在荷蘭，他除了著書立說以外，也喜歡與學者們談論講說，吸收別人的正確意見。他雖不是站在講壇上的教授，卻有不少弟子，他成了當時著名學者，雖然隻發表了一部處女作。
1641年，在巴黎出版了笛卡兒的第二部著作，用拉丁文寫的《形而上學的沉思》。拉丁文是各國學者喜愛的共同語言，巴黎是各方麵學者雲集的都會。這表明他不止要當一名普通的作者，而且要置身於第一流學者林，跨出國界。這本書篇幅不大，但寫得一本正經，一個論證接著一個論證，氣勢宏大。第二年此書再版，6年後出了法文譯本，同《方法論》一樣，他也親自做了校訂。
《哲學原理》於1644年在阿姆斯特丹以拉丁文出版，1647年在巴黎出版了法文譯本。這本書裏，他把他的全部學說彙為一體。1649年，在阿姆斯特丹出版了《心靈感情論》。主要研究心靈的各種感情，如喜怒哀樂等與物理的東西的聯係。
就在這一年，笛卡兒離開了荷蘭。走的原因有兩個：一是荷蘭的新教派人物已經發現了他的理論中的反宗教的傾向，雖然他在法國還算是法國的榮譽，法國國王甚至頒給他一份年金，以為獎賞，但是在荷蘭卻遇到不少困難，還有種種問題不好解決，最後隻好一走了之，萬事大吉；二是瑞典女王克裏斯丁娜一心想當哲學王，或者取得哲學王的名聲，為此要向一位當代的柏拉圖學哲學。女王雖然禮賢下士，卻不能登門求教。她經法國駐瑞典大使沙紐介紹，要禮聘笛卡兒到她的宮廷任教，單獨教她一個人。
笛卡兒經過考慮同意接受邀請。女王非常重視，為了表示隆重歡迎，派了一艘軍艦開到荷蘭迎接。1649年10月，笛卡兒到了斯德哥爾摩。於是哲學家覲見，女王拜師。
笛卡兒沒有進過宮，感到非常不便。他有睡早覺的習慣，可以靠在枕頭上沉思，做幾何題。在家可以隨意，怎麼幹都行。這裏就不能那麼隨便了，有禮法，有規矩，亂來不得。穿戴整齊笛卡兒倒不怕，他有此習慣，而女王偏偏愛早起。她5點就要上課，說她政務繁忙，別的時間都沒有工夫，而且最好是天天上課，考慮到哲學家的困難，才改為每周三次，笛卡兒隻有從命。
另一困難是北國奇寒，習慣了法國和荷蘭的溫和煦暖的氣候，一進北海就覺得夠嗆了。且又進入冬季，大雪紛飛，寒氣逼人，真是沒有辦法。
笛卡兒過了年就覺得精神不濟，到了2月他突然發高燒病倒，呼吸困難，大概是得了肺炎，禦醫束手無策。2月11日，哲學家壽終正寢。
笛卡兒一生獨身，好像教士一樣。不過他並非禁欲主義者，也有過情人，隻是沒有結婚。1635年她給他生了一個女兒，取名弗蘭幸，笛卡兒愛若掌珠，可惜5歲夭折，使他終生悔恨。女王為老師舉辦了莊嚴的喪事，派人把靈柩送回了法國。1799年，他的遺骸被放進了曆史博物館，1819年，又移入聖耳曼的聖心堂中，墓碑上寫著“笛卡兒，歐洲文藝複興以來，第一個為人類爭取並保證理性權利的人”。他的著作曾被列入羅馬教廷的禁書之列，這也是對這位哲學家最恰當的評價。
笛卡兒生活的時代17世紀前半期，歐洲雖然發生了標誌資產階級興起的文藝複興，但是，貴族老爺們還是瞧不起他們，而是盤算他們，壓製他們。教會是西方政治鬥爭中的一股巨大力量，一方麵它同世俗領主打成一片對付資產者，一麵又與世俗領主爭權奪利。資產者要與王權鬥，又要同教權鬥，同教權鬥時又不惜拉攏王權。
作為法國資產階級的思想代表，笛卡兒一生謹小慎微，對王室和教會都恭恭敬敬，如他自己訂立的行為守則中所說，服從王法，篤守教條，遵循中道，遠離極端，“始終隻求克服自己，不求克服命運，隻求改變自己的欲望，不求改變世界的秩序”。