除此之外，獻縣知縣喬國棟還舉報了河間知府康熙十六、十七年兩年所犯下的幾宗特大犯罪案件。於成龍震怒，便又下令守巡兩道官員去調查。於成龍對此事，也感到很是為難，他想了上級官員彈劾下級，下級官員再越級上告上司，這樣一來難免會官官相護，上司也不敢輕易舉報下級了，工作起來難免會有所忌憚，投鼠忌器。
於成龍認為，縣令越級上告，不再是小事，而關乎到倫理綱常，歪風不可長，上下級關係一定是明確的。於成龍隨即向朝廷上了《請禁訐告以正名義疏》，討論官吏體統問題，要求朝廷拿出切實可行的解決辦法。於成龍認為道台和知府犯法，隻能是巡撫可以製裁，州縣官員一定不能犯上，藐視上官。在這封奏章中，於成龍提出兩個問題，一個是作為巡撫不查處道台、知府等官吏的違法行為，該要如何懲治巡撫；另外一個是下級越級上告頂頭上司又當如何處理。
康熙皇帝在認真閱讀了於成龍和吏部的意見後，便下詔“依議”，並下發至全國各地衙門，然而，朝廷最終禁止的是“反噬挾製”，就是說上級一旦查處過下級，那麼下級官員便不能挾私再控告其上司，除非是上下級之間並無個人恩怨，這樣一來的下級控告上司方可成立。早在於成龍就任直隸巡撫之前，直隸省因為旱災，百姓早已是苦不堪言。於成龍到了直隸以後，開展新政策的同時，也將大量精力放在了賑濟災民一事上。清朝政府當時的賑災程序是很繁雜的，必須先由地方官員調查災難的實際損失情況，再彙報到省裏，省裏再對其進一步核查，最後才由省上直接上報朝廷。待戶部向皇帝請示以後，確定災情實有發生，最後才發布賑災命令。至於說賑災糧餉的多少，就要看災難的程度而定，部分減免或者全部蠲免賦稅，緩征賦稅，平價糶糧，災情最為嚴重時才無償地發放糧米。朝廷之所以有這樣的規定，是為了要防止地方官員，虛報或誇大災情，從而貪汙朝廷的賑災款項，讓朝廷蒙受虧空。最終，朝廷的錢糧還是到不了災民的手中，即便是到了，人均數額也不足。然而，救災如救火，朝廷遠在京城，所謂遠水難救近火，更何況這彙報災情的過程又這麼繁雜、漫長，等救濟款到了，這老百姓怕是也會餓死不少。就在這次救災過程中，於成龍來不及向朝廷稟報，於是就擅作主張，來個先斬後奏，先開倉放糧，解決了百姓的燃眉之急以後，再向朝廷請罪。這樣一來，既不用遵守那些繁瑣的規矩、程序，也避免了一些災民被餓死的命運。於成龍之所以敢這麼做，除了他剛正不阿的優良品質外，還有一點就是他深知康熙皇帝信任他。的確，這次賑災，於成龍果斷開倉放糧，康熙皇帝並沒有追究，反而還覺得他做得很對，直隸百姓也對於公此舉感恩戴德。
康熙十九年（1680）十月，於成龍上奏朝廷，聲稱直隸宣府所屬東西兩城和懷安、蔚州二衛，有近一千多頃耕地，被洪水泛濫過，無法耕種。前任巡撫曾經就請示過朝廷，請求朝廷下令免了當地百姓的賦稅，朝廷當時就沒有批複，而且這些年百姓仍然負債累累，欠賬繳納朝廷的賦稅。
於成龍上任以來，並多次巡查過該地區，發現土地被衝刷過的痕跡更加的嚴重，仍然無法耕種。於成龍在奏章中說，他體諒朝廷這些年來征戰所消耗的軍餉，國庫空虛，但是僅這片土地的百姓，每年所征集到的糧食不過三千餘石，稅銀不過才一千餘兩，對於朝廷來說隻是一個無關痛癢的小數目罷了，大可不必過於小心謹慎。然而，這些稅銀和糧食確實當地很多百姓的命根子，是他們活下去的希望，關乎到他們的生死存亡。這於這件事情，康熙皇帝仍然著戶部去核查，待確認無誤後，便下令從康熙二十年起該地區免收賦稅。
