2.4冰川退縮、湖泊萎縮、地下水位下降、濕地退化，自然災害逐年增多
全球氣候變幹，加之不合理的人類活動造成環境退化。三江源的冰雪、湖泊及沼澤地均為江河的重要補給源和水源涵養區。這裏的冰川主要分布在唐古拉山北坡，最近研究發現這裏的冰川均呈不同程度的退縮。各拉丹東的1970年至1990年的20年中，冰舌末端至少後退了500米，年均後退高達25米。三江河源地區湖泊廣布，眾多湖泊出現麵積縮小，湖水鹹化、內流化和鹽堿化。湖水呈現鹹化；莫錯湖水現已減少了二分之一。瑪多縣原有4000多個大小湖泊，幹涸了2000多個，現有湖泊的水位下降明顯，僅鄂陵湖、紮陵湖水位下降2米以上。長江河源地區地下水位明顯下降。如曲麻萊縣縣城原有的117眼水井已幹涸眼，嚴重影響了全縣人、畜飲水問題。
二江河源地區是青藏高原沼澤濕地主要分布區，近年來沼澤低濕草甸植被向中旱生高原植被演變，大片沼澤濕地消失，泥炭地幹燥並裸露，導致沼澤濕地水源涵養功能的降低。
在林草植被遭到嚴重破壞，生態也嚴重失衡的同時，三江源地區氣候反常，自然災害加劇，冰雹、霜凍、幹旱、洪澇、沙塵暴、雪災等災害次數有增無減，玉樹藏族自治州雪災更是連年發生，給畜牧業發展和人民生活造成很大損失。防災抗災能力低下。西北地區幹旱缺水，是區域社會經濟發展的最大限製性因子。
2.5生態係統處於惡性循環狀態
三江源地區由於長期超載過牧，尤其是綿羊具有高度的選擇性采食習性，加上較高的放牧強度，使群落中優良牧草的比例逐漸減少，而劣質草甚至有毒有害植物將大量侵人。據中國科學院海北高寒草甸生態係統站長期放牧試驗表明，重牧組因牲畜過度啃食和踐踏，優良牧草比例大幅度下降，地上地下生物量也隨放牧強度的增大而線性下降，與適度放牧相比，冬春草場地上地下生物量分別下降而夏秋草場相應地分別下降了54%左右。隨著植物草層低矮，生物量降低，放牧綿羊的體重也隨放牧強度的增大而小型化，與適牧相比，過牧綿羊體重下降了更多。與此同時，由於長期踐踏，使土壤板結，表麵硬度增加2~3倍，土壤有機質和全氮含量下降了50%，沙粒含量增加了50%以上，因而造成土壤導水率降低，而加劇了水土流失和沙化。因而草場的退化實際上是植被土壤係統的退化；不合理的人類活動打破了生態平衡，食物鏈遭到破壞，如近些年草原鼠類的天敵鷹和黃鼠狼等被不法分子獵殺或被滅鼠藥毒死，鼠類種群急劇擴張，鼠害加劇，對草場資源造成了嚴重破壞；草場植被下降一方麵為鼠類提供了良好的生存環境，促進了鼠害發生；另一方麵又導致土地沙化和水土流失。環境退化又促使氣候幹旱和蒸發量的上升。進而反過來又加劇草場退化，如此又開始新一輪環境退化循環。
2.6社會經濟發展嚴重滯後，牧民生活困難，是生態環境保護和治理的重要障礙，加速社會經濟發展是解決環境問題的根本途徑，必須在三江源保護區建設中高度重視。
2.6.1三江源地區處於農牧業社會發展階段，社會經濟十分落後，相當數最的牧民過著靠天放牧的遊牧生活。
二江源地區曆史上長期受農奴製的束縛，社會經濟分落後。建國後中央政府采取多項有利措施，從根本上解放了廣大牧民，牧民生活發生了天翻地覆的巨變。但由於自然環境嚴酷，生產生活成本極高；全區處於工業化以前的農牧業社會經濟發展階段；地方政府財力不足，有些地區甚至吃飯財政都不夠；人均國民收人偏低、物價相對偏高、購買力偏弱，牧民生活水平較低。玉樹州有6個縣，除州府所在地玉樹縣外，其它5個縣均為國定貧困縣，多數牧民過著靠天放牧的生活，與內地的發展差距較大；教育發展嚴重滯後，牧民子女人學率極低，小學以上文化程度的人口比例極少。懂漢語識漢字的牧民幾乎沒有，普三、普四關還未過。加快三江源地區社會經濟發展，提高牧民生活水平，具有重要的戰略意義。
2.6.2草場退化導致生態“難民”不斷增多，危及牧民生存，影響社會安定和民族團結。
