1995年以色列軍隊撤出加沙和約旦河西岸，巴解組織宣布成立巴勒斯坦自治政府。但巴勒斯坦自治政府成立後，結果正如以色列所預料，作為外來戶的巴解組織根本控製不了以色列境內的巴勒斯坦人。以色列本指望巴勒斯坦自治區成立後，加沙地帶和約旦河西岸的治安會有所好轉，境內巴勒斯坦人反抗會有所減弱。而事實上巴勒斯坦自治政府成立後，加沙地帶和約旦河西岸的治安不但沒有好轉，反而日益惡化。巴勒斯坦的反以情緒不但沒有減弱，反而進一步高漲。自治政府主席阿拉法特的政令形同虛設，恐怖主義事件層出不窮。以色列不得不違背自治協議，多次出兵巴勒斯坦自治區，解決恐怖主義問題。
美國支持巴解組織掌權，不過是因為巴解組織聽美國的話。但美國也應該意識到頑固支持一個沒有民意的傀儡政府，對中東和平隻會帶來負麵影響。另一方麵，以色列國內對和平解決巴勒斯坦的問題也爭論不休。鴿派認為巴勒斯坦問題還有按照“人民內部矛盾”處理的可能，隻要以色列放棄一部分占領土地，允許巴勒斯坦人自治和成立自己的國家，以色列就能與巴勒斯坦人以及周邊阿拉伯國家和平共處；而鷹派則認為巴勒斯坦人對猶太人的仇恨已根深蒂固，隻能按照“敵我矛盾”處理，靠武力最終解決巴勒斯坦問題。因此鷹派反對“土地換和平”，認為以色列即使讓出土地，也不會換來和平。1995年11月，主張“土地換和平”的以色列首相拉賓被國內的右翼分子暗殺，以色列的鷹派勢力漸占上風。
1995年加沙和約旦河西岸的巴勒斯坦自治政府成立後，哈馬斯等巴勒斯坦強硬派勢力有了公開活動的場所，而巴解組織主席阿拉法特又控製不了這些組織，所以在自治區內巴勒斯坦強硬派的勢力急速發展。1996年開始，巴勒斯坦強硬派發起了一種新型攻勢，即自爆型恐怖活動。自爆型恐怖活動不需高精度定時炸彈等先進武器，隻要有不怕死的人，背上簡易的炸藥包到公共汽車等公共場所拉響炸彈，就可造成重大的傷亡事件。1996年2月，以色列境內首次發生自爆型恐怖行動，造成數十名以色列平民死亡。此後自爆型恐怖行動成為巴勒斯坦抵抗組織的主要戰鬥方式，巴以衝突又進入一個新的階段。由於搞自爆的恐怖主義分子都是以色列國籍的巴勒斯坦人，以色列無法像對付境外巴勒斯坦難民那樣簡單地將他們驅逐出境。從1997年到2002年，以色列境內發生了數十起針對以色列平民的自爆事件，造成數百名以色列人死亡。僅以2002年為例，以色列境內已發生5起自爆恐怖事件：5月18日，以色列一個商業中心的自爆事件造成5人死亡；6月1日，以色列一個夜間俱樂部的自爆事件造成21人死亡；8月9日，耶路撒冷中部的自爆事件造成15人死亡；12月1日，西耶路撒冷的繁華街又發生了兩起自爆恐怖事件，造成25人死亡。
在美國打出反恐怖大旗後，以色列放手出動飛機導彈襲擊巴勒斯坦自治區進行報複。按照美國總統布什的理論：“支持和支援恐怖主義活動的國家和組織，與恐怖主義分子同罪”。根據這個理論，以色列總理沙龍同年12月3日宣布：阿拉法特的自治政府為恐怖主義支援組織，揚言要解散巴勒斯坦自治政府，驅逐阿拉法特。阿拉法特和他的巴勒斯坦自治政府放任激進恐怖主義組織的活動，因此在事實上間接支援了恐怖主義活動。12月4日，記者向美國政府發言人提問：“塔利班的奧馬爾和阿拉法特有什麼不同？”美國人感到尷尬。
針對以色列的報複，美國發言人說：“以色列有自衛的權利。”但12月4日的聯合國大會，譴責了以色列對巴勒斯坦的政策，並對關於巴勒斯坦問題的6項決議進行了表決，每項決議都獲得了100多票的壓倒性支持，反對的隻有以色列和美國等極少數國家。聯合國為什麼要譴責以色列？為什麼絕大多數國家不同情以色列的反恐怖主義自衛？這是因為以色列是侵略者。加沙地帶和約旦河西岸等地區，是以色列侵占巴勒斯坦的土地，聯合國從沒有承認過以色列對這些占領地區的主權，連美國也沒有承認過以色列對占領地區擁有主權。武力侵占別人的土地，必然要得到武力反抗的回報。在侵占別人的土地上搞“反恐怖主義”，怎麼會得到國際社會的同情？