萬曆六年的政變還沒開始就結束了。
四月十六日，萬曆帝在皇極殿召開早朝，宣布馮保謀逆，著抄家，發配鳳陽守靈，不久賜死；其餘閹黨充軍流放勞役不等。
又令禦前侍衛唐郎為羽林衛統領，負責皇城警衛。
十七日，內閣張四維，吏部尚書張瀚，兵部尚書王崇古等二十八人請辭。次日，萬曆親筆批準。由王國光升任吏部尚書，張學顏接替殷正茂為戶部尚書；禮部尚書馬自強不變動；方逢時出任兵部尚書，王崇古調任為致德公學教諭；嚴清擔任刑部尚書；李幼孜繼任為工部尚書。都察院方麵，陳價取代陳炌為左都禦史。
同一天，命令戶部尚書張學顏﹑禮部尚書馬自強﹑兵部尚書方逢時三人為內閣學士，進入內閣。本來明朝內閣成員有由朝廷大臣廷推的習慣，但現在大亂之後，官員們還沒有完全反應過來，對沈覺非的安排也就沒有提出異議。
沈覺非一直想在法理上確立內閣國家行政中樞的地位，恢複曆史上“皇帝與丞相”共同治理國家的模式，給內閣更大的權力，逐漸建立類似後世君主立憲的政治體製。畢竟一群精英群策群力要比一個皇帝更能有效地治理國家，曆史上明代的內閣在這方麵邁出了第一步。明朝中後期內閣權力大增，因此盡管皇帝不勤政，但是國家照常運轉，沒有出現大的問題。而滿清繼承了明朝的皇帝獨裁，又拋棄了內閣。皇帝一切正確，萬事獨攬，雖然一個個都勤政不已，但是效果卻是糟糕不已。
但是沈覺非也有顧慮，他對文官結黨作意氣之爭的壞毛病很了解。黨爭是個可怕的字眼，北宋末年和晚明就是在黨爭中消耗了自己，敗壞士風，頹廢人心，最後徹底淪亡於異族的。人性貪婪，文官們中高道德的畢竟是少數，更多是有血有欲的普通人，麵對權力的誘惑是難以抵擋的。為了權力，他們極有可能投機鑽營，結成一黨，相互勾結，蛇鼠一窩，黨同伐異，為反對而反對，置國家大事於不顧。連曆史上著名的東林黨中的一些人都有這樣的毛病，何況其它！
這決不是後世的政黨製度，而是政治清明的天敵！這當然不是沈覺非願意看到的結果。
欲速則不達。沈覺非在估量了風險後，決定擱置原意，折中處理，一步一步地來吧。將兵部尚書和戶部尚書調入內閣，讓內閣中有通曉財政和軍事的人才，這樣內閣決策也科學一些，並且逐漸形成這兩部尚書照例進入內閣的慣例。
十九日早朝，詔令：“廢除東廠。錦衣衛的鎮撫司也一並廢除。從此，錦衣衛隻有監察權，沒有獨立司法權。全國刑政通歸刑部﹑都察院和大理寺處理。同時設立總理內務大臣一員，管理皇家事務，大小太監宮女皆受節製，正三品銜，由陳於陛出任。”
這一道詔書發下，立即受到了京師大小官員們歡迎。宦官之禍，由來已久矣！不想今日一詔廢之，沒有了東廠和錦衣衛鎮撫司，看那些太監還如何橫行。心喜若狂的文官們白日縱酒，“彈冠相慶”，縱酒吟詩，歌功頌德，一日之間沈覺非的聲望爆漲。二十日早間通政司衙門就接到了百餘本頌聖的折子。