食品安全與衛生學的發展經曆了漫長的曆史過程。食品安全與衛生知識，源於對食品與自身健康關係的觀察與思考。人類在遠古時期學會了使用火對食物進行加熱製備的方法，古代發明了食物幹燥方法，幾千年前發明了釀造等方法，這些方法除了有利於改善食品風味或延長食品貯藏期以外，還是有效的保障食品安全的方法，這些標誌著古典食品安全與衛生學的建立與發展。
中國早在3000年前的周朝，人們就知道通過控製一定的衛生條件，可釀造出酒、醋、醬油等發酵產品，而且設置了“淩人”，專司食品的冷藏防腐，說明當時人們已經注意到降低食品的貯藏溫度可延緩食品的腐敗變質。春秋時，人們已知食物的新鮮、清潔、烹飪和食物取材是否成熟等與人體健康有關，如《論語·鄉黨》中有所謂“食不厭精，膾不厭細。食殪而餒，魚餲而肉敗，不食。色惡，不食。臭惡，不食。失飪，不食。不時，不食。”到了唐代，更有《唐律》規定了處理腐敗變質食品的法律準則，如“脯肉有毒曾經病人，有餘者速焚之，違者杖九十；若故與人食，並出賣令人病者徒一年；以故知死者，絞。”說明當時已認識到腐敗變質的食品能導致人的食物中毒並可能引起死亡。在古代的醫學典籍中，也有不少關於食品衛生方麵的論述，如孫思邈在《千金翼方》中對魚類引起的組胺中毒，就有很深刻而準確的描述：“食魚麵腫煩亂，蘆根水解。”這不僅描述了食物中毒的症狀，而且指出了治療對策。這些均體現了預防食物中毒的原理與方法。
國外也有類似的記載。如希波克拉底在《論飲食》一書中提及的中世紀羅馬設置的專管食品衛生的“市吏”，就是例證。古代的食品安全與衛生學隻停留在感觀認識和個別現象總結階段，未能構成一門係統學科。直到19世紀初，自然科學的迅速發展，為現代食品安全與衛生學的誕生與發展奠定了科學基礎。施旺（Schwamn，1810—1882，德國生理學家，細胞理論的創立者）與巴斯德（Pasteur，1822—1895，法國化學家、生物學家，微生物學奠基人之一）分別於1837年和1863年提出了食品腐敗是微生物作用所致的論點；1855～1888年，沙爾門（Salmon，美國細菌學家）等人發現了沙門菌。這些都是現代食品安全與衛生學早期發展的裏程碑，並由此結束了長達100多年的食物中毒妥美毒學說。此外，英、美、法、日等國是最早建立有關食品安全與衛生法律、法規的國家。如1860年英國的《防止飲食品摻假法》，1906年美國的《食品、藥品、化妝品法》，1851年法國的《取締食品偽造法》，1947年日本的《食品衛生法》等。這些發達國家的食品安全與衛生管理已逐步實現了法製化管理，有關食品安全與衛生的法律、法規十分周密細致。這些都值得我國學習和借鑒。
在第二次世界大戰後的和平時期，科學技術發展帶動工農業生產並以前所未有的速度發展。一方麵基礎學科與關聯學科的進步直接促進了食品衛生學向高、精、尖方向發展，如引入新概念、新理論，應用新技術、新方法等。為加強食品安全與衛生學的科學性、法製性和以國際合作為主要特點的食品衛生監督管理，1962年聯合國糧農組織（FAO）和世界衛生組織（WHO）成立了食品法典委員會（Codex A1imentary Committee，CAC），主要負責製定推薦的食品衛生標準及食品加工規範，協調各國的食品衛生標準並指導各國和全球食品安全體係的建立。另一方麵又因當時工農業生產的盲目發展曾一度使公害泛濫而帶來來源不同、種類各異的環境汙染因素，食品衛生學在生物性、化學性、放射性三大類汙染物、食物中毒、食品毒理方法學以及衛生科學管理等各項內容方麵都取得了引人注目的進展。