康熙皇帝的這道命令剛頒布不久，於成龍又向皇帝稟報了宣府所屬的東西二城還有完全左右前衛、懷安、蔚州、保安、紫溝、西陽等地夏災與秋災嚴重，隨即朝廷下令緩征賦稅，並平價出售官倉中儲存的糧食，解了百姓燃眉之急。這道命令剛開始實施，宣府通判就向於成龍彙報，宣府東西二城，在一月之內餓死了有數十名百姓。於成龍當即調派保定府同知火速趕往現場，免費以官倉之糧賑濟貧民，每人獲得兩鬥，讓很多臨近死亡邊緣的貧民們活了過來。
於成龍並向朝廷上書：“伏思平糶糧石，止救稍能措糴之民，而不能救囊無一錢、僵臥待斃之民。即再疏請賑，候部議覆，奉旨允行，亦須一月。此一月之內，民之饑死者又不知凡幾矣！”
康熙皇帝接到於成龍的奏報後，立即和戶部商議得出結論，堅決同意於成龍在救災過程中的果斷、認真，也不再追究其違反朝廷製度一罪。
康熙二十年（1681），康熙皇帝派戶部員外郎葉綸趕往直隸，與於成龍一起救濟災民，並隨後下令，“蠲免本年額征、積年帶征錢糧及房稅”。到了本年七月，於成龍又向皇帝上奏，彙報了真定府下屬的獨鹿、井陘、曲陽、平山、靈壽五縣，發生了旱災，莊稼枯幹致死，百姓顆粒無收。這也難怪，直隸省地處我國北方，本來就是多旱少雨的地方。於成龍就此事，向皇帝提出請求，請求將房稅銀兩緩至來年征收，臨街的門麵房，每間每年隻征收二錢。
這年的九月，康熙皇帝巡察直隸省，本來皇帝就一直想下來看看於成龍所做的功績，以前沒有機會，現在皇城邊上，還能不出來走走。
巡察至直隸轄區的霸州，見到災民情況，即下詔：“朕巡行近畿至霸州，見其田畝窪下，多遭水患。小民生計維艱，何以供給正賦？著察明酌量蠲免。”
直隸兩年來的賑災過程中，於成龍曾幾度號召當地富豪、官紳慷慨解囊，捐錢募糧，救得很多災民一命。
康熙二十年（1681）初，於成龍由於賑災有功，康熙皇帝獎給了他一千兩的賞銀，本想給他貼補家用，改善生活，沒有想到竟將這些賞銀全部捐獻給了百姓。這次賑災，隻有少數地方官員涉嫌貪汙，被於成龍一一拿獲了，並對其官吏進行彈劾，請求朝廷對他們撤職問罪。於成龍自小飽讀聖賢之書，尤其是對佛學情有獨鍾，而且是深信不疑，對佛家的因果報應是絕對相信的。直隸的這場罕見的大災難，他認為是人的過錯，所謂天災人禍，可能是因為直隸官民很多地方不夠檢點，才最終導致天降災難於民。於成龍為此開始反省，康熙十九年（1680）冬天，吃齋念佛三個月，為直隸官民贖罪。並誠心反省，祈禱直隸來年風調雨順、百姓安居樂業，於當年除夕夜，於成龍以一顆心憂蒼生之心，寫下一首五言詩：
今夕是何夕，明晨又一年。
三冬無再雪，萬戶有孤煙。
爆竹誰家響？盆花幾處鮮？
早朝齊拜舞，誰上彗星篇？
灶冷疇為祀，井寒空自漣。
哀哉孑遺歎，忍待麥芊芊。
康熙二十年（1681）正月十五，也就是元宵節這天，於成龍帶領直隸省大小官員人等在直隸省當時的行政中心保定府舉行了一場隆重的祈雨儀式。仰天長歎，並高詠一首五言律詩：
皓月當空照，黃塵逐日飛。
求沾驚蟄雨，腸斷幾千回。
康熙二十年，直隸省的災情仍有持續，但是保定府一帶氣候不錯，莊稼長勢也較為可觀。更為稀奇的事情，卻在直隸發生，單穗麥竟然長成雙穗，直隸百姓親切的稱於成龍為“於公穗”，認為這是於成龍的為官之道、是他的德政感動了上蒼，才會出現如此祥瑞奇跡。
