1.2世界上海拔最高、麵積最大、生物多樣性最集中的高山草甸及濕地自然保護
三江源是高海拔地區麵積最大、珍稀高原物種最豐富的自然保護區，也是保護對象較多的保護區。許多野生動植物屬於世界獨有，堪稱高原野生動植物物種“基因庫”，是人類寶貴的自然財富。因此，保護三江源對於全球生物多樣性保護具有重要意義。
1.3建立三江源自然保護區是一項刻不容緩的戰略任務
三江源地區麵臨著十分緊迫的生態環境保護的形勢，從減輕我國江河中下遊地區生態環境危機，搶救性地保護珍稀瀕危野生動物物種來看，建立三江源自然保護區是一項刻不容緩的戰略任務。
1.4建立三江源自然保護區是西部大開發生態環境建設的戰略突破點
三江源地區自然環境嚴酷，生態危機深重，社會經濟落後，人民生活貧困。在目前國家推進西部大開發戰略的大背景下，建立三江源地區應當作為西部大開發中重點整治、保護、開發和建設的戰略重點區域，也是西部大開發生態環境建設的戰略突破點。
1.5三江源區域生態、經濟和社會問題相互交織，互為因果，自然保護區的建設必須與區域社會經濟發展緊密結合起來
三江源地區的特殊性還在於區域生態、經濟和社會問題相互交織，互為因果，資源開發、環境保護與社會經濟發展密切關聯、缺一不可。既要確保生態環境保護和建設，又要發展區域經濟，改善人民生活，促進民族地區社會進步。沒有當地人民生活水平的提髙，三江源保護區的管理和資源的保護以及生態環境的治理就難以落實，保護區也就難以為繼。可見二江源自然保護區建設和管理的難度相當大。因此，必須把三江源自然保護區的建設與發展區域經濟和改善3地牧民生活水平結合起來，采取“超常規”的管理模式和對策措施。
1.6建設難度大、投資多、周期氏，必須依靠全社會的力量三江源自然保護區的建設是一項功在千秋，造福人類的宏大工程，事關國家長遠戰略和全局性發展，投資多、周期長、建設難度大。單靠地方或閏家都難以承受，必須動員全社會的力量，發揮多方麵的積極性，才能完成。
2.三江源地區主要生態環境問題與症結分析
三江源地區堪稱“屮華水塔”和中華民族生命的“源泉”。近幾年來，由於全球氣候變暖，加之人類不合理的開發自然資源，如一拽地區超載過牧，掠奪性地利用草場資源，濫采亂挖黃金、冬蟲夏草和草被等資源，盜獵珍稀瀕危野生動物等不良行為，加速了三江源地區環境退化，導致了一係列不良後果。大麵積的草場退化，畜牧業水平降低，植被破壞，草場急劇下降，優良牧草減少，毒雜草增加，草原生產力下降（產草量下降，草場載畜量下降，單位牲畜質量下降）；鼠害肆虐，高原鼠兔、鼢鼠、田鼠數量多，危害大；滅鼠難度大；土地沙化和水土流失不斷加劇，麵積逐年擴大，沙塵暴天氣增多；水位下降，江河斷流，湖泊十枯，缺水嚴重；自然災害頻發，雪災、旱災、風沙等災害加劇，對人畜及社會經濟危害嚴重；防災抗災能力低下；生態係統處於惡性循環，生態危機嚴重，加強保護刻不容緩。
2.1掠奪性地開發資源，超載過牧、濫挖亂采黃金、蟲草和草被，加速了環境退化，生態惡化形勢十分嚴峻
全球氣候變暖對於幹旱缺水的西北地區來說，無疑是雪上加霜。而人類對生態環境施加的不合理幹預則是近幾年來二江源地環境急劇退化的重要原。通過對治多縣32年的降水和氣溫變化資料分析表明，自90年代以來，由於出現了較明敁的增溫減水現象，使大氣幹旱加重，空氣中相對濕度呈明顯的波動減少趨勢，因而造成了該地區的氣候幹旱化，小利於該地區草原生態係統生產力的提高和維持。同時，由於自1962年到1999年人口增加了3倍，家畜數量最大值為最低值的4倍，因而每個占有可利用草場叢1953年的35.3畝降低到1994年的16.8畝，使成倍增加，從而直接導致了部分草地生產力水平嚴重下降，與60年代相比，平均產草量降低了50%以上，而有毒有害類雜草增加了20%~30%，到目前為止，約有1/3以上的草場處於不同程度的退化狀態，約有15萬畝的天然草場已經荒漠化或沙化。
