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棲霞寺占地麵積40多畝，共有大雄寶殿、毗盧殿、藏經樓三進院落，依山勢層層上升，格局嚴整美觀。
棲霞寺在其悠久的曆史發展過程中，還留有以包括“明征君碑”、“舍利塔”和“千佛崖”三處在內的許多著名石刻。
走近棲霞寺，首先映人眼簾的是一座巨大的三開間仿古牌坊，額書“棲霞禪寺”4字，是由中國佛教協會原主席趙樸初親筆題寫的。
中間的兩根楹柱上，刻有茗山法師於1992年春題寫的楹聯：
千佛名藍朗公說法宗三論
六朝勝跡仰祖印心屬二伽
兩旁的楹柱上刻有雪煩法師撰文、圓霖法師書寫的對聯：“隋塔唐碑留勝跡，龍蟠虎踞護名藍”。
明鏡湖
過了牌坊，繁蔭覆路，列秀青青，不遠便是棲霞勝景“彩虹明鏡”。明鏡湖湖水清澈，彩虹相映成趣。明鏡湖是虎山和龍山之間的小湖，位於棲霞寺大門西麵，麵積約3000平方米。
明鏡湖是進人棲霞山風景區後迎接遊客的第一道勝景，建於清朝乾隆二十二年，係地方官員為迎接乾隆皇帝南巡駐曄而興建。
明鏡湖的湖心建有名為彩虹亭的六角亭，俗稱湖心亭。有九曲石橋彎彎曲曲與岸邊相連，造型精巧，《阿房宮賦》中所謂“長橋臥波，未雲何龍？複道行空，不露何虹？”之境界，大概如此。每到仲夏，湖中荷花盛開，湖水盈盈，漣調乍起，波光浮動，山清水秀。
棲霞奪山門及兩側山巒、古楓、銀杏倒映水中，活靈活現，湖水清澈光彩照人，恍如明鏡。故乾隆帝賜橋名曰“彩虹”，湖名為“明鏡”，合起來稱景點為“彩虹明鏡”。另一說認為，時任兩江總督的總督為迎接乾隆南巡而建棲霞行宮，總督攝山水少，特開兩湖，名為“彩虹”、“明鏡”，即“彩虹”與“明鏡”分別為兩個不同的湖。
明鏡湖中新建的石雕觀音菩薩潔白肅穆，麵對來來往往的眾生露出慈祥的微笑。乾隆年間建的九曲石橋與彩虹亭在清末被太平軍破壞，景點也破敗不堪。民國10年，棲霞寺住持若舜重建彩虹明鏡景點。1964年改建九曲橋，1979年改建彩虹亭。
1981年6月，明鏡湖突然發生塌陷，湖中的彩虹亭和九曲橋倒塌，湖水全部流光，橋斷水枯，佳景頓失。1982年，在棲霞山開采礦石的南京鉛鋅銀礦為調查明鏡湖塌陷原因，投資32.6萬元，開展水文地質勘察工作，論證為岩溶區小規模緩慢型地層塌陷。
1990年籌措100萬元資金複建明鏡湖，其中，棲霞山鉛鋅銀礦拿出部分資金，棲霞奪海外法係傳人星雲、法宗、超塵、達道、蓮航等法師也隨緣樂助，工程於次年9月竣丁，明鏡湖又重現了往日碧波蕩漾的風光，九曲橋也由一座增加為兩座，更方便了遊人。
1992年，於湖前豎立石碑，高2米有餘，石碑上的“彩虹明鏡”四字為當代書法家尉天池手書，背麵有真慈法師所撰《複建明鏡湖碑記》。彩虹亭上的“彩虹亭”三字為當代著名高僧茗山法師題寫。兩根格柱上題有格聯一副：“滿天星鬥落明鏡，十地聖賢來攝山”，由貴州遵義著名學者田光烈書撰。
在明鏡湖旁，有一小池，即白蓮池，因形似月牙，又名“月牙池”，又因專供善男信女放生之用，所以又名“放生池”。
彌勒殿
再往前行，有一小亭，俗稱禦碑亭，亭內矗立著一通著名的唐碑“明征君碑”。從禦碑亭往右前方走，登上石級，便來到棲霞寺山門前。
山門三門並立，中間是一大門，兩旁各一小門，象征“三解脫門”，即空門、無相門、無作門。中間大門額上書寫著“棲霞古寺”4個鎏金大字，兩側門額上分別書寫著“六朝勝跡”、“千佛名藍”8個鎏金大字。