關於直隸省的緝盜工作，於成龍還是采取切實可行的保甲法，也是他曾經在羅城、湖廣省用慣了的安民政策。然而，於成龍的這套保甲法在外地實施有效，但是，在直隸卻不能很好的實施。於成龍後來分析認為，這是南北兩地風俗、風氣不同所造成的。黃州府地處湖北，是魚米之鄉，百姓豐衣足食，即便是有少股的反清勢力，卻終究得不到人民大眾的支持，也難以形成氣候。直隸省的百姓卻截然不同，他們與黃州百姓的處境不同，直隸省所在京畿重地，境內多為達官貴族、皇親國戚，長期受到這些貴族的威脅和迫害，他們的土地都莫名其妙的被官家、皇親圈走了。直隸百姓的生產、生活遭到了嚴重的破壞和影響，官民矛盾日益激烈化，很多盜匪長期打著劫富濟貧的旗號，深入到貴族家中偷盜，這些人久而久之形成勢力，已然不是保甲法可以解決問題的。這是清王朝的國策，於成龍雖說是封疆大吏，但是想要扳倒這些目無法紀的皇親貴族也是很難的，他也實在辦不到。而且於成龍飽受皇恩，他隻能是盡他最大的力量幫助那些受壓迫的百姓們。
為了更好的完善保甲法，於成龍又在保甲法的基礎上，增修了《續增條約》。直隸省的盜匪可不比南方，他們都是在馬背上長大的，騎術那都是一流的。這些大盜殺人如麻，而且殺人不眨眼，待辦完事之後，便迅速策馬逃走，速度快如閃電，等官府接到報案的時候，人都消失的無影無蹤。所以，當地的百姓對這夥人是談虎色變，哪裏敢輕易招惹他們。於成龍苦思對策，認為能治住這些凶悍盜匪的官吏，必須是有膽識的。
於成龍下令各地方官員，必須嚴密偵查這些匪徒的行蹤以及姓名，一經發現，即立刻上報巡撫。最後，再有於成龍自己擬定一套方案，進行集中逮捕。保甲法一旦實施以後，便會限製住盜匪們的行為，他們自然是按耐不住，對地方官吏肯定是要打擊和報複的。於成龍下令各地方衙門一定要嚴加巡邏，謹防外敵。於成龍認為，賭場也是一些不法之徒主要活動之地，開賭場的人一定是非奸即盜的大亨。參與賭博的人通常都是一些遊手好閑的社會流氓，他們的賭資不是偷來的，那就必然是搶來的，賭輸以後，再繼續搶劫。最後，實在是走投無路的時候，很有可能就會和賭場歹徒同流合汙了。地方官員根據能力不同，他們由於不是盜匪的對手，抓不到盜匪，常常欺上瞞下，將無辜良民抓回來充當其盜匪，拉到刑場上砍頭。
於成龍得知這一情況以後，很是震怒地道：“地方官員平日不肯禁賭，以致養成盜黨。殃及百姓，把入夥的窮民拿來斬首，又忍心乎？此罪過，都在地方官員身上，隻是財迷心竅，全不思殺了這些窮人，到陰司地下哪個不嚷鬧？終究一命要還一命，遠在兒孫近在身。如打起精神，嚴禁賭博，稽查貧乏，不知救了多少人的性命。祿位如何不崢嶸？子孫如何不昌盛？功德無邊，比要銀子十分受用……”
於成龍對緝盜官吏的升遷問題，也是十分在乎的。清朝對官吏的管理製度是很嚴厲的，如若不能定期完成對盜匪的抓捕工作，將會麵臨上級官員的彈劾，最後是要獲得朝廷的處分的，處分的後果不是被罰俸，就是降級，甚至是革職和殺頭。
於成龍也是從基層做起來的，深知抓捕工作的難度，曾也受過處分，於成龍考慮到這種情況，還鬥膽給朝廷上了一封《請寬盜案處分以惜人才疏》，內容基本如下：
1.一府一縣隻有一位正堂官，他們每天受理的案件無數，這百姓當然不會管這麼多，雞毛蒜皮的事情都要告到衙門裏麵來，地方官員剛剛結了一件案子，另一件又接踵而來，根本沒有喘息的機會。官員們處境也很難，希望朝廷能夠體諒。
2.各州縣官員，作為當地的父母官，他們有責任和義務維護百姓的利益。自己轄區發生了案情，地方官員往往比誰都要著急，他們也害怕朝廷對他們有所處分，如果朝廷一味的急催，官員們難免會狗急跳牆，胡亂找來一個替死鬼。如果隻是一味的降職、調任，隻是不能解決根本問題，官員們剛剛有所建樹，對當地情況有所了解，又被調往外地，又開始一個新的環境，對官員的成長很不好，政績也不能很好的體現出來。於成龍建議朝廷隻對犯錯的官員進行降職處分，但不外調，讓他們在原來的位置上將功折罪。
