宗仰法師圓寂後，若舜法師住持棲霞寺，並多方募費，進一步修繕廟宇，重塑佛身，使千年古刹重獲生機。
棲霞寺曆經千年風雨滄桑，屢毀屢建。除受曆代君主興法、滅佛的影響外，還由於棲霞寺所在棲霞山臨江屏立，地勢奇險，成為金陵防衛要衝，曆來為兵家必爭之地，自建寺以來，屢遭兵燹。
梁南朝太平元年，陳齊之戰，寺宇小受損傷。南宋建炎四年，完顏南侵，與宋軍大戰於棲霞山，棲霞寺全部毀廢。清鹹豐五年，清軍與太平軍大戰於棲霞山，得失數次，形同拉鋸，棲霞寺再次毀廢。1927年8月，國民革命軍與孫傳芳軍血戰於龍潭、棲霞山一帶，棲霞寺又遭兵火損壞。
新中國成立後，黨和政府對棲霞寺非常重視，自1980年起，對這一千年古刹進行了大規模重新修繕，使棲霞寺規模空前，名播遐邇，成為南京現存的最大的一座寺廟。
從古至今，南京地區的中藥材就享有盛譽，秦漢時期在《淮南子》、《神農本草經》等書中，對句曲山、鍾山等處的多種藥材都作了詳細的記載。
漢元帝初元四年，周公後裔茅盈弟兄三人隱居句曲山，采藥煉丹，施醫濟民，受惠民眾成改稱句曲山為茅山，至今山上仍有三茅宮，紀念茅盈三兄弟。
六朝時期，除葛洪、陶弘景兩位著名的醫藥學家從事采藥煉丹、著書立說外，一般的醫藥學家包括士大夫也非常熱衷於采藥以用來養生。
南朝劉宋大詩人鮑照，曾經親自到江寧橫山一帶采過藥草，並寫下了《過銅山掘黃精》詩，其中寫道：“土肪問中經，水芝產內策。賢餌緩童年，命藥駐衰曆。蚓蓄終古情，重拾煙霧跡。羊角棲斷雲，核口流隘石。銅畫晝沉森，乳竇夜涓滴。”這首詩生動的描寫了詩人上山采藥的全部經過、采藥的情景和感受等。
南朝蕭梁時的目錄學家阮孝緒，也曾因為母親生病，獨自一人到鍾山挖掘太子參，供其母服用。可見當時百姓采藥自用的現象已經非常普遍了。
隋唐以後，南京地區的中藥材有了較大的發掘，出現了許多新的品種，對此《輿地誌》、《景定建康誌》、《至正金陵新誌》、《正德江寧縣誌》、《重刊江寧府誌》等，均有明確的記載。
明代，南京藥材史上出現兩件大事：一是鄭和從海外帶回的異國草藥，如丁香、乳香、沒藥、胡椒等，在獅子山、牛首山等地栽種；二是李時珍在南京刊刻《本草綱目》時，在其於李建元和徒弟龐憲的伴隨下，遠涉郊野，到棲霞山、茅山等處采集藥材標本，以補充《本草綱目》的內容。
一些較為珍貴的藥材主要產區就在棲霞山一帶，其中，茅蒼術為棲霞山的特產，其質量是全國之首。早在明弘治年間，茅蒼術就被列為上貢之品，年貢二百擔，是南京藥材史上記載最早的貢品。
從古至今的醫學臨床應用證明，棲霞山茅蒼術有三個特點：首先，斷麵呈黃白色或白色，有許多橙黃色或棕紅色的油腺散在點，暴露稍久，逐漸變成紫橙色，俗稱“陳砂點”。其次，質堅硬、體緊、少纖維，外皮棕灰色，有皺紋，橫曲紋明顯，易折，新斷麵平坦，可析出白色毛狀結晶，俗稱“起霜”，在炮製、加工過程中，散發特異的濃鬱香氣，是區別其他地區茅蒼術的一個突出特點。
茅蒼術的根莖人藥，具有健脾、燥濕、明目之功效，主治寒濕吐瀉、胃腹脹痛、風寒濕痹，痰濕留飲，雀目夜盲等症。
根據《本草綱目》記載：“茅蒼術煎法，取生術，去土，水浸再三，煎如治糖，酒調飲之，更善。”此種做法一直沿用至今，此外，茅蒼術還有消毒殺菌的作用。農曆端午之前，棲霞山一帶的農戶往往都燒蒼術以辟邪氣，求得全家人四季安康，此風俗至今仍在蘇南大部分農村延續。
茅蒼術野生於棲霞山一帶的丘陵崗地、樹林草叢之中，因集散於南京，故又稱南蒼術、茅術、京蒼術，現已聞名海內外，銷往港澳藥材市場。
棲霞山盛產茅蒼術的丘陵地帶，近年來由於受到開墾、采礦、濫挖濫采的影響，野生茅蒼術的生長範圍逐年縮小，產量大幅度減少。為保護日趨枯竭的茅蒼術資源，國家醫藥管理局將茅蒼術列為重點發展保護品種。
國家有關方麵專門組織人力、物力、財力，經過多年研究試種，成功地完成了由野生茅蒼術轉變成人工種植的科研任務。經現代醫藥生物化學分析鑒定，人工種植的茅蒼術在形態、性狀、藥用成份等方麵與野生茅蒼術毫無差異。
