海戰的大敗，直接影響到陸軍士氣。高杉晉作趁機命令明倫館的老同學、原奇兵隊書記世良修藏率軍反攻大島，兩萬幕府軍瞬間崩潰——為什麼崩潰呢？因為他們現在困在島上，沒有海軍支援，連逃跑的小船都很難搞到，無路可退的情況下，鬆山等藩兵馬紛紛繳械投降，法式裝備的幕府軍也扛不下去了，大半做了俘虜，還有小部分跳海逃生，真是敗得要多難看有多難看。
幕府水陸聯軍攻克大島花了4天，高杉晉作、世良修藏把大島再奪回來，卻隻花了不到一天的時間。大島口的問題就這麼輕鬆解決了，幕府軍四路來攻，第一路就此徹底覆滅。
可是高杉晉作在指揮丙寅丸奇襲了幕府海軍以後，為啥不親自奪還大島，而要派世良修藏擔任總指揮呢？原來這個時候他早就已經回到下關了，不但回去了，而且行動如風，立刻指揮艦隊向西航行——“下一個目標，是小倉口！”
江戶幕府在九州設立的親藩、譜代並不多，九州基本上算是外樣的天下，最強的是薩摩島津氏，此外還有佐賀鍋島氏、福岡黑田氏等等。這回征討長州，幕府委派老中、外交事務總裁、譜代唐津藩的世子小笠原長行擔任九州方麵總指揮，集合各藩兵馬，屯駐在和長州一海相隔的豐前國小倉藩，隨時準備發起進攻——這小倉藩主也姓小笠原，乃是小笠原長行的同宗。
雖說九州勢力最強的薩摩反對出兵，占第二位的佐賀也推三阻四，遲遲不來會合，小笠原長行還是集結了五萬兵馬，17艘戰艦，妄圖先控製馬關海峽，然後直取長州的海軍根據地下關。長州方為了先發製人，在十一、十二日於大島擊潰幕府海陸聯軍以後，高杉晉作立刻乘坐丙寅丸回到下關，然後集結兵馬，搶先對小笠原長行發起了猛攻。
長州海軍仍然由晉作統率，除了丙寅丸以外，還下轄3艘風帆軍艦，陸軍則由那位奇兵隊軍監山縣狂介指揮，兩人商量了一套調動敵軍、突襲小倉的戰略，自信可以如同奪回大島一般，輕鬆便解決小倉口問題。
首先，由晉作率領艦隊向九州聯軍的艦隊發起猛轟。但是咱們前麵說過，九州聯軍集結了17艘戰艦，雖然大多數裝備很差，終究在數量上占有壓倒性優勢，正麵對戰，不再是趁黑夜襲，晉作是很難取得勝利的。可是打仗有時候就是不求勝，反求敗，晉作和敵人纏鬥了一段時間以後，假作不敵，掉頭就跑。九州聯軍的軍艦緊追不舍，逐漸通過馬關海峽，逼近了下關。
趁著這個機會，山縣狂介率領陸軍悄悄渡過海峽，從田野浦登陸，對小倉藩的海防陣地發起了奇襲。一方麵毫無防備，倉促遇敵，一方麵沒有艦炮的支援，而且守備陣地的並非聯軍主力，隻是部分幕府軍和小倉本藩的部隊而已，很快就被山縣狂介給殺得大敗，被迫放棄陣地，狼狽後撤。於是狂介把小倉的海防炮台全部摧毀，然後奏著凱歌回渡，在聯軍艦隊明白中計匆匆趕回來以前，就幾乎是毫發無傷地退回下關去了。
這下子可把小笠原長行當頭一悶棍，打得半天緩不過氣來。長行急忙催促還沒有趕來會合的諸藩前來，想要發起反攻，但以佐賀為首的那些外樣們，本就打算呆著看熱鬧，沒有真出兵和長州見仗的意思，這回瞧見長州贏了，更是穩坐釣魚台，再也不肯挪窩。小笠原長行一看士氣低落，知道貿然反攻沒有好下場，於是下令暫緩進兵，先重修小倉的沿岸炮台，再等良機。
就這樣，大島口的戰鬥結束，小倉口的戰鬥暫時告一段落，長州東南、西南兩個方向來自海上的威脅基本解除。那麼，東北和正東兩個方向，長州的陸軍戰果又如何呢？
咱們得好好看看從來沒上過戰場的水壺頭的表演了。
穿著浴衣的總指揮
“火吹達摩”大村益次郎負責石州口的戰鬥，不過在石州口打響之前，咱們還是先來說說長州正東的藝州口。從藝州口洶湧殺來的乃是幕府軍主力，加上協從各藩，總兵力5萬，由征長軍總督德川茂承親自統率。這位茂承大人也是神君德川家康的直係子孫，後來過繼到禦三家的紀伊藩，當紀伊第13任藩主德川慶福榮升幕府將軍以後（從此改名德川家茂），他就當上了第14任“紀州侯”。論起血緣來，茂承是家茂將軍的同宗長輩，論起名分來，則是將軍的兄長，征討長州這般大事，由他擔任總指揮，那是再合理不過的了。