3.朝廷選拔“卓異”是官吏大典，也是朝廷取賢納良的理想途徑。但朝廷還有一項規定，就是官員們有陳年舊案沒有破獲的，便沒有資格競選。這項規定一開，很有可能會埋沒人才，沒有破獲的案件並不能說明官員無能，也不能說明他們辦事不力，很有可能那件沒有破獲的案件根本就是個無頭公案，是個懸案，官員們沒有神通，無從查起也是可以理解的，總比個別官員好，為了濫竽充數，將良民屈打成招。於成龍建議朝廷，要根據案件的難度而定，總之，不可一概而論。
4.各衙門負責緝捕的同知、通判等副職，他們的轄地很多達十幾二十個縣，這些縣的緝捕工作都是他們來做，這是直隸州、府。還有一些縣級州縣的縣丞、同知，他們隻需要負責一個縣的緝捕工作，但是處罰的後果依然是一樣，這樣對直隸州、府的同知、通判不是很公平。於成龍認為，武官的處分條例，有專汛、兼轄、統轄的區別，以責任的大小決定處罰的輕重，同知、通判的處分，應該沿用武官條例，這樣才算公平。
5.道台主要負責監督轄區的捕盜工作，沒有完成任務的，按照朝廷有關條例，不僅要罰俸，還要“停其升轉”。於成龍認為，這些官員不是京官外放，就是從基層提拔起來的幹練之才。分管官員，通常也會失去上升的機會，而且他們中間不乏大量賢能官吏。於成龍建議朝廷，具體負責捕盜的官員，“停其升轉”，讓其限期破案，是他們不容推脫的。監督緝盜的道台，既然已經罰過俸祿了，就應該“免其停升”。於成龍的這些建議到了康熙皇帝手上，皇帝也和吏部官員進行了討論，吏部認為於成龍這些都是在強詞奪理，沒有道理可言，決定駁回。
康熙傳下口諭：“朕曾經到直隸一帶巡視，發現山海關以西，永平以東，一麵臨海，一麵臨邊，盜賊無處潛藏，搶劫的案子就比較少。而玉田、豐潤、遵化、薊州、霸州、保定一帶，民居稠密，盜賊容易藏身，犯案的就多。現在處分條例定得太嚴格，恐怕官員和百姓都受牽累，就令九卿官員詳細討論，修改條例。”
於成龍這次上書，康熙皇帝隻批準了其中幾條：具體承辦盜案的官員，超限不及二年者，免於離任；監督緝盜的道員，限滿後隻罰俸祿，免於停升。其他幾條，最終沒有得以批複。
四、君臣之交淡如水
於成龍上任直隸巡撫之初，請求麵見康熙皇帝，以當麵答謝皇恩，但是，被康熙皇帝拒絕了。於成龍與康熙皇帝君臣之間有了書麵語言的溝通，兩人對彼此也逐漸有所了解。在直隸賑災過程中，於成龍曾多次向皇帝上奏，基本上都予以批準。其他方麵的建議性的奏章，康熙皇帝卻隻是準奏了一小部分。
於成龍自從和康熙皇帝直接書信來往以後，已慢慢領略到一代聖君的英明之處。康熙皇帝也被於成龍的忠君愛民、廉潔奉公而深深折服。君臣之間，更多的隻是公務上的交流，私人生活交流並不多，由於於成龍為官清廉，也沒有給皇帝送過什麼禮物，卻彼此都非常的了解、信任，可謂君臣之交談如水。
康熙二十年（1681）正月，於成龍接到朝廷工部的調令，挑選一萬多名勞力迅速入京，到北京郊外的沙河，將已故孝誠仁皇後赫舍裏氏、孝昭皇後鈕鈷祿氏的梓宮，迎到皇陵下葬。這項工程重大，但是稍有不慎，便會人頭落地。這皇後畢竟是母儀天下的國母，她們的葬禮自然是以國禮對待。
