黑猩猩和倭黑猩猩在社會關係方麵存在著顯著的差異。黑猩猩的社會是一種雄性聯結的社會，雄性黑猩猩主要與其他雄性發生關聯。最主要的關聯是統治關係，這可以導致統治層級的出現，盡管在擁有許多雄性的群落中，這種統治層級並不明顯。它們為爭奪最高的統治層級而進行的競爭通常是驚人的，不過雄性也有許多友好的互動。它們之間的梳毛活動十分普遍，而且它們互相梳毛的頻率比與雌性相互梳毛的頻率或雌性之間相互梳毛的頻率都要高。某些雄性會組成聯盟，以對抗那些爭奪層級的雄性，而且雄性的首領可能就是依靠盟友的支持而獲得自己的地位的。雌性不會常規地與其他雌性或特定的雄性發展強力的社會聯結。某些雌性占有統治的地位，但它們並不形成統治層級。所有雄性對於所有的雌性都是占據支配地位的。
與黑猩猩相比，倭黑猩猩中的雌性會更多地進行互相聯係並建立強力的社會聯結，盡管它們之間通常不是很近的親戚。梳毛活動在某些雌性之間是很平常的事情，而且通常還會在一起摩擦它們的生殖器以減輕壓力和維持相互接納的關係。雌性有時會組成聯盟對抗雄性並使雄性表現得順從，而且雄性在進食時通常也會服從於雌性，而不是試圖占領進食地或搶奪食物。當雌性倭黑猩猩的成年雄性後代與其他雄性競爭時，它們會支援自己的後代並對其社會層級產生影響；在野外，雌性黑猩猩則不會影響到雄性之間的競爭。雄性倭黑猩猩也經常相互梳毛，但是雄性倭黑猩猩明顯不會像黑猩猩一樣組成聯盟。
雄性黑猩猩在群落之間的爭鬥中也會相互合作，這其中有兩種形式。當來自兩個鄰近群落的群體在普通活動中相遇時，它們通常表現得很興奮，而且還會相互追逐，但如果一方的數量明顯少於另一方時，它們會悄悄地逃走。有的時候，雄性在邊界地區巡邏時甚至會入侵鄰居的領地。巡邏者十分安靜、機警，並時刻尋找著鄰居。如果它們聽見或遇到某些鄰居，它們會很大程度上根據數量對比做出反應：如果它們的數量明顯處於劣勢的話，它們會悄悄地離開，甚至逃離；如果它們的數量遠遠多於對手，它們就會發動攻擊。這種攻擊十分猛烈，甚至可能是致命的，人們就已知它們殺死過成年雄性、幼仔，甚至是未生育的成年雌性。
在哺乳動物中，由雄性聯盟發起的致命攻擊並不常見，在靈長類中，這隻發生在黑猩猩和人類中。為什麼這會發生在黑猩猩中，原因還不完全清楚，可能群落之間的競爭勝利會使雄性獲得更多接近雌性的機會，但也有可能是為了讓群體中的雌性更容易地獲得更多、更好的食物，由此增加它們繁殖的成功率，這也很重要。巡邏和成功的地盤防衛也有助於保護雌性不受外來雄性“殺嬰”
的威脅。
當來自鄰近群落的倭黑猩猩群體相遇時，它們也會相互展示並追逐。有時相遇者卻很平靜，而且邊界的巡邏和嚴重的攻擊從來沒有出現過。這種與黑猩猩的差異最可能來自下麵的事實：倭黑猩猩通常以大群體行動，所以群體之間由於實力懸殊而進行危險性攻擊的機會十分少有。
黑猩猩的交配行為很複雜，而且變化也很多。它們大部分的交配行為都是機會主義的：發情期的雌性會和群落中的大部分或所有的成年雄性交配，而且還經常與未成年雄性交配。與許多雄性交配或許能夠搞混“父子”關係，從而防止雄性的“殺嬰行為”。然而，在雌性接近它的發情期尾聲並增大排卵(通常在它們的性膨脹部位縮小之後的1~3天)可能性的時候，高層級的雄性有時會保護它們並防止它們與其他雄性交配。壟斷交配的意圖會引發相當大的侵犯行為，這些行為主要是指向雌性的。交配成功率與雄性的統治層級有正向的相關，而且高等級似乎能夠帶來某些關於繁殖方麵的優勢，但我們目前對它們的“父子”關係了解很少。有時候，雄性能夠“說服”一隻雌性和它做伴(一種臨時的殷勤關係)，期間它們會試圖避開其他雄性並待在一起數周。黑猩猩的懷孕期持續7.5個月左右。一旦雌性懷孕，隻要它的幼仔存活下來，它們在4年甚至更久的時間內都不會恢複常規的發情周期。
倭黑猩猩的發情期比黑猩猩的長，它們更有可能在懷孕期顯示出類似發情的行為，而且它們在分娩後1年之內生殖區就開始膨脹。因此，與黑猩猩相比，倭黑猩猩的性行為與受孕的關係要小一些，這也有助於解釋為什麼倭黑猩猩中不會出現交配保護行為或“殺嬰行為”。倭黑猩猩的性行為比黑猩猩較為常見，而且具備許多社會功能，它們通常在衝突之後或分享食物的時候相互摩擦生殖器或進行交配。