除了表麵的領土問題外，兩伊戰爭的爆發還有內部的深刻原因。伊朗與伊拉克雖然都信仰伊斯蘭教，但兩國的民族不同，伊朗屬波斯民族，講波斯語；而伊拉克屬阿拉伯民族，講阿拉伯語。另外兩國領導人的政治理念不同：伊朗領袖霍梅尼持複古的伊斯蘭原教旨主義；伊拉克總統侯賽因是阿拉伯社會複興黨人，持近代的泛阿拉伯主義。霍梅尼上台後，公開揚言要對外輸出“伊斯蘭革命”，建立政教合一的宗教國家。侯賽因的伊拉克政府則是遠離宗教的政教分離國家，不能容忍在伊拉克建立政教合一的宗教政府。
由於伊拉克是伊朗的近鄰，伊朗伊斯蘭革命輸出的首當其衝就是伊拉克。因此侯賽因想趁火打劫，趁伊朗新政權還沒有站穩腳跟，出兵推翻霍梅尼政權。同時侯賽因也想通過打敗伊朗來樹立他在阿拉伯國家的威信，接替埃及作阿拉伯聯盟的盟主。但侯賽因的計劃失誤，伊朗雖然失去了美國的支持，但伊朗軍隊仍有強大的戰鬥力，伊拉克的進攻受到頑強抵抗，兩伊戰爭進入相持局麵。以色列也利用伊拉克忙於兩伊戰爭之際趁火打劫，1981年6月，以色列突然出動飛機炸毀了法國援助伊拉克建造的核電站，以色列認為該核電站有可能被伊拉克用來製造核武器。
兩伊戰爭中，除了敘利亞和利比亞這樣的革命國家支持伊朗外，多數阿拉伯王製國家害怕伊朗的革命輸出，希望伊拉克成為伊斯蘭革命的防波堤，所以支持侯賽因，向伊拉克提供經濟援助。美國因為與伊朗惡交，也支持侯賽因，向伊拉克提供軍事援助。伊拉克在兩伊戰爭中有較多的國際支持。
1987年7月聯合國安理會通過598號決議，要求兩伊立即無條件停戰。伊拉克當即宣布接受這項決議，但伊朗拒絕接受，兩伊戰爭繼續進行。此後，兩伊戰爭的戰場從兩國邊境地區的陣地戰轉變為“襲城戰”，雙方使用大量導彈襲擊對方的城鎮、石油設施和港灣設備。“襲城戰”搞得雙方損失慘重，不得不坐下來停火談判。1988年8月，兩伊戰爭在稍利於伊拉克的情況下停戰。此後伊拉克以“伊斯蘭革命的防波堤”的名義，接受歐美國家的援助，逐漸成為中東新興的軍事大國，這是後來海灣戰爭的原因。
兩伊戰爭雖然減緩了伊斯蘭革命對阿拉伯世界的衝擊，但也造成了阿拉伯國家的分裂。敘利亞和利比亞支持伊朗，不僅伊拉克與他們斷交，其它中東國家也與他們的關係急速冷卻。兩伊戰爭後，中東的幾個阿拉伯大國：埃及、伊拉克、敘利亞、約旦、利比亞等國之間，已是各念一本經，失去了互助協助的關係，納賽爾時代阿拉伯國家團結一致的形勢一去不複返。此後，約旦、敘利亞等國也出於本國利益，紛紛單獨與以色列交涉談判，局勢對以色列越來越有利。
1979年前蘇聯入侵阿富汗，使美國把注意力轉向抗衡前蘇聯的擴張威脅上，新上台的裏根總統一改卡特前總統的對蘇緩和政策，采取對蘇強硬立場，提出“星球大戰”等對抗前蘇聯的戰略計劃。前蘇聯入侵阿富汗後，美國對中東問題的關心程度大為降低，形勢對阿拉伯國家更為不利。另外前蘇聯入侵阿富汗後，與前蘇聯近鄰的阿拉伯國家也感到前蘇聯的威脅，聯美抗蘇的思想抬頭，阿拉伯人的反美思潮有所後退。
對於巴勒斯坦人來說，19世紀80年代是寒冷的年代。他們的阿拉伯兄弟們，正在淡忘“阿拉伯大義”，不再把解放巴勒斯坦當做他們的義務，巴勒斯坦問題已不再是整個阿拉伯世界的問題，而變成了單純巴勒斯坦人自己的問題。阿拉伯國家紛紛承認以色列，對巴勒斯坦解放組織的支持越來越少。第一個拋棄巴勒斯坦解放組織的阿拉伯國家是約旦。
在1967年第三次中東戰爭以前，約旦對巴解組織是支持的，不僅提供資金，還在約旦境內為巴解組織設置訓練基地。第三次中東戰爭後，約旦國王侯賽因看到以色列壓倒性的軍事力量，害怕巴解組織的活動造成以色列入侵約旦的借口，開始限製約旦境內巴解組織的活動，並請巴解組織自重。但巴解組織並不理會侯賽因國王的勸告，他們不僅在約旦與以色列的邊界附近展開遊擊戰，而且還在國際上頻繁製造恐怖主義活動。1970年，巴解組織劫持了四架西方客機到約旦著陸。在此情況下，侯賽因國王決定動用武力把巴解組織驅逐出境。1970年9月，約旦軍隊向境內的巴解組織發起進攻，將巴解組織趕出了約旦。
巴解組織被逐出約旦後，將活動基地轉移到黎巴嫩。黎巴嫩是一個人口隻有300萬左右的小國，但卻是基督教、伊斯蘭教信徒混住的多宗教國家（51%信奉伊斯蘭教，49%信奉基督教）。另外伊斯蘭教徒又分為遜尼派和什葉派，情況更加複雜。黎巴嫩的憲法規定：國家最重要職務的總統、總理和國會議長，分別由基督教徒、伊斯蘭教遜尼派教徒和伊斯蘭教什葉派教徒擔任，所以黎巴嫩政府是一個各派爭吵不休的軟弱政府。