對應幕府的5萬大軍，如前所述，長州隻派出區區千人而已，主體是奇兵隊和遊擊隊。六月十三日，這支部隊從山口出發，沒等敵軍集結完畢，就搶先衝過邊境，殺入了藝州藩境內。
所謂藝州就是安藝國，原本是毛利氏發家的地方，後來被轉封給了淺野一族——也是外樣。照理說長州兵殺到自己領內來了，淺野家就該發兵抵禦，然而消息傳來，藩主淺野長厚才待有所舉動，他的堂兄淺野長勳卻把雙手一攔：“且慢！”
話說這位淺野長勳乃是淺野家退任的上一代家督，他和長厚兩人同為上上任家督淺野長訓的養子。老家夥淺野長訓其實也還沒有死，退位後以重臣的身份輔佐長厚，淺野長勳在退位後則負責與朝廷和幕府的交涉工作。
當下淺野長勳勸說家督長厚：“我家不可發兵！”按照長勳的意思，這仗是幕府和長州的仗，本來不關我藝州之事，隻是湊巧在我家土地上打了起來而已。淺野家的領地已經免不了要變成戰場，倘若還要出兵出糧協助幕府，那實在是太不劃算了。幕府五萬大軍不是即將集結完畢嗎？讓他們去和長州人打，咱沒必要動。
於是淺野家不發一兵一卒，隻是連番派遣使者前往征長軍大本營所在地廣島城求取救援。總督德川茂承聞訊不敢懈怠，立刻指揮大軍衝殺過去。可是兩軍才剛對圓，德川茂承登高一望，卻不禁啞然失笑：“都說長州兵如何驍勇能戰，我還如履薄冰，不敢疏忽呢，今日一見，哈哈……大概是把主力都調去它處了吧，藝州口隻能派出這點點人馬，如何是我五萬大軍的敵手？！”
然而不打不知道，一打嚇一跳，長州兵人數雖少，卻個個手持新式火槍，離遠了認不清，一開火可就心裏有數了。雖說因為人數對比太過懸殊，長州兵被迫後退，一直退到一條名叫小瀨川的河流西岸才重新穩住陣腳，可是幕府軍卻也傷亡慘重。
幕府方5萬大軍，當然不可能是5萬武士，隻是以武士為中堅力量而已，超過半數還是臨時征調來的農民兵，這些農民兵和長州那些農民出身的奇兵隊員、遊擊隊員不同，沒有經過什麼係統的訓練，兵器也很老舊，一接觸新式火槍就大亂陣腳。農民兵陣腳亂了，士氣降了，肯定會連累率軍的武士們，結果五萬對一千，雙方隔著小瀨川對峙了好幾天，幕府軍愣是再也無法前進一步。
德川茂承初戰取勝，卻無法進一步擴大戰果，越想越是憋氣，可偏在這個時候，又有人跑來火上澆油。什麼人呢？原來是幕府老中、茂承的副手本莊宗秀。這位本莊老中是個明白人，一分析雙方實力對比，敵人雖寡，武器精良、士氣高昂，我軍雖眾，卻人心不齊，士氣低落，這仗很難打得贏。既然難以打贏，不如找個機會收蓬，和長州和談為好——於是本莊宗秀自作主張地釋放了一些俘虜的長州兵，以為即將到來的和平談判打基礎。
可惜象本莊宗秀這般看得清形勢的人在幕府中實在是太少了，得知他的所作所為，不僅僅德川茂承，幕府上下全都怒不可遏。茂承叫來宗秀責問：“你到處散布悲觀失望的情緒，實在是太可惡了。難道堂堂幕府，竟連長州也教訓不了麼？！”
本莊宗秀苦著臉說：“也不是完全沒有取勝的可能，但那是下策中的下策，輕易不可使用。”德川茂承問他有何計謀，宗秀說：“除非向法國商借軍艦30艘，再雇傭外國兵參戰，才有可能打贏長州。但那樣會遭到輿論一致譴責，會使得幕府威信掃地，因此不建議使用。”德川茂承聽了一撇嘴：“你別胡扯了！”
最終，本莊宗秀被罷免了老中和征長副總督的職務，勒令他回家反省。戰局的最終，則是德川茂承一直停在小瀨川東岸，始終沒能再前進一步……
藝州口的戰鬥是六月十三日開始打響的，到了十七日，大村益次郎親自領兵殺向石州口。
