三江源地區具有獨特的高寒生態係統和原始的自然環境，具有一定的自然性、完整性和特殊性。不僅是進行生物學、自然地理學、地層學、水文學、氣象學、森林學、冰川凍土等多學科研究的基地，也是普及自然科學知識、科學考察、科學探險以及進行環境教育的課堂和天然實驗室。要建立健全科學研究和技術推廣隊伍，培養科研骨幹力量和學科帶頭人。加強與國內外有關科研機構和組織的橫向聯係，開展廣泛的科技合作和交流，也可以實行客座研究製度，吸引國內外大專院校科研機構的專家、教授和科研人員來保護區開展科學研究。同時，加強科技成果的轉化和推廣，促進生態環境建設及當地社會經濟的發展。
3.5加強林、草等生態環境建設，防止水土流失
植被恢複是生態環境建設的主要措施，也是自然保護區建設的主要內容之一。要根據區域自然條件的差異，因地製宜，分類指導，進行樹種、草種種植適宜性的科學試驗，再逐步推廣，而絕不能搞“一刀切”。通過人工造林、種草、封沙育林（草）等措施，恢複植被，提高森林、灌木、草地生態功能等手段，有效地防止土地沙漠化，進一步防止水土流失。
3.6加強鼠害治理，促進草場生態係統的恢複
由於民族習慣和宗教信仰的原因，藏族人民有不殺生的傳統，對於大麵積草場的鼠害治理工作不夠積極。而草場鼠害治理是恢複草原生態係統工程的一項重要內容，同時也關係到廣大牧民生活水平的改善和提高，需要廣大牧民的理解、支持和參與。因此，當務之急是在尊重藏族人民的宗教信仰的前提下，切實做好宣傳和科學普及工作，使更多的人參與草原鼠害的治理。
在鼠害治理的指導思想上，過去一味強調鼠類的有害方麵，以“消滅”作為工作的最終目標。而鼠類隻有在與人類的生活或生產發生關係時才有益害之分，是相對的。任何物種的存在必然有其存在的根據，鼠類是生態係統中的初級消費者，在物質循環、能量流動中起著重要的作用。前麵所講的高原鼠兔雖危害草場，但它們喜食毒草豆，在草原土壤板結地區，雨水不能下滲，而鼠兔、鼢鼠的挖掘活動可使下層土壤翻到地麵，加之鼠洞可以滲人雨水，又可通氣，對物質循環有益。另外，鼠類還是其它肉食性動物豐富的食物來源。因此從保護生物多樣性的角度講不應將其全部消滅。“治理”鼠害，將害鼠的數量控製在合理的範圍內。
生態係統是一有機整體，各個環節相輔相成，因此鼠害的發生有其先導因素，而這一因素正是人類過分的經濟活動。由於過去一味追求牲畜的存欄數、糧食的產童，過度放牧、濫墾濫開十分嚴重，造成草場退化，從而引起草地生態係統功能失調，抵禦鼠害的能力降低。因此，要從根本上防治鼠害，需要使牧民們轉變觀念，製止過度放牧以及濫墾濫開，保護草場，不給鼠類以肆虐的機會。
采用先進技術發展完善鼠害監測預報水平，加大基礎設施建設，改善工作條件，加快人員培訓，不斷提高測報水平以防患於未然。
3.7實施三江源地區社會綜合治理工程，促進人與自然協調發展
國家有關部門應該以三江源自然保護區建設工程為龍頭，與國家林業局聯手協作，依托地方政府，實施一係列社會綜合治理工程，如公共基礎設施建設工程、掃盲工程、現代科技知識普及工程、愛國主義教育工程、大眾信息工程等。通過民族地區社會主義精神文明建設，促進人與自然協調發展。
3.8建立上中下遊利益補償機製，促進江河源區生態保護事業的良性發展
生態環境建設屬於社會公益事業，需要大量的資金投人保障。應當主要由政府投資。但在社會主義市場經濟條件下，我國投資主體已經多元化。中央政府掌握的資金十分有限，僅靠國家投資顯然不夠；就地方政府來看，三江源地區屬於高寒缺氧、條件嚴酷的少數民族地區，靠天放牧的高寒草地畜牧業是地區經濟的支柱產業（過去個別地區或以采金業或以挖冬蟲夏草為地方經濟的絕對支柱，分別可占財政收人的70%~80%，現在搞生態環境建設，國家禁止濫挖亂采黃金和冬蟲夏草資源，地方財政收人失去支柱，經濟難以為繼），社會經濟非常落後，人民生活十分貧困，交通、通訊、電力等基礎設施嚴重不足，地方財政極其困難。因此，地方政府和個人能夠投人生態環境建設的資金也很有限。