克隆動物自身的安全性也讓很多人質疑。克隆“多莉羊”的誕生與死亡讓人們看到一個可怕的事實——克隆動物比普通動物短命得多，“多莉羊”死時還不到7歲，普通羊的壽命平均為12年。這證明，盡管基因和模本動物的完全一樣，盡管肉和乳製品與普通產品沒啥差別，但是，克隆動物還是存在不可避免的缺陷。更有人擔心，克隆動物擁有完全一樣的基因，一旦爆發某種疾病所有動物都將無一幸免，在一朝之間死亡，那將帶來災難性的後果。克隆動物常見的問題包括：分娩的低成功率、胎兒過大以及胎盤畸形、水腫、產期死亡、複製動物導致動物的死亡率上升等，克隆動物的這些問題提醒我們關注克隆食品安全性和動物健康問題是十分必要的。克隆技術雖然為優良品種的動物快繁提供重要途徑，但對克隆動物本身也增加了相應的風險，因此，對克隆家畜的肉奶產品等轉基因食品采取謹慎的態度是沒有錯的。
當轉基因食品的安全性還在越來越受到人們的廣泛關注之際，歐洲食品安全局2008年1月在其網站上宣布：“就食品安全而言，克隆動物提供的食品和來自常規飼養動物的食品之間不大可能存在任何差異”。2008年1月11日，該機構又發布報告，再次重申其有關克隆食品對人體無害的論斷。2008年1月15日，美國食品和藥物管理局也再度重申，經過克隆的牛、豬和山羊以及它們的後代均可以安全食用，克隆牛產的奶也可安全食用，相關食品上市時無須貼專門標簽，同意銷售這些克隆動物製成的食品。歐盟和美國的食品安全部門相繼為克隆食品開了綠燈，也許不久後克隆食品就會像轉基因食品一樣被擺上普通百姓的餐桌。克隆食品上餐桌，這在人類曆史上尚屬首次。或許，繼轉基因技術之後，克隆技術又將帶來一次餐桌上的“革命”。
早在2001年，美國食品和藥物管理局就曾委托全國科學基金會的一個專家委員會評估克隆牲畜的安全性。該委員會認為，克隆牲畜在食品安全上“問題不大”。如果用常規方法而不是肉骨粉飼養，克隆牛的安全性是毫無問題的，不要擔心會有瘋牛病。克隆與其他生物技術不同，不會在牛體內引入異種基因，基因突變的幾率也屬於可控製範圍，因此食用克隆牛肉完全不必害怕。
美國食品和藥物管理局最近收到的大量數據顯示，克隆牲畜與普通牲畜出產的肉製品與奶製品沒有區別。管理局收到的最重要數據來自得克薩斯州奧斯汀的ViaGen公司，該公司用來自4頭克隆公豬和3頭普通公豬的精子讓89頭母豬受孕，共產下404隻幼崽，其中242隻為克隆豬後代，這404隻幼崽全部由美國農業部科學家在相同環境下飼養成年後宰殺。一家獨立實驗室隨後對克隆豬後代的豬肉進行了蛋白質構成、脂肪酸分析等多項共1.4萬份測試，其中隻有3份測試結果與普通豬肉不同，僅1份超出農業部認定的正常範疇。
關於克隆牛所產的奶和肉，與天然繁殖的牛所產奶和肉到底有沒有明顯的區別，美日科學家組成的研究小組不久前在《自然》雜誌上稱，來自美國康涅狄格大學和日本鹿兒島良種牛育種研究所的科學家采用體細胞克隆技術，分別用表皮纖維原細胞克隆了良種的日本黑肉牛與歐洲荷斯坦奶牛，然後將克隆肉牛的肉與天然繁殖肉牛的肉進行比較，同時將克隆奶牛所產的奶與天然繁殖奶牛所產的奶進行比較，科學家的結論是，克隆奶牛和天然繁殖奶牛所產奶的脂肪、蛋白質、乳糖、固體物以及尿素含量都沒有明顯區別；克隆牛所產牛初乳與天然繁殖牛所產牛初乳在抗體成分上也極其相似。在牛肉的對比研究中，研究人員發現克隆牛和天然繁殖牛的肉的濕潤度、粗蛋白、粗脂肪、氨基酸和脂肪酸含量等100多項指標中有90多項基本一致，不一樣的是克隆牛的肥肉含量、腸係膜脂肪含量和脂肪酸含量都略高，不過這些指標也在食品管理機構允許的範圍內。