近年來日趨嚴重的草場退化使牛羊無草可吃，冬夏草場混牧，更加速場退化。各種自然災害頻繁，這使長期生活在髙原地區，祖祖輩輩靠放牧為生的藏族牧民在失去優良草場後無法搞替代產業，生活十分困難。一些牧民背井離鄉，趕著牲畜到處流浪，形成所謂的“生態難民”。因此就形成了民族地區社會不穩定的巨大“隱患”，將會影響社會安定和民族團結，這一點必須引起各級政府的高度重視。
2.6.3牧民居住極為分散，牧區聚落建設不合理，城鎮化水平低，影響牧區社會公共服務設施建設和牧民生活水平的提高；過於分散的牧民聚落和放牧形式對生態環境造成過大壓力，對草場破壞力強。
三江源地區由於受環境製約，牧民居住十分分散，曲瑪萊縣瑪多鄉牧民居住最遠的郭楊村遠離鄉政府200公裏。分散的牧民聚落很難形成社會群落，社會服務和公共福利事業難以發展，牧民生活水平提高緩慢。另一方麵，過於分散的居住方式，使大量的牲畜分散在大麵積生態環境極為脆弱的區域，造成生態環境不斷退化。
2.6.4草場承包到戶的生產方式、掠奪性放牧加劇場資源和生態環境的破壞，不利於草場資源的可持續利用和區域可持續發展。
在計劃經濟時期，牧區實行的是集體從事牧業生產的方式。由於牧區麵積廣闊，對於不同類型和質量的草場，需要輪牧、遊牧，以免過度放牧引起草場退化。但這需要一定的勞動力參與，而且集體中各成員必須分工協作，共同完成牧業經營活動。但是，實行生產責任製後，以牧民家庭為單位劃分牧業資源，牧群和草場包產到戶，隻適合於遊牧和輪牧的大麵積天然草場被分割成一家一戶的小塊草地。這種經營方式的變革導致兩個結果。
一是家庭牧戶草場使用權屬的界限徹底限製了牧民根據草場自然類型和質量以及草場載畜量進行科學合理的輪牧和遊牧；二是牧業生產單元由集體變為單個牧戶，由於家庭勞動力限製（每個牧戶中青壯年勞動力最多3~4個），而無力在家庭草場上進行輪牧，許多牧戶依靠兒童在定居點附近放牧牲畜，不分冬夏草場和不同質量的草場之別，長期固定放牧，導致單位草場載畜壓力過大。這兩種情況的後果就是不斷加劇的超載過牧、日趨加速的草場退化和整個生態環境的惡性循環。因此，在現行生產方式下，進行牧業生產方式的改革，在牧戶中間實行多種方式的互助合作經營，如搞股份合作，或使草場使用權向牧業經營能手有償轉讓，以促進草地生態係統的恢複和重建，實現草場資源的可持續利用。
2.6.5公共基礎設施嚴重不足，教育、科技、醫療等公益性事業落後，製約丫區域社會經濟和生態環境的可持續發展。
三江源地區交通、通訊、電力、醫療衛生、文化、教育、科技等基礎設施非常落後，缺電、缺水、缺路、缺能源以及缺醫少藥狀況普遍存在。交通道路少，通訊設施奇缺，在生態環境嚴酷的三江源地區，更加劇了區域聯係的困難和信息的閉塞。土地麵積相當於山東、江蘇二省之和的玉樹州沒有鐵路，僅有一條與省會西寧市聯係的幹線公路，沿途海拔高，環境複雜多變，必須翻越巴顏卡拉山脈和季節性凍融區，影響道路暢通，正常情況下由玉樹到西寧需要2天。原有的巴塘軍用機場，現已停用。許多縣鄉缺乏必需的通訊設施，不少鄉政府與縣政府之間連電話或電報都不通。因此，本區域內外聯係極不方便。
缺電、缺能源，一方麵使信息流受阻，如許多牧民連電視也看不上，就很難與外麵的現代社會交流；另一方麵牧民生活和生產活動沒有現代能源的支撐，隻能延續傳統落後的燒牛糞、砍灌木、挖草根來維持，這就形成了活動對生態環境連續不斷的破壞，以及由此產生的生態係統的惡性循環。牧民分散的居住方式不利於集中辦教育，許多孩子從小就幫助大人放牧，有些孩子長大還不識字，人門中文苢、半文盲人口比例高。教育和文化的落後嚴重製約著牧區社會進步和經濟發展。同時科技事業極其落後，牧民從事的經營活動很難依靠科技進步，牧民行為選擇的科學性低，如修建道路時不合理行為造成草場資源嚴重破壞的現象隨處可見。因此，很難使區域的社會經濟活動建立在科學合理的基礎上。