朱元璋著急忙活地回到朝廷，馬上調發禁兵，逮捕胡惟庸，然後召見雲奇。沒想到此時雲奇已經氣絕，不能再做進一步的證明。雲奇一輩子默默無聞，在自己的太監位置上沒有什麼大的作為，臨死居然這麼轟轟烈烈，也值了！
那現在就要想一下，這個胡惟庸位高權重，為什麼還要謀逆呢？他已經做到了皇帝下邊第一把手的位置了，金銀財寶也摟了不少，自己也培養了不少的手下人，還有什麼不滿足的？但在史書上卻有這樣的說法：胡惟庸權力是越來越大了，但是逐漸驕恣不法。久而久之，野心漸漸敗露，他也知道自己壞事做了不少，擔心受到懲戒，於是天天晚上做惡夢，夢見皇上在抓自己，醒來就是一身冷汗。就在這時，他遠在定遠的老家井裏忽然長出了石筍，井水無緣無故噴出了數尺高，他家三代的祖墳上紅光衝天。他知道後覺得這是天降的吉兆，預兆他將大福大貴。於是，就轉動自己的花花腸子，有了非分之想。一次，他兒子在大街上下班高峰期，非要像二環十三郎似的，跑馬練自己的速度，結果正好堵車，他一著急，馬竄起來老高，踩死了人，這事被朱元璋知道後，直接惹怒了他，要將兒子治罪。胡惟庸感到，與其自己戰戰兢兢地等著皇帝懲罰，不如自己先下手為強。於是，胡惟庸就串通了一些人，圖謀造反。
後來的事，就比較順理成章了。老朱手裏有這麼多的禦林軍，還治不了一個小小的胡惟庸？胡惟庸就像小雞子一樣被抓住，然後被老朱處以極刑。朱元璋處死了胡惟庸，按說還可以選擇一個人做丞相，但朱元璋被胡惟庸傷透了心，決定從此不再設立丞相。可見，在朱元璋看來，不是丞相的人選有問題，而是設立丞相這一製度有問題。幹脆我不要了，看你還怎麼拆我的台？這無形中也成了老朱的一項專利，這在老朱的創造一章裏有明確的介紹。
胡惟庸死了，算是老朱為百姓除了一害，老百姓對這件事還是持讚同態度的比較多。但是如果非要給這件事抽絲剝繭的話，你會發現，胡惟庸死的其實有點不明不白。
《明史·胡惟庸傳》裏有句話清楚地記載著：“惟庸既死，其反狀猶未盡露。”意思是什麼？就是說，胡惟庸被處死的時候，他謀反的罪行還不清楚。胡惟庸的罪狀看來需要大家口口相傳，因為現在很多事傳出來的時候，第一個傳播的人說的是一集電視劇的內容，等到第五個人傳播的時候就可以擴充到十集電視劇的內容，人言可畏，眾口鑠金，不是一般的牛！老胡的故事也像神話傳說一樣，逐漸地被世人添枝加葉，越到後來越顯得完整。他的罪狀包括：謀刺徐達；毒死劉基；與李善長勾結往來謀逆；通倭（其實這一罪名是到了洪武十九年，即1386年，六年後才發現的），甚至派遣明州衛指揮林賢下海勾結日本，欲借兵為助；通蒙古（稱臣於元嗣君這一罪名，則是到了洪武二十三年，即1390年，十年後才發現的），派遣元故臣封績致書元嗣君稱臣，並約為外應，等等。但是經過史家考證，胡惟庸的上述罪狀多是捕風捉影的說詞。
胡惟庸的罪行一件一件被發現，已經是胡惟庸被處死很多年以後了，也就是說，當胡惟庸案發的時候，他並沒有正式的罪名。這樣的事聽來很是讓人費解，也不怪人家史學家會對此大肆研究一番。於是有好心善良也可能是閑的沒事幹的學者研究出了以下幾點疑問：比如，《明太祖實錄》詳細記載了胡惟庸案被處理的情況，但沒有關於胡家出醴泉而邀請朱元璋觀看的事，這不是朱元璋趕赴胡惟庸家的原因嗎？雲奇冒死劫皇帝的馬駕揭發胡惟庸，功勞很大，但是《明太祖實錄》中卻沒有記載。這不是很奇怪嗎？
晚明學者錢謙益就直接說：“雲奇的事，就是個野史，根本無從考證。”史家潘檉章更認為雲奇之事為“青天白日下說鬼，人家有點生活常識的就知道這是莫須有的事”。胡惟庸如果真要謀反，他在家裏埋伏刀兵，能讓人在城牆上輕易看見嗎？用腳趾頭都能想明白的事。幾百年以後，也就是到了現代，明史學家吳晗寫了一篇著名的文章叫《胡惟庸黨案考》，把胡惟庸的案子從頭到尾，細枝末節地全都分析了一遍，最後證明，胡惟庸案是一個冤案。
胡惟庸看來真的是死得很冤，但是當時他沒有罪名，又為什麼會被殺死呢？