企鵝寶寶需要一天到兩天的時間才能破殼而出，孵出後即表現有取食行為，將嘴放入親鳥口腔，取食成液狀的吐出的甲殼類或魚類食物。開始時，幼鳥藏在親鳥身下；逐漸長大後，幼鳥停留在親鳥體側。企鵝寶寶們從孵化到完全獨立的時間隨種類的不同而不同，在較小的種要2個月，帝企鵝需5個半月，王企鵝12～14個月。等寶寶們足夠大的時候，寶寶爸爸媽媽們會把它們放在由大群成鳥看管的“寶寶群”裏，就像我們現在的托兒所一樣。
等企鵝寶寶長大了，每年都會有一次脫毛，在此期間企鵝是不能下水的，它們通常會躲在鳥群以外的一個掩蔽地點。企鵝遊泳迅速，用鰭肢作為推進器。需高速前進時，常常跳離水麵，每跳一次可在空中前進1公尺或者更遠，並在此期間呼吸。在陸上則步態笨拙可笑，但前進速度甚快，以前肢為平衡器。它們在岩石上靈活輕盈，亦可以腹部在冰雪上滑行。企鵝們之所以在冰川遍布的南極雪地不會迷路，是因為它們有能借著太陽的位置來定向的本事。
企鵝的食物也不是一成不變的，它們的食物會隨著種類、所在地理位置以及季節的不同有所變化。大多數較小的南方企鵝以在南極富氧水麵達到很高密度的磷蝦為食，大型的企鵝同時也可以以魚為食物，在水中撲食的時候，由於企鵝是靠肺來呼吸，所以每隔一段時間需要到水麵上換氣，例如：帝企鵝在水下潛伏20分鍾左右用以水中捕食，一次最少可以捕6條魚。企鵝的大群體能一天消耗超過幾噸的驚人食物量，出海一次可達數周，成群捕食魚、烏賊和甲殼動物，天敵為豹形海豹或逆戟鯨。紐西蘭和南極附近地區的南非海獅屬和新海獅屬的海獅也是企鵝的天敵。
由於南極的企鵝常常在溫度為零下的水中遊動，所以它們的身體保溫十分重要。水中高速運動又增加熱量的喪失。在陸地上時腳與冰塊密切接觸，它們的皮膚溫度大約在0℃。皮膚溫度之所以這樣低，是因為它們的動脈和靜脈之間存在逆流熱交換係統，使回心的較冷血液從流向末梢的血液中吸收熱量，從而節約體熱。企鵝也具有與鸌類相似的鹽腺。研究證明，帝企鵝也極有可能會感染鸚鵡熱淋巴肉芽腫型病毒病。
含1科企鵝科的企鵝目可以下分為5亞科，而企鵝亞科又有18種分類。從始新世後化石紀錄可以看出企，鵝與鸌形目有共同的祖先。
物種溯源
大家都很好奇企鵝的祖先張什麼樣子、會不會飛？從目前現有的資料來看，似乎企鵝的祖先是不會飛的。1887年，孟茲比爾提出過一個理論，他認為企鵝有可能是獨立於其他鳥類，單獨從爬行類演變進化而來。可能企鵝的鰭翅是由爬行動物的前肢演化而來的，而不鳥類的是翅膀。所以他覺得企鵝根本就沒有過飛行的經曆。後來，科學家們在南極發現了一種類似企鵝的動物化石，它高約1米、體重有9千克，具有兩棲動物的特征。這個發現似乎印證了孟茲比爾的猜測。有人認為1981年，在日本發現的一種類似企鵝的海鳥化石，可能就是現在的企鵝的祖先。
近年，鳥類學家經過對北半球海鴉化石構造的研究之後提出，企鵝的起源可能與距今3000萬年前在美洲沿岸生活的一種海鴉關係密切。這種已滅絕了的海鴉也是一種不會飛行的海鳥。科學家們認為，盡管企鵝與海鴉生活在南北分家的兩個半球上，但它們骨骼形體卻有許多相似之處，不能不讓人懷疑它們的關係。
雖然從以上的論證來看，企鵝的祖先就是一種不會飛翔的動物。但是，有些動物學家對此持不同看法。他們依據多年積累的研究資料，斷言企鵝的祖先應該是會飛行的。因為從現代企鵝的身體結構上來看，它們依然有可以飛翔的痕跡。