食品安全與衛生學是研究食品中存在或從環境可能進入食品、能威脅人體健康的有害物質和因素及其評價方法、預防與控製措施，以提高食品衛生質量，保證食用者安全的學科。它的研究內容主要有食品原料的生產、加工、貯運和產品銷售與消費整個過程中可能存在的主要有害物質和因素的種類、來源、性質、作用、含量水平、監督管理以及預防與控製措施，各類食品的主要安全與衛生問題，特別是食物中毒及其預防、控製和管理等。
（一）食品的汙染問題和食物中毒等食源性疾病及其預防
主要闡明食品中可能存在的有害因素的種類、來源、性質、數量和汙染食品的程度，對人體健康的影響與機製，以及這些影響發生、發展和控製的規律，為製定防止食品受到有害因素汙染的預防措施提供依據。根據汙染食品有害因素的性質可將其概括為生物性、化學性及物理性汙染。食源性疾病是由攝食進入人體的各種致病因素引起、通常具有感染性質或中毒性質的一類疾病，食物中毒是最常見的食源性疾病。根據病原物的不同可將食物中毒分成細菌性食物中毒、真菌及其毒素食物中毒、動物性食物中毒、有毒植物中毒及化學性食物中毒。食品安全與衛生學要重點闡明各種食物中毒發生的病因、流行病學特點、發病機製、中毒表現及預防措施等。
（二）食品生產加工中的安全衛生問題
主要闡明食品企業建築與設施衛生、食品生產儲運中的安全與衛生問題。
（三）各類食品的衛生問題
根據食物的來源及其理化特性可將食品分成植物性、動物性及加工食品，各類食品在生產、運輸、貯存及銷售等各環節可能會受到有毒有害物質的汙染，研究不同食品易出現的特有衛生問題，有利於采取針對性的預防措施和進行衛生監督管理，從而保證食用者的安全。除上述三類主要食品外，隨著科技發展及人們保健意識的增強，一些新型食品，如轉基因食品、保健食品、新資源食品等大量湧向市場，對這些食品存在的衛生問題及食用安全性的評價也是食品衛生學研究的新問題。
（四）食品衛生監督管理
食品衛生監督管理是保證食品衛生的重要手段，即要運用科學技術、道德規範、法律規範等手段來保證食品的安全衛生。我國的食品衛生法律體係是由食品衛生法及其派生法規、行政法規、地方性法規、行政條例規定、食品衛生標準以及其他規範性文件共同構成的，其中食品衛生法是法律性總規範。食品衛生標準是製定食品是否符合衛生要求的重要技術依據，製定和修訂各項食品衛生標準及食品中有毒物質限量標準是保護消費者健康和促進食品公平國際貿易的重要保障。此外，加強食品生產企業自身衛生管理也是保證食品衛生質量的重要手段，食品良好生產規範（good manufacturing practice，GMP）管理、危害分析與關鍵控製點（hazard analysis critical control points，HACCP）體係等的實施均是食品生產加工過程的衛生管理體係。