盡管如此，江河源區人民長期以來為了建設生態環境，保證中下遊地區的生態安全，已經做出了相當大的犧牲，當地政府和人民的經濟利益承受了巨大損失。如位於長江和黃河源區的曲麻萊縣從1982年~1990年間僅圍欄草場建設牧民就自籌資金800餘萬元，1990年~2000年人工圍欄封育草場建設牧民自籌資金2400多萬元，全縣牧民人均負債達1300餘元。今天有些地方雖然發現了豐富的金礦資源，盛產冬蟲夏草等名貴中藥材，但為了使江河源區生態環境免遭進一步的破壞，確保中下遊地區的生態環境安全，寧願犧牲地方和群眾的經濟利益，讓資源白白地躺在地下不去開采，收到了保護環境而產生的明顯的生態效益，但經濟卻更加困難。
生態經濟學原理告訴我們，一個流域的上、中、下遊是緊密聯係、相互作用的有機整體，一個不斷運動、變化和演替的生態經濟係統，上中下遊任一部分的變化都將引起其他部分的響應，最終導致整個係統的變化；係統整體功能的好壞並不取決於上、中、下遊部分的簡單相加，而是取決於各部分相互關係協調的狀態或水平。因此，一個流域上、中、下遊地區之間在資源開發、環境保護以及社會經濟發展等方麵必須統一籌劃、相互協調、相互促進，以實現全流域資源、環境與社會、經濟的可持續發展。
按照產權經濟學、製度經濟學和環境經濟學原理，河流是全流域人民的公共財產，大家共同享有對該河流的利用、保護的權利和責任。我國長期實行按行政區劃組織流域經濟，調配流域資源。這種做法分割了上、中、下遊流域生態經濟係統之間密切的相互聯係和有機整體性，違背了客觀規律，上、中、下遊各自為政，搶占資源、破壞環境的事件經常發生，流域生態經濟係統陷入了惡性循環的不良狀態，人們也為此付出了沉重的代價。因此，江河源保護不僅是上遊的事情，也是中下遊的事情。據此，要建立上中下遊利益共享、責任共擔的補償機製，實行全流域統一的利用、保護和管理。有關部門要盡快製訂流域上中下遊利益補償、責任共擔的政策和法規，促使江河源區生態保護事業的良性發展，以及全流域的可持續發展。發達國家如美國在田納西河流域對資源開發和生態環境進行統一管理方麵取得了成功，值得我們學習。
建議中央和地方政府在積極借鑒國外發達國家經驗的基礎上，徹底轉變觀念，擯棄傳統的計劃管理模式，按流域配置資源，組織生態環境建設，盡快建立符合中國國情的上、中、下遊利益共享、責任共擔的補償機製，組建權威性的全流域統一的資源配置與環境利用、保護和管理機構，綜合協調、處理全流域資源開發與保護及環境治理和管理事宜；有關部門要及早製訂科學的全流域上、中、下遊利益補償、責任共擔的定量核算方法；財稅部門應研製出一套切實可行的上、中、下遊利益補償的財政轉移支付方案、操作規程和配套政策；全國人大要製訂促進流域上、中、下遊利益補償、協調發展的法律法規，把全流域資源開發、生態環境建設和管理納人法製化軌道，從法律上保障江河源區生態環境保護事業的良性發展，以及全流域的可持續發展。