棲霞寺有著燦爛輝煌的曆史，在其發展過程中，留下了許曆史傳說，如棲霞寺千佛岩的佛頭傳說、千佛岩石匠佛的傳說、髡殘補匾驚金陵的故事等。
雖然這些傳說大都存在著神秘和虛幻的色彩，但這些傳說的產生和流傳，卻從另一個方麵真實的表達出勞動人民對真善美的向往和讚美。
千年古刹棲霞寺旁的山岩上，雕鑿著與雲岡石窟並譽的千佛岩。700尊佛像大小各異，形態生動，是珍貴的文物。
民國初年，有個日本商人遊千佛岩時，偷走了一個佛頭。他回到日本，將佛頭供奉在家中。後來關東大地震，當地家家遭難，隻有這位商人絲毫沒有損失。半夜，佛頭說話了：“我救苦救難，使你逢凶化吉，可你害得我身首分離，我頭在這裏，身在中國，你快將我送回棲霞山吧。”
日本商人點香燃燭供奉以後，用一塊紅綢布包好佛頭，就親自送到南京。棲霞寺的僧人夾道迎接，立即將佛頭安在佛身上。日本商人跪拜磕頭後，雇人刻了一通石碑，將這一事刻在碑上，碑名叫作《佛頭記》。
石碑立在山門一側，眾人看了連連稱奇，千佛岩的名聲更大了。
南京東郊有座棲霞山，棲霞山上有座千佛岩。傳說千佛岩有1000尊佛像，是六朝時候一位石匠一個人鑿出來的，最後一尊佛像一手拿著鑿子，一手拿著錘子，就是鑿石佛的石匠。
那時，南京是京城，皇帝最信佛。有一次，他到棲霞寺去進香，看見棲霞山的山勢蠻好，就在菩薩麵前許了一個願，要在棲霞山上鑿1000尊佛像。
皇帝放個屁，太監唱台戲。皇帝一說要鑿石佛，那些太監就到處找手藝好的石匠了。湊巧，就在棲霞山腳下，有個石匠，年輕力壯，手藝又好，被太監打聽到了，就把石匠帶去見皇帝。
從前，見皇帝的規矩大哩，先要三跪九叩首，皇帝講話時，你隻能跪在地上聽，連頭也不能抬，皇帝講多久，你就得跪多久。等皇帝把話講完，石匠已經跪得兩條腿都站不直了。石匠想：“你皇帝也是一個人，叫我替你辦事情，還讓我跪了老半天，總有一天，也要叫你給我跪跪試試瞧。”
石匠心裏這麼想，嘴上可不敢這麼講，鑿石佛的事更不敢馬虎。他知道，弄得不好，是要殺頭的。
從此以後，石匠就日夜不停地在棲霞山上鑿石佛了。石匠的手藝確實高，鑿一尊是一個樣子，尊尊石佛都不一樣，大的，小的，老的，少的，坐的，站的，各有各的神態，各有各的姿勢。就這樣，鑿呀鑿的，一連鑿了999尊，就差一尊了。這時，太監來告訴他，期限快到了，明兒個皇帝要親自來朝拜石佛，1000尊石佛一定要在天亮前通通鑿好。
石匠一拍胸脯說：“就是了，保證誤不了事！”說著，當夜就把最後一尊石佛鑿了出來。他老兄鐵錘、鑿子一放，安安穩穩睡覺去了。
哪曉得，第二天天亮起來一看，那最後鑿好的一尊石佛不見了，隻剩下一個空空的石窟窿。這一下，石匠急死了，早不丟，遲不丟，剛巧皇帝今兒個要來，偏偏丟了一尊石佛，這不是要人命嗎？再鑿一尊，時間來不及了；不鑿吧，皇帝一發脾氣，就倒黴了。想來想去，想不出一個好辦法來。
皇帝到了，呼幺喝六，一路過來。皇帝倒蠻誠心，見一尊石佛，跪下來，磕一個頭。
石匠見了，反倒不急了。心想：“今兒個我倒要叫你皇帝老兒給我磕頭拜一拜了。”他一手拿著鑿子，一手舉起鐵錘，“撲哧”一跳，跳進最後那個石窟窿，站在那裏，憋著氣，一動也不動。
這時，皇帝一連磕了999個頭，早已磕得頭暈眼花，看見最末一個石窟裏還有一尊佛像，不管三七二十一，“撲通”一下子跪下來，又磕了一個頭。站起來，也顧不得問什麼，說聲“回去”，走了。
石匠等人走完，才從石窟窿裏跳下來。他怕皇帝下次再來，趕緊依照自己的樣子，連夜鑿了一尊石像，放在裏頭。後來傳來傳去，傳得神了，都說石匠跑進石窟窿後，就變成石佛了。