步入山門，是彌勒殿。迎麵箕踞而坐著一尊袒胸露腹、開懷暢笑的胖大彌勒佛。彌勒佛的背後，是一尊韋馱尊者雕像，專司降魔護法之職。他是南方增長天王手下的8員大將之一，以疾走如飛著稱，專門負責佛寺衛戍工作。
韋馱巍然挺立，雙手合十，身著古將軍服，降魔杵橫於腕上，從其造型姿勢上，行腳僧可以知道棲霞寺是廣結佛緣的十方叢林。對來客表示歡迎。
在彌勒殿的兩側，侍立著佛國名聲顯赫的護法神將四大天王。四大天王俗稱四大金剛，據佛經上講，四大天王的任務是各自護持著一方世界，即居於須彌山四方的東勝神洲、南贍部洲、西牛賀洲和北俱羅洲。
其中南方增長天王，名叫毗琉璃，身青色，穿甲胄，手握寶劍；東方持國天王，名叫多羅吒，身白色，穿甲胄，手持琵琶；北方多聞天王，名叫毗沙門，身綠色，穿甲胄，右手持寶傘，左手握銀鼠；西方廣目天王，名叫毗留博叉。身白色，穿甲胄，手上纏繞一龍。
這四大天王全是中國式的武將打扮，威風凜凜，飽含煞氣。他們分別司風、司調、司雨、司順，合起來就是主管“風調雨順”，寓示五穀豐登、天下太平。
在彌勒殿內，還嵌有趙樸初撰文書寫的《重修攝山棲霞寺記》碑文，敘述了自棲霞寺的發展曆史。
出彌勒殿，是一方形的天井，天井的兩廂有客堂、祖堂、齋堂即千佛齋素菜館及補助堂。在補助堂的樓上，依次為“玉佛樓”、“過海大師堂”、“宗仰上人紀念堂”、“多寶閣”。
玉佛樓
玉佛樓於1987年複建。樓內正中為結伽趺坐的玉佛，高兩米，供奉在玻璃框中，它是由佛光山星雲大師敬獻的。玉佛左右分別為藥師如來佛和阿彌陀佛。進門的左側牆壁上懸掛著“佛成道在鹿野苑說法度生圖”等共計19副圖，另有一副“四處紀念之地，即即佛祖誕生之地、領悟四聖諦之道地、初次布道之地、涅般之地圖”；進門右側牆壁上懸掛著“釋迦牟尼佛八相成道圖”。這些彩圖均鑲嵌在鏡框中，是美國洛杉磯西來寺捐贈的。
過海大師堂
過海大師堂是為紀念唐代鑒真和尚而於1963年設立的。據史料記載，唐代高僧鑒真於天寶七年第五次東渡日本時，由於迷失航向，漂流到海南島。他在登陸北返途中，於天寶十年途經江寧，即現在的南京，由其弟子靈祜迎至棲霞寺，逗留3日後，返回揚州大明寺。
現在紀念堂正中佛龕內供奉著一尊鑒真和尚脫紗塑像，它是由日本奈良招提寺第八十一代傳人森木孝順親自塑造，1963年鑒真和尚圓寂1200周年之際，由日本文化界、佛教界聯合署名贈送給棲霞寺的。
鑒真和尚端坐的佛龕，在設計上別具一格，它采用揚州大明寺為模型，背景是驚濤駭浪，表現出鑒真和尚為弘揚佛法促進中日文化交流而舍生忘死的大無畏氣概。在紀念堂內，還陳列有鑒真和尚生平事跡資料。
宗仰上人紀念堂
宗仰上人紀念堂緊鄰過海大師堂，堂內正中為宗仰畫像。在堂內左右兩壁懸掛有若舜、寂然、方廉、青權4位棲霞寺高僧的畫像。堂內還陳列有翁同穌、章太炎等給宗仰的題字以及其它有關史料。
多寶閣匾額為趙樸初題寫，閣內陳列有棲霞寺曆代收藏的文物、字畫、工藝美術品、書籍等。
毗盧寶殿
由天井正中拾級而上，便是寬敞的毗盧寶殿。殿內迎麵正中供奉著一尊毗盧遮那佛，高約5米，連須彌座在內高達8.6米，金箔貼身，莊嚴肅穆。
在其左右，侍立著梵天、帝釋兩天王，他們是“天龍八部”的成員，是佛教中的護法神。大殿兩廡，分列著，二十諸天木雕像，均高兩米以上，他們也是“天龍八部”的成員，造型生動，神態各異。
