想傾向，並沒有可靠文獻作為佐證，他或許純是想搶班奪權才丟了性命的。本來對於近藤勇的頑固和土方歲三的專權，新選組裏就有很多人看不慣，包括曾做過試衛館食客的二番隊長永倉新八，以及十番隊長原田佐之助和伍長島田魁，這幾個人曾經上書鬆平容保，彈劾近藤勇。武田觀柳齋為了打倒土方歲三，著力拉攏永倉等人，但他和山南敬助不同，人緣太次（組裏那群低級武士和浪人哪懂得軍學是啥玩意兒，都認定觀柳齋是靠拍近藤勇馬屁才上位的），或許反而遭到永倉等人的告發，驚慌之下暗通伊東甲子太郎，請求加入禦陵衛士，卻又遭到了拒絕。
伊東甲子太浪脫隊3個月以後，被殺4個月以前，武田觀柳齋遭到暗殺，身首異處。
新選組的曆史，就是一段血腥的斬殺史，既包括對外，也包括對內，上麵所述的幾名橫死的幹部，當然不是內部整肅的全部犧牲者，而隻是具有代表性的很小一部分罷了。