笛卡兒從他的第一原理又推論出上帝存在。他說，我在懷疑，但是懷疑不如認識那樣完美，認識比較來說是一個更大的完滿性。我是從哪裏得到這個比我更完滿的東西的觀念呢？他斷言：“是由一個真正比我更充滿的本性把這個觀念放進我心裏來的，而且這個本性具有我所能思想的一切完滿性，就是說，簡單一句話，它就是上帝。”
笛卡兒在“證明”上帝存在之後，依據上帝本性概念推論物質世界。
他首先肯定自我心靈之中有物質觀念，然後提出問題：心靈之外有沒有物質對象存在？如果沒有，而是上帝直接把一個物質觀念呈現在我心中，或者是上帝間接地使別的精神實體把物質觀念呈現出來，那麼上帝就是一騙子了。可是，既然上帝是最完滿的，就不能騙人，由此可說：與我們的物質觀念相對應，一定有物質對象客觀存在。
根據以上推論，他得出了三個實體的概念，即心靈實體，物質實體和上帝實體。什麼是實體？笛卡兒定義為：“所謂實體，我們隻能看作能自己存在，而其存在並不需要別的事物的一種事物。”這就是說，實體是獨立存在而不依賴別的事物的東西。
根據他的實際定義，心靈和物質二者都是獨立存在的。心靈的根本特性是思維，物質的根本特性是廣延。二者互不決定，互不派生，永遠並列存在。這就必須麵臨一個矛盾，心靈和肉體是不是相一致、是統一的。在他的《心靈感情論》中，提出靈魂位於“鬆果腺”的說法。這就是說，人的靈魂暫時寄住在腦的鬆果腺之中，當鬆果腺受到震動時，靈魂本身所固有的知覺就呈現出來。他這種說法，實際上已經肯定了靈魂與肉體之間可以發生一定關係，甚至肉體對靈魂有一定的影響作用。這同他的實體學說是矛盾的。
笛卡兒是近代歐洲資產階級哲學創始者之一，在哲學和科學發展中都占有重要地位。正如德國大哲學家黑格爾說的，他是“現代哲學的倡導者”，“替哲學奠定了宏大的基礎”。笛卡兒的哲學影響是深遠的，他創立的解析幾何學拉開了高等數學這個大舞台的序幕，他的物理學則為斯賓諾莎和法國唯物主義者所繼承和發展成為真正的法國自然科學的財產。