恩維爾就這樣地上了台。凱末爾認為軍隊在達到其政治目的後，不得幹預政治。他力陳那些想進入政界的軍官辭去他們的軍職，這使得恩維爾及統一與進步委員的其它領導人增深了對他的敵意。凱末爾將其注意力從政治轉向軍事，他將德國步兵訓練手冊譯成土耳其文，並從參謀的角度批評了軍隊的訓練狀況。他在軍隊重要的軍官中的聲望日隆，也使他得以和漸露頭角的年輕軍官接觸。他和這些年輕軍官建立了互相尊重的情感，這些人後來都成為他締造土耳其共和國的支持者。
然而，統一與進步委員會仍十分討厭他，將他調至野戰軍區，接著派他去皮卡第觀察法軍演習。雖然凱末爾始終得不到提拔，但對自己沒有失去信心。1911年末意大利軍隊進攻利比亞（當時是鄂圖曼帝國一個省），凱末爾升為少校，立即前往那裏加入戰鬥。結果患上瘧疾和眼病，迫使他離開前線到維也納治療。
1912年10月第一次巴爾幹戰爭爆發，此時凱末爾正在維也納。他被派往對達達內爾海峽來說至為重要的戰略地區加利波利半島進行防守。不到兩個月的時間，鄂圖曼帝國就失去了它在歐洲的大部分領土，包括莫納斯提爾和薩羅尼加。凱末爾對這兩個地方有著特殊的感情。在湧入伊斯坦堡的難民潮中，有他的母親、姐妹和繼父。
在短暫的第二次巴爾幹戰爭（1913年6—7月）中，鄂圖曼帝國收複了部分領土。與保加利亞重新修好。凱末爾以前的同學費特希 被任命為大使，凱末爾以陸軍武官身分陪同他前往索非亞。他在那裏被晉升為中校。
凱末爾不滿恩維爾與德國的密切關係，並預言德國在國際衝突上一定會失敗。第一次世界大戰爆發後，鄂圖曼帝國站到同盟國一邊。凱末爾請求指揮軍隊，恩維爾故意讓他在索非亞久等，最後才將正在加利波利半島組編的第19師指揮權交給了他。協約國企圖在此登陸，給凱末爾以機會阻止他們，挫敗他們奪取達達內爾海峽的企圖（1915年2月—1916年1月）。凱末爾在戰鬥中，被炮彈彈片擊中，但幸好打在他放在胸前口袋裏的懷表上，沒受重傷。凱末爾在加利波利的勝利將他推上了世界舞台。他被尊稱為“伊斯坦堡的救星”，並於1915年6月1日晉升為上校。
1916年凱末爾被派往俄國前線，晉升為將軍，獲得帕夏頭銜。他是在東線與俄軍作戰獲得勝利的唯一一位土耳其將軍。同年晚些時候，他接管了駐安納托利亞東南部第二軍團的指揮權。他在這裏結識了伊斯麥特（伊諾努）上校，後來成為他建立土耳其共和國的最親密夥伴。
1917年3月俄國革命爆發，凱末爾可能被調至鄂圖曼伊拉克省和敘利亞省，當時英軍正從他們在埃及的基地向那裏進發。凱末爾被任命指揮駐敘利亞的第七軍團，但他和德國顧問，前德軍總參謀長法金漢嚴重不合。他辭去職務，未經允許便返回伊斯坦堡。他被放假3個月，接著派他陪同王儲穆罕默德-瓦希代丁對德國作國事訪問。
回到伊斯坦堡時，凱末爾得了腎病，很可能與淋病有關，據認為他早先就患有這種病（後來在他擔任共和國總統期間，他的健康狀況需要有一位私人醫生對他進行長期護理）。他前往維也納治療，接著去卡爾斯巴德休養。當他在卡爾斯巴德時，蘇丹穆罕默德五世去世，瓦希代丁即位為穆罕默德六世。1918年6月凱末爾被召回伊斯坦堡。
由於恩維爾的建議，蘇丹派凱末爾指揮崩潰中的鄂圖曼駐敘利亞軍隊。他發現那裏的情況比他想象的還要壞，他向北撤軍，以盡可能拯救士兵的生命。由於穆德洛斯停戰協議的簽訂（1918年10月30日），戰鬥停止了。不久，恩維爾和統一與進步委員會的其它領導人逃往德國，由蘇丹領導政府。穆罕默德六世為了保住他的統治地位，願與已經控製政府的協約國合作。
民族主義運動與獨立戰爭