棲霞山的整個山體主要都是由石灰岩和砂岩組成，北部分布帶狀花崗岩，在地質學上是我國二疊係下統標準地層“棲霞組”的命名地，這一名稱由德國地理學家李希霍芬於1882年首創，1932年我國著名地質學家李四光將這一地層重新厘定為“棲霞灰岩”，它以淺海相含隧石結構的灰岩為主。
曾經在古老的幾億年以前，棲霞山地區為一片汪洋大海，屬亞熱帶氣候，溫暖濕潤，此後，經過中生代印支、燕山等期漫長的地殼運動，曆經海陸交替變化，前期沉積的
整套地層逐漸格皺隆起，由於強烈的地殼運動形成的斷裂作用，在火山噴發引起的岩漿活動中，又經曆幾千萬年的侵蝕、搬運、堆積等自然外力作用，使得原先生活在溫暖海洋中的生物如珊瑚、各種煙類、介形蟲、海百合莖等，演變成化石繼續殘留在地層裏。
棲霞寺中最享有盛名的唐代明征君碑的碑材，就是距今2.05億年前的二疊紀“棲霞灰岩”，此碑的碑材表麵帶有密布豆粒狀的白色斑點，圖同的梅花一般，這梅花為棘皮動物海百合莖和腔腸動物中國孔珊瑚的化石。經過專家們的初步測定，整個碑石大約有化石兩萬多個，數量之多，實屬罕見。
棲霞山山坡覆蓋的黃砂土和石灰岩土，均由砂岩和石灰岩發育而成。在通往鳳翔峰的公路一側，可見一段長約100到200米的岩石，非常破碎，表麵呈現乳白、灰青、紫紅、淺黃、嫩綠等各種顏色的“五色土”，即陶瓷工業的重要原料高嶺土，那裏就是首次發現棲霞山鉛鋅礦的所在地。
1950年，著名地質學家謝家榮教授率隊來到棲霞山考察礦山地質，認定這些“五色土”是鉛鋅礦的礦苗露頭，其下必定埋藏豐富的礦體，經過長時間的試鑽探礦，果然在離地百餘米深處鑽到厚度可觀的鉛鋅礦，從此，揭開加強勘探棲霞山地下礦床的序幕。
棲霞山的鉛鋅銀礦，是以鉛、鋅、銀為主的大型多金屬礦床，主要產在地下深處，礦體形態主要呈層狀、似層狀或透明狀，層位十分穩定。
根據明代《素園石譜·棲霞石》記載：“至正間，錢惟善先生遊江東，獲奇石。峰巒秀潤，上有古篆文，曰：棲霞。心異之，作供幾上。每神遊其間，便有世外之想。因仿東坡雪浪齋故事，名其室日：棲霞山房。勒銘壁中，永標奇賞。”可見，早在元末明初，棲霞石已作觀賞的效用。
棲霞石，石質成分為泥質灰岩及白雲質灰岩，硬度4～5度，有粗有細，有造型石、紋理石、鍾乳石、生物化石等多個品種的棲霞石，形態千奇百怪，大多數為山形石或景觀石。
棲霞石的石色豐富多彩，以青灰、褐灰、黑灰為主，紅、黃、白、褐次之；石膚紋理錯落有致、古樸典雅、峻峨空靈，極具皺、漏、透、瘦之姿。
有的峰巒疊峰，鱗峋俏麗；有的淩空倒掛，峰回路轉；有的渾厚沉穩，扣之如磐；有的花團錦簇，雍容華貴，實乃天工造物，自然奇觀。俯仰一室，逍遙太清，具有高雅獨特的風采和神韻。
此外，棲霞山還盛產多種可供觀賞和製作盆景的石料，主要有：千層石，生成於山脊裸露的表層，經長期風化而成，色黛黑，質地堅硬；北石，生成在山坡土層石縫中，紋理多變，表麵有一層灰粉，色澤近似龜紋石；礬石，多產於山坡表層，屬大理石質，有黃、白二色，色澤自然純正，質地潤潔如玉，外形變化多端。
在棲霞石的家族中的新秀，兼有太湖石、靈壁石、淄博文石等觀賞石的諸多特點，清雅悅目，潤澤可人，一經問世就受到賞石界人士的推崇和珍藏。
茯苓 俗稱茯靈，為寄生在鬆樹根上的菌類植物，形狀像甘薯，外皮黑褐色，裏麵白色或粉紅色。古人稱茯苓為“四時神藥”，功效非常廣泛。
唐高宗李治 628年～683年，字為善，唐太宗第九子，母文德順聖皇後長孫氏，貞觀五年封晉王。太宗去世，李治即位，是為唐高宗，時年22歲。
乳香 中藥名，別名熏陸香，為橄欖科植物卡氏乳香樹的膠樹脂，主產索馬裏、埃塞俄比亞，性辛、苦、溫，治瘀阻氣滯的脘腹疼痛，風濕痹痛，跌打損傷，痛經，產後腹痛。
《淮南子》 又名《淮南鴻烈》、《劉安子》，是我國西漢時期創作的一部論文集，由西漢皇族淮南王劉安主持撰寫，故而得名，該書在繼承先秦道家思想的基礎上，綜合了諸子百家學說中的精華部分，對後世研究秦漢時期文化起到了不可替代的作用。
介形蟲在奧陶紀出現，一直延續到現代，是生長在水域中的無脊椎動物。大的像米粒，小的肉眼看不清，通常隻有0.5～1毫米大小，能夠用來勘測石油，是石油地質工作者的好幫手。