笛卡兒一生都致力於批判經院哲學。在批判經院哲學的同時，笛卡兒建立了一套自己的哲學體係。
笛卡兒哲學是典型的二元論。他認為世界萬物的本源是兩個，即心靈和物體，這二者是彼此互不依賴、各自獨立存在的兩個實體。在他的《哲學原理》中，他把全部學問比作一棵樹，形而上學（包括本體論和認識論）好比樹根，物理學好比樹幹，醫學和倫理學好比樹枝。樹根是根本，樹枝是結果子的地方，但人要吃果子還須照顧根本，這就是今天所謂的哲學和自然哲學。
“普遍懷疑”是笛卡兒哲學的開端，是他的形而上學的沉思中的第一個沉思。笛卡兒對原有的一切信念持普遍懷疑態度。他說，對過去信以為真的一切都加以懷疑，對一切可疑的東西都加以排斥。他懷疑一切舊哲學，懷疑感覺以及所感知的事物、身體四肢等等。甚至對他所心愛的數學幾何，他說也可以懷疑，而且是為了破除成見，去掉謬誤，以便在科學上找到確實可靠的東西才懷疑的。
“我思故我在”，是笛卡兒形而上學的第一條原理。
他在論述這個原理時，首先應用的就是普遍懷疑的方法。他聲稱，我可以懷疑一切可懷疑的東西。我可以設想：沒有上帝，沒有天地，沒有物體，甚至自己也沒有肉體，等等。其次，當我懷疑著一切東西的存在的時候，有一件事是不可懷疑的。那就是，我可以懷疑我身體的存在，但不能懷疑我的心靈。我在懷疑，即我在思想。最後，既然肯定了我在思想，那麼也就必須肯定我是某種東西，是一個正在思想的東西；這就是說，必須肯定我的存在，因為，如果肯定了某人在思想，是一個在思想的東西，可是卻又否認他存在，這是自相矛盾的，荒謬的。由此得出結論：我思想所以我存在——這就是笛卡兒關於自我存在的基本原理。
自我的本質是什麼？笛卡兒根據對以上論述的分析指出：一方麵，在否定了物體世界和肉體感官之後，自我依然存在。另一方麵，如果我停止思想，那麼我不就存在了。他由此得出結論：我不是物質性的東西，而是一個思想性的東西。自我是心靈，精神是實體。
這些都是笛卡兒關於自我的存在和本質的基本思想、基本原理。
笛卡兒曾經聲明關於他的“我思故我在”的原理不是推理，不是三段論式，而是一個直覺或直觀的認識。他企圖借此維護他這一原理作為“不證自明的公理”的第一原理的地位。笛卡兒關於“我思故我在”的原理論述中，把自我思維、理性擺在首要地位，從而與神學權威對立起來。但是他排斥了物質的存在，認為思維決定自我存在，自我本質是思維實體。必須導致與神學唯心主義的妥協、讓步。事實上，他正是依據這條原理，為靈魂不死、上帝存在等神學教條做辯護的。按笛卡兒的說法，在排斥了物質世界、身體感官之後，心靈依然存在，那就是說，心靈是不依賴肉體的，是不與肉體同生同滅的。同時，笛卡兒又斷言，他見不到有別的什麼原因會毀滅心靈。由此得出結論：心靈、靈魂是不死的。