協約國不等和平條約簽訂就開始索取鄂圖曼領土。1918年12月初協約國軍隊占領伊斯坦堡各區，建立了協約國軍政府。1919年2月8日法國將軍德斯佩雷模仿1453年征服者穆罕默德進入該城的樣子，騎著白馬進城，這表明鄂圖曼對這個帝國城市的統治權已經一去不複返了。協約國製定計劃，將安納托利亞東部各省合並成一個獨立的亞美尼亞國。法國軍隊進駐東南部的西利西亞。希臘和意大利提出了競相爭奪安納托利亞西南部的要求。意大利軍隊占領了馬爾馬裏斯、安塔利亞和布爾杜爾。1919年5月15日希臘軍隊在伊士麥登陸，並朝安納托利亞內地進軍，劫掠村莊，屠殺土耳其居民。協約國的政治家們似乎背棄了威爾遜的十四點原則，讚成那些在秘密條約中所製定的和在他們的秘密野心中所包含的舊帝國主義觀點。
與此同時，凱末爾的軍隊被解散了。1919年11月13日他返回伊斯坦堡，正值協約國艦隊駛進博斯普魯斯海峽。這一情景以及英、法、意軍隊對這座城市的占領，給凱末爾留下了終身難忘的印象。他決心驅逐他們。凱末爾開始和一些經過挑選的朋友們開會，製定拯救土耳其的政策。在這些朋友中有福阿特和鄂圖曼海軍英雄勞夫（奧爾巴伊）。福阿特駐過安納托利亞，對那裏的情況了如指掌。他和凱末爾一起製定了以安卡拉為中心的安納托利亞民族主義運動的計劃。
在安納托利亞許多地區，土耳其人已經把命運掌握在自己的手裏，稱他們自己為護權協會，並組織半軍事性的部隊。他們開始和地方非穆斯林發生武裝衝突，顯示他們也許不久也會如此反抗占領軍。
由於害怕出現無政府狀態，協約國敦促蘇丹在安納托利亞恢複秩序。首相推薦凱末爾，說他是一位忠誠的官員，可被派往安納托利亞任第三軍團督察長。凱末爾設法爭取了授予他特別廣泛的權力，包括授權他在全安納托利亞頒布命令，並下令各省總督必須服從。
現代土耳其史可以說是從1919年5月19日晨凱末爾在安納托利亞黑海沿岸的薩姆鬆登陸開始的。這一天對凱末爾來說在心理上有著深遠的意義，後來當有人為編寫百科全書而問起他的生日時，他把他的生日說成是1919年5月19日。他背棄了去安納托利亞的官方理由──恢複秩序，而徑直前往內地阿馬西亞。他在那裏告訴歡呼的群眾蘇丹是協約國的囚犯，他來是為了阻止國家從人民的手中滑落。這是他給安納托利亞的土耳其人的信息。
協約國對奧斯曼帝國蘇丹施加壓力，要他召回凱末爾，但凱末爾對從伊斯坦堡發來的一切公文置之不理。蘇丹解除了他的職務，並致電各省總督，指示他們不要聽從凱末爾的命令。同時發出了對凱末爾的拘捕令。
凱末爾為了避免被開除軍籍，乃於7月7日深夜正式辭職。他以平民的身分，與他的侍從急速從錫瓦斯前往埃爾祖魯姆有18，000人的第十五軍軍長卡澤姆-卡拉貝基爾將軍的總部設在那裏。在凱末爾既無軍隊支持又無官方身分的緊要關頭，卡澤姆決定與凱末爾共甘苦，把軍隊交給凱末爾指揮。這是獨立鬥爭中決定性的轉折點。
卡澤姆號召在1919年7月23日在埃爾祖魯姆舉行全部護權協會的代表大會。凱末爾被選為埃爾祖魯姆代表大會主席，從而獲得了官方身分。大會起草了一份關於帝國東部6個省的文件，這就是後來被叫做《國民公約》。的文件。它確認了鄂圖曼邊界──即穆德洛斯停戰協議簽署時由土耳其人居住的所有鄂圖曼領土──的不可侵犯性。它並成立了臨時政府，廢除為鄂圖曼帝國少數民族所作的特殊地位的安排，以及建立指導委員會，凱末爾被選為主席。
凱末爾力求將《國民公約》推廣至帝國的全體鄂圖曼-穆斯林居民。為達到這一目的，他在錫瓦斯召開全國代表大會，批準了這一公約。他揭露了蘇丹政府逮捕他和分裂錫瓦斯大會的企圖。首相在伊斯坦堡被逐出辦公室，同情民族主義運動的新政府恢複了凱末爾的軍銜和勳章。
凱末爾不相信蘇丹有能力使國家擺脫協約國的占領，於是將臨時政府設在離伊斯坦堡480公裏處的安卡拉。他在那裏可能較為安全，免受蘇丹和協約國的傷害。這證明是一個明智的決定。1920年3月16日協約國在伊斯坦堡逮捕了包括勞夫在內的幾個主要的同情民族主義者，把他們送往馬耳他。
願修好的伊斯坦堡政府垮台了，它為反動分子所取代。他們解散議會，迫使宗教界顯要人物宣布凱末爾及其黨羽為異教徒，應該格殺勿論。現在不是蘇丹政府死，就是凱末爾政府亡了。