宦官可以說是沈覺非最厭惡的東西之一了。宮刑摧殘人性，已經讓沈覺非不忍。而這些太監又往往不法，仗勢欺人，民憤極大，明代的滅亡太監也少不了關係。這一次，借著馮保事件，沈覺非決定先拔了宦官的爪牙，然後消滅宦官這個曆史產物，根絕宦官幹政的可能。
但是宦官卻有著它的特殊性，太祖雖然立下了太監不得幹政的律法，但成祖以後，太監的權勢就越來越盛。到後期已經發展成了一個隱性的製度！比如馮保，在來曆不明的隆慶遺詔中就是和高拱張居正等人並列的顧命大臣！
當然，太監的權力很大程度上來自皇帝，說白了還是皇帝的爪牙。這一次，要不是因為太後，要不是為了加強自己的威勢和拉攏文官，自己絕對不會費這麼多心思來對付一個馮保。
現在有了馮保的原因，就可以名正言順的廢掉東廠，將司禮監置於內務大臣之下，讓太監沒有作威作福的可能，割去帝國身上的一個毒瘤。
但是如何安排這些太監卻又是一個問題了。
現在宮中宦官是一個龐大的群體，紫禁城中有多少太監，連沈覺非這個皇帝也不清楚，不可能馬上都裁撤掉，一來怕引起禍亂，二來放他們出宮，其中大部分人生計堪憂，因此隻得緩慢裁減。
沈覺非給新任內務大臣陳於陛交代了一點：不再接受新太監，也禁止民間私自閹割求進。然後逐漸合並太監機構，減少人數。至於後宮中服務人員，一來往後宮中也用不了那麼多人，二來沈覺非計劃用女官來取代宦官。讓陳於陛挑選一些品行優良，識文斷字的宮女擔任女官，參與管理，等到宦官們基本淘汰完時，這些女官就可以接任了。
二十日，呂調陽病重，請求致仕，詔準。如此，內閣就是張居正，申時行，王國光，張學顏，馬自強五人，看來是一個不錯的班子，沈覺非自己也覺得滿意。最重要的是這個班子是自己安排的，而不是聽從張居正的意見。
二十二日，上兩宮太後徽號，由兩個字改成四個字。
二十三日賞賜功臣，從陳於陛，唐郎，戚繼光，李謫凡等四十多人各有恩賜。內監安寧賜銀三千兩，賜穿飛魚服。
二十六日，由禮部尚書馬自強和內務大臣陳於陛策封王芸為恭妃，這也是萬曆帝沈覺非的第一位妃子。
二十七日，沈覺非光臨外祖武清侯李偉家，賓主盡歡。沈覺非於酒筵上任命李遙的義子李光為羽林衛副統領，協助唐郎掌握負責宮廷安全。
同日，潞王進學，不久搬離皇宮，出居其在京師的藩邸。
二十八日，錦衣衛鎮撫司正式撤銷，監獄中的犯人大半釋放，其餘移交刑部，關押半年的燕老爹才得已還家。而東廠監獄中的重要人犯王大臣，經過刑部官員審訊，證明其行刺聖上乃是馮保誣陷，身上搜出刀劍也是馮保栽贓。最後以衝撞禦駕的過失發配到東北，後不知所蹤。
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