由日本東京大學等單位的6名教授組成的科研小組在1999年以“利用克隆技術的動物性食品的安全性”為題進行了多方麵的研究，研究結果認為，擔心胚胎細胞克隆牛和體細胞克隆牛作為食品有安全性問題是沒有科學根據的。科研小組的研究結果認為：①胚胎細胞克隆牛和體細胞克隆牛雖然流產死亡和出生後死亡的事例比較多，但是，也有許多克隆牛在順利地成長，僅對這些個體進行的研究來看，包括各種生理功能在內，迄今為止未見什麼異常。②雖然哺乳動物和鳥類的體內存在著毒性和病原性物質，構成它們的蛋白質作為食品被食用後會對部分人產生過敏反應，但是還沒發現導致人體產生毒性和病原性物質的情況。③目前也沒有發現胚胎細胞克隆牛和體細胞克隆牛的蛋白質產生新的毒性和病原性物質。
盡管歐美的食品安全機構公布的數據顯示，克隆牲畜與普通牲畜出產的肉製品與奶製品沒有區別，是安全的。然而，全球各地仍有許多人對食用克隆家畜的肉、奶製品充滿了疑慮，“皮尤食物和生物技術項目組織”在2006年9月做了一項民意調查，64%的人都說他們不能接受克隆食品，人們給出的最主要原因是“宗教和道德”，食品的安全排在第二。2008年1月17日，法國和德國農業部長堅決表明，不會食用克隆動物產品。英國主流媒體更是毫不留情地把克隆動物稱作“農場墳墓的怪胎”，把克隆食品視為“怪物食品”。
消費者和有關國家的某些擔心並非沒有根據。自從德國胚胎學家漢斯·施佩曼於1938年率先提出克隆動物的設想以來，人們對克隆技術的懷疑和爭議一直就沒有間斷過。盡管人類在這一領域的探索已有70年的曆史，但克隆技術至今仍不盡成熟。研究發現，如同文件反複複印後清晰度會降低一樣，使用體細胞克隆技術使動物代代相傳，會對動物基因造成或大或小的損傷，而基因信息的流失會導致克隆動物出現“先天性病殘”。與自然繁殖的動物相比，克隆動物容易出現體重超重等異常，患病率和死亡率相對較高，壽命更短。由此可見，美國食品和藥物管理局關於克隆動物和普通動物“無差別論”似乎經不起推敲，克隆綿羊“多莉”的早逝可能就是有力的例證。
目前克隆動物食品要真正走向人們的餐桌還有三個困難需要克服。首先，克隆動物食品的安全性問題仍受到人們質疑。其次，現在生產克隆動物食品的成本還是高於傳統食品的成本。最後，克隆動物食品要真正走向人們的餐桌，最根本的阻力還是來自消費者心理。
由於上述原因，盡管歐美相繼為克隆動物食品開“綠燈”，但克隆動物的肉類和乳品要擺上普通百姓的餐桌恐怕還要經過激烈的交鋒和艱難的過程。然而，隨著科學技術的進步，克隆食品會像轉基因食品一樣，遲早會進入食物流通領域，擺上百姓的餐桌。因此，世界各國目前都應該考慮如何共同應對。比如，出台相關的法律法規和技術標準，不斷完善克隆技術，研發並運用針對克隆食品的檢驗和檢疫技術，防止有問題的克隆食品出入境，尤其要防止克隆食品演變為有害垃圾甚至基因炸彈，以確保消費者的知情權和克隆食品的安全性。
總之，克隆食品是否安全，不僅事關人類的健康和生命安全，還關係到人類的可持續繁衍。