這次入京為皇後辦理後事，於成龍也順帶進宮覲見了康熙皇帝。這年的二月，於成龍終於能夠入宮見駕，康熙皇帝知道於成龍年老力衰，所以安排的很周到，讓於成龍也省了不少力。於成龍見到皇帝以後，行完君臣之禮，便給於成龍看座看茶，君臣二人是一見如故，也難怪，在奏章中兩人已非常了解了。
康熙皇帝對於成龍印象最深的是，在黃州府任職期間，單槍匹馬招撫劉君孚，這種奮不顧身、舍己為民的精神讓康熙皇帝欽佩有加。
便以此事，向於成龍提問道：“朕得愛卿這般賢能，朕已無憂！據說當初在黃州時，愛卿單槍匹馬招撫反賊，你是如何辦到的？愛卿一介文弱，竟有如此才華，難能可貴！愛卿以一人之力勝過千軍萬馬，足以羞煞那些飽受皇恩的官吏們！”
於成龍也應對自如，道：“微臣隻是在宣揚皇上的威德，並沒有其他本事！”
於成龍這話一出，康熙皇帝聽了，心裏自然是美滋滋的，如飲甘露一般。於成龍倒也很會給皇帝臉上貼金。
康熙皇帝接著又問道：“你手下還有哪些清官？”
於成龍道：“知縣謝錫袞、同知何如玉比較清廉。”
康熙皇帝接著再問道：“上次你彈劾知縣趙履謙，辦事非常得當。”
於成龍道：“趙履謙過而不改，微臣萬不得已才彈劾他。”
康熙皇帝囑咐於成龍道：“為政之道，當知大體，小聰小察，不足為多。且人貴始終一節，爾其勉之。”
康熙皇帝的這段話，有恩威並用的意思。前麵委婉的批評了於成龍，小聰小察是基層官員應該具備的。如今已是封疆大吏了，基層官員應有的特性，在封疆大吏身上是不足以表揚的。任何事情，需要從全局考慮，不應在乎細小的得失。後麵這句話，很有繼續重用於成龍的意思，不知道於成龍是否能夠理解康熙皇帝的苦心。不過，後來從京城返回直隸以後，於成龍更是勤勉有加，都這把年紀了，他依然激情不減，都是為了百姓。
於成龍當天離開皇宮之前，康熙皇帝當著身邊眾臣的麵道：“於成龍起家外吏，即以廉明著聞，洊陟巡撫，益勵清操。凡在親戚交遊請托者，概行峻拒。所屬人員並戚友，間有饋遺，一介不取。朕甚嘉之！知其家計涼薄，特賜內帑銀一千兩，朕親乘良馬一匹，以示鼓勵。”
皇帝給於成龍的賞銀是自己的私有財產，並非戶部管理的國庫銀兩，可見康熙皇帝對於成龍的恩寵程度。康熙二十年二月十二日，翰林院掌院學士庫勒納和一等侍衛對親，奉旨趕到於成龍在京城臨時居住地，將皇上賞賜的一千兩內帑白銀和鞍韉齊全的禦乘良馬，正式頒賜給於成龍。二月十八日，大學士納蘭明珠和庫勒納、對親等人，將康熙皇帝親撰親書的詩卷，頒賜給於成龍。
康熙皇帝為於成龍撰寫的是一首五言詩，內容如下：
自昔崇廉治，勤思吏道澄。
郊圻王化始，銷銘重臣膺。
政績聞留牘，風期素飲冰。
勖哉貞晚節，褒命曰欽承。
在詩的前麵還附有序言：
直隸巡撫於成龍秉性淳樸，廉介夙聞，朕心嘉賴。俾典節鉞，保厘畿輔。唯能激濁揚清，始終如一。清潔之操，白首彌勵。真國家之所重，人所不能也。茲來陛見，爰賜以詩，用示鼓勵之義，且以風有位焉。
三月十四日，於成龍如期完成了遷葬皇後的任務。就連皇帝恩賜給他的一千兩紋銀，最後都捐給了直隸災民。康熙二十年（1681）九月，皇帝深入到直隸省各地視察災情，閑暇之餘，還帶著隨從、親信們四處打獵，皇帝打回來一大批獵物，並派人送至於成龍處，並同意於成龍帶直隸百官來到皇帝的行宮見駕。
最後，於成龍將皇帝恩賜的獵物，分發給直隸文武官員，讓他們都能沾上皇恩，以後便能更好的為國出力。分完禦賜之物後，於成龍便率領直隸守道參議董秉忠、巡道僉事吳元萊、保定營參將張玉麒趕到康熙皇帝所在雄縣行殿見駕。
於成龍等人向皇帝彙報完災情以後，皇帝便宴請他們吃了一頓禦宴。於成龍個人還得到了皇帝的一壺奶酒，是皇帝賞賜給他的。