毗盧遮那佛背後，是海島觀音群塑，表現的是觀音普渡眾生的32應身，形態各異，從容自若。這是寺廟中一組最熱鬧的群像，海島中塑造有數十個人物，中央是巨大的南海觀世音菩薩，她腳踏鼇魚頭，手執淨瓶，其左右脅侍著瞢財童子與龍女。
大殿前側左右各有大鍾、法鼓一麵，鳴大鍾是號令僧眾集合，擊法鼓是表示說法是為了勸戒僧眾漸趨於善。大殿後側有兩座雕刻精細、妝金塗彩的大型豪華佛龕，原係北京紫禁城的清朝遺物，1979年運至棲霞寺。
佛龕內分別安放著石刻觀音像和阿彌陀佛像。石刻阿彌陀佛像頭部為寺內收藏的舊物，是梁朝臨川靖惠王蕭宏所造的無量壽佛石像遺物；石刻觀音像頭部較小，為唐代遺物。
藏經樓
毗盧寶殿後麵為方丈室，方丈門額為當代著名書法家蕭嫻題寫。大門兩側有一副篆書對聯：“獅子窟中無異獸，象王行處絕狐蹤”，指文殊、普賢兩菩薩普渡眾生的大功德。
入門後，東側為念佛堂、貴賓接待室，西側為僧人宿舍，再上台階，便是國內著名的藏經樓。藏經樓為全寺最高處，樓下為住持和尚起居辦事的法堂，也是宣講佛法皈戒集會的場所。
法堂中設有法座，也稱獅子座。法座後掛有象征釋迦牟尼說法傳道的畫像，畫像兩旁懸掛著1979年重修棲霞寺時趙樸初題寫的對聯一副：“創業溯南朝，想當年花雨六朝，朗公講席弘三論；分身還故國，喜此日海天一色，鑒師行蹤重千秋”。法座前麵設有講台，台下設香案，兩側置聽法席。
樓上為藏經之處。樓上室內正中佛龕內供奉著一尊釋迦玉佛，是用整塊白玉精雕細琢而成，形象頗異，為緬甸僧人贈送的物品。
室內兩側放置著整齊的經櫃，按《千字文》字序，存放著經、律、論三大類佛教經典著作，多達8000餘冊，其中最名貴的為《貝葉經》，是在多羅樹葉上烙印梵文。相傳是唐僧西天取經帶回，因其時代久遠，彌足珍貴。此外還有一本“血書”，是清末一位女信徒滴血抄寫而成。
紗帽峰
在棲霞寺有一塊方形的巨石，這就是紗帽峰，它坐落在在千佛崖之巔。據明朝盛時泰《棲霞小誌》記載：“山勢自中峰而下，亂石晗岈，其色蒼黑，人稱為疊浪岩。
岩盡處，一方龕，四麵皆可上，上複有一小洞，內鑿以佛，遠望之如紗帽。”紗帽峰一名由此而來。清朝乾隆皇帝遊曆至此，嫌其名稱鄙俚，改名為“玉冠峰”。
乾隆皇帝在《玉冠峰》一詩中對更名緣由作了詮釋：“徐鉉曾有言，古者冠無帽。江左始著稱，燕居便私好。題峰殊不稱，有似緣木釣。我為易玉冠，俗名一以掃。老沈屢有詠，精神乃畢肖。何必定烏紗，嚇彼宦途耀。”但今天人們仍習慣稱之為紗帽峰。
紗帽峰旁岩龕中，明朝時曾經有一位道人默坐修行，時人殷邁憐其露處野外，於是就捐資建造一棟房子，何遷題名為“默坐軒”，供其居住。道人離開以後，這裏成為僧人海舟的居所，現已蕩然無存。
紗帽峰前有一平台，麵積大約有10平方米左右，稱為瞄台。清風明月之夜，於此眺江，煙波浩淼，水光山色，水乳交融，其情其景令人心馳神蕩。
明朝張怡《明月台銘》寫道：
即此山中，月無不照，離此山中，月無不到，胡獨斯台，而膺期號，既以命之，便堪登眺。
高天寥廓，萬家蕭疏，纖雲不起，寒光皎如，我競忘眠，月如欲語，劃然長嘯，翩翩曩舉。
在紗帽峰前明月台之上，現築有六角形的水泥亭一座，名“待月亭”，是章炳文所題，紅楹黑瓦，供遊人休憩。在紗帽峰一帶，石窟羅列，猶如蜂房燕窩，頗為壯觀。深秋時節，三五佳朋結伴來遊，品酒賞月，其樂融融。若興致所至，不妨攀石而上，至暢觀亭，則別有妙趣。