長州石州口方麵名義上的主將乃是清末藩主毛利元純——清末是長州的支藩，也就是說毛利家的同宗兄弟在幕府允許的情況下受賜封地，單獨成藩——大村益次郎所擔任的職務是“參謀”。但正如同第一次征長之戰，真正說了算的是總參謀西鄉隆盛一樣，毛利元純隻是麵沒主張的帥旗罷了，一切方略、指揮，還得聽益次郎的。
益次郎率領的兵馬不多，主力為長州尊攘諸隊中的南園隊和精兵隊，也包括部分清末藩兵，總數不過1,500人。人數雖少，但大都是經益次郎親手訓練出來的長州精兵，基本上統一製服和武器，軍紀嚴整，士氣也非常高昂。可是雖然軍官和士兵們都統一軍服了，作為總指揮的大村益次郎反倒不肯換裝，仍然穿著小褂和裙褲，打扮還和個鄉下大夫一樣。
士兵們就勸他：“您要是不喜歡西式軍服，不穿也可以，但起碼把褲子換了吧。裙褲又寬又大，根本沒辦法騎馬呀。”然而大村益次郎卻隻是淡淡地回應：“我又不會騎馬，沒必要換褲子。”
世傳一張益次郎出兵前和軍官們合影的黑白照片，照片上他倒是穿上西式軍裝了，但是麵色慘白，好象大病初愈一般——據說是暈船所致——然而當時很多見過他的人留下書信、筆記，都說益次郎身在前線，仍然穿著寬大的浴衣（簡化的和服）。雖說從古以來因為殘疾、病痛和過於肥胖而不能騎馬、乘船的大將不乏其人，但他們出征的時候也總得坐肩輿或者轎子，偏偏這位長州陸軍總指揮出身低，連高杉晉作那種上位武士的臭架子都沒學會，從來行軍的時候隻靠自己兩條腿，和普通士兵沒區別。
當然，不會騎馬並不代表不會打仗，這位步行的大將還是統率七百前軍向石州口進發了。石州就是石見國，位於長州的東北方，多家諸侯盤踞在此，首當其衝的是津和野藩，藩主姓龜井。龜井是家小諸侯，得罪不起幕府，也同樣得罪不起長州，在大村益次郎的威嚇下，答應和平借道，放長州兵過去。
津和野藩再往東就是濱田藩，藩主鬆平武聰，乃是一橋慶喜的親兄弟。石州口對敵長州軍的幕府、諸藩聯軍就是以濱田藩兵和福山藩兵為主力，由紀州藩重臣安藤直裕擔任總指揮，總兵力3萬人。聽說長州先發製人，派兵殺向自己的主城濱田，鬆平武聰急忙派兵抵禦，在益田町中紮下本陣。
這支諸藩聯軍的前隊總共5千人，武聰沒有親自指揮，他把前線的指揮權交給了軍監三枝刑部。
“哦，敵人在益田町呀，”大村益次郎在得到探報以後，平靜地點一點頭，“那得趕緊派人去偵察才是……嗯，不如我自己去吧。”
時代怒濤
“黑船來航”給整個日本社會都造成了極大的衝擊，為了救亡圖存，不管是為了保住自己的固有祿位還是保住日本國的利益，各個階層都行動起來，造成了社會思想上極大的混亂，同時也是極大的繁榮。毋庸置疑，在整個變法維新的過程中，下級武士和平民階層起到了先鋒作用。如前所述，薩摩的西鄉隆盛、大久保利通，還有土佐的阪本龍馬、中岡慎太郎都出身下級武士，長州的高杉晉作、桂小五郎雖是上士出身，卻深受下士吉田鬆陰的影響。而作為維新的平民代表，則要首推大村益次郎。
益次郎不是武士，沒當過兵，他隻是一個平民學者而已，雖說博覽群書再加天賦異稟使他成為長州的上士、重臣、軍事統帥，但他腦子裏根本就沒有傳統武士所執著的那套舊思想——這些舊思想連高杉晉作也無法免俗，益次郎卻纖毫不沾。就本質上來說，他不是一個軍人，而是一名醫生。
醫者的天職是治病救人，而率領軍隊作戰，其實是為了根除痼疾，挽救國家的危亡，從某種意義上來說，這兩者是可以互通的。傳統的日本武士不重權謀，唯力為視——兵法秘計自然是領兵打仗所不可或缺的，但在傳統的武士道德規範中所占比重很小——崇尚武勇，以戰死為榮。大村益次郎的思想卻和這些武士道德徹底背道而馳，在益次郎看來，人命才是最可寶貴的，不能取勝的仗還不如不打，明知必死還朝前衝乃是愚者所為，他的名言是：“吃敗仗的時候與其無謂地繼續抵抗，不如撤退為好。”