從氣候變化對草原植被的影響程度，除了溫度和降水同時升高有利於植物生長外，其它情況不利於植物生長。因此總體上認為，氣候變化對草原植被的影響是長期的、緩慢的、大麵積的，如果沒有過牧的影響，在短期內很難造成大麵積的草原退化。更何況在80年代中期該地區就有20%左右的草地處於不同程度的退化了：從考察的結果看，現在1/3左右的退化草場主要分布在水邊、河岸附近、灘地、居民點周圍即冬季草場，是局部的退化，牧草利用率較低，因而保持相對良好狀態。由此可以看出，近些年已經退化了的草地，其主要退化原因是過造成的。因此在已經退化了的草地上，超載過牧是造成環境退化的主要原因。但氣候的幹旱化影響長周期環境變化態勢，過牧對草場的影響，二者的效應疊加，推波助瀾，加速了生態環境的退化。同時，由於氣候的幹旱可能導致高寒草甸麵積的縮小，使高寒草原及荒漠草原的麵積有所擴大的趨勢，從而導致該地區草原總生產力的下降。
長期以來，許多牧區以單純追求牲畜頭數為主要目標，不顧草場載畜量，造成嚴重的超載過牧，導致草場退化，環境遭到破壞。瑪多縣70年代號稱“全國首富縣”，人均牲畜頭數曾經超過100%。超載過牧的結果是草場退化和牲畜頭數大減，目前該縣已經淪為全國有名的貧困縣。
一些地區濫挖亂采黃金，不僅破壞了黃金資源，更為嚴重的後果是嚴重毀壞草場資源，破壞了生態係統的良性循環，導致土地沙化和水土流失。如黃河流經的第一縣多縣1980年~1994年，全縣非法采金流失沙金2.8噸，破壞植被（草地）麵積320萬畝，野生動物數量減少31水土流失和荒漠化演替進程加快。
2.2草場退化，鼠害肆虐，畜牧業水平降低
不合理的牧業活動，造成草場率急劇下降，天然草場正在迅速退化，優良牧草減少，毒雜草增加，草原生產力下降（產草）被下降，草場載畜量下降，單位牲畜質雖下降而鼠害肆虐，高原鼠兔、鼢鼠、田鼠數蛍急劇增多，危害加大，滅鼠難度大，投入不足。有些原本豐美的草場變為寸草不生的黑土灘。據達日縣“黑土灘”的調查，每公頃麵積上鼠兔的平均洞口數為4168個，有效洞口數為1167個公頃，賦兔密度高達374隻每公頃。由於近年來鼠害發生的周期縮短、規模擴大，對本已惡化的高原生態係統無疑是雪上加霜，嚴重威脅著畜牧業生產和當地牧民的生活。據統計，在黃河源區有50%多的黑土型退化草場是因鼠害所致。如治多縣由於牧業壓力的增大，直接導致部分草場生產力的嚴重下降，與60年代相比，平均產草減少了50%，而有毒存雜草增加了20%~30%到目前為止，約有1/3以上的天然草場處於不同程度的退化狀況，約有15萬畝的天然草場已經荒漠化或沙化。達日縣由於過牧、濫牧，隻講索取，忽視投人，片麵追求牲畜存欄數，草原建設投入嚴重不足，高寒草地生態平衡失調，造成大麵積草地退化，昔日水草豐美的冬春草場變為寸草不生的“黑土灘”，全縣“黑土灘”麵積達862.5萬畝，鼠害麵積1084萬畝。
2.3水土流失，土地沙化，荒漠化麵積逐年增多
三江源地區由於自然和人為雙重原因，水土流失和沙化十分普遍，水土流失和沙化麵積逐年增多，不僅使當地生態環境惡化，而且危及著中下遊地區生態環境安全。據初步統計，三江源地區荒漠化土地麵積達252.8萬公頃，主要分布於曲麻萊縣和治多兩縣境內的通天河階地及楚瑪爾河灘地，在玉樹縣、稱多縣和唐古拉山鄉也有分布。尤以曲瑪萊、瑪多兩縣最為嚴重，沙化麵積分別達146.6萬公頃和46.2萬公頃。長江河源地區土地沙漠化的原因除自然因素和過度放牧、鼠蟲害嚴重外，濫采亂挖也是造成土地沙漠化的重要原因，特別是曲麻萊縣、稱多縣境內，無計劃地大量開采沙金，造成了嚴重的土地退化、草場沙化。麻萊縣就有333.3平方公裏的草場植被完全破壞，形成沙化土地，並為周邊地區土地沙漠化提供了大量沙源物質，在這一地區到處是一堆大小成群的沙礫堆，在本已嚴酷的自然環境中，遭到如此嚴重破壞的生態環境數十年乃至上百年都難恢複到原有水平。