朱亮祖的估計看來好像是對的，在他戰戰兢兢地觀察了很長一段時間內，發現朱元璋沒有任何反應，他終於安心了。但是就在他徹底安心了幾天之後，大理寺的官員手持朱元璋的手諭來抓他時，朱亮祖當時嘴巴張得能塞進去兩個大饅頭，堿麵的，手工的，相當實惠。他雖然手下有兵，但還沒有神經錯亂到敢於和朱元璋對抗。他知道那樣做估計會死得更慘。所以他十分老實地把自己的兵權交出，和大理寺的官員一起前往京城請罪。然而大理寺的官員坐在朱亮祖家的太師椅上，喝著茶，漫不經心地問了一句：“你兒子朱暹呢？”這下朱亮祖更傻了，現在後槽牙在眾人麵前一覽無餘，他頓時明白了這句話的含義。
朱亮祖再一次明白了朱元璋的人生哲學：要麼不做，要麼做絕——到底是什麼意思。
洪武十三年（公元1380年）九月初三，朱亮祖與其長子朱暹一起被押到了朱元璋的麵前，朱元璋沒有跟他多廢話，活動了一下手腕，充分發揮了自己動手，豐衣足食的精神，上來就用鞭子抽朱亮祖。侍衛們一看皇帝親自上陣，心想哪能讓皇上累著？於是紛紛表示要幫皇上的忙，在得到朱元璋默許後，就開始動手了。可憐了前兩天還活蹦亂跳的朱亮祖，與他的兒子朱暹就這樣被活活抽死了。
殺掉朱亮祖和朱暹後，老朱還不解氣，又下令將參與此事的惡霸全部殺死。他念朱亮祖有功，給他留了個全屍，但其他人就沒有這麼好的運氣了，朱暹等人的皮都被剝了下來，懸掛在鬧市，供眾人參觀，以為後世警戒。
朱元璋對這件事情的處理方法讓很多官員是膽戰心驚。朱亮祖死的可憐，但同時有個記錄是他無心插柳柳成蔭地打破的，那就是：他是第一個被當廷打死的大臣。
不過他並不是最後一個。自從朱亮祖開了這第一個頭之後，當廷打死大臣這一明朝獨特的現象就此延續了下去。終明一朝，很多直言大臣都被這種極端的刑罰打掉了性命。
此後，朱元璋對待貪官汙吏的態度越來越嚴厲，在這方麵，老朱有很多的發明創造，比方說，允許普通百姓隻要發現貪官汙吏，就可以把他們綁起來，送京治罪，而且在路上任何一個檢查站都不得阻攔，如果有人敢阻擋，不但要處死，還要株連九族！這在中國法製史上是絕無僅有的，是以往任何封建統治者想都不敢想的政策。
但是這一政策的操作性不強，老百姓在大部分時候都知道自己隻不過就是個雞蛋，拿自己撞花崗岩是在找死。
除了利用群眾檢舉揭發這條路徑，朱元璋肅貪的主要線索還是來源於他的耳目，也就是東廠西廠錦衣衛的特務組織。這些人遍布全國各地，穿著便衣，沒事人似的在街上閑逛，其實眼睛耳朵時刻在盯著看似可疑的人，那些貪官汙吏最好說話都在自家密室裏，還得明確跟自己說話的人不是什麼特務組織的人，否則一有什麼風吹草動，馬上就會飄到皇上耳朵裏。
朱元璋使用了這麼多的手段，自己也全力配合，按說貪汙行為應該絕跡，然而情況遠沒有他想象的那麼簡單。這也是一直使老朱浪費了半天腦細胞但是想不明白的一件事。
朱元璋製定了嚴酷的法律，規定當時的刑罰限於笞、杖、徒、流、死五種，從字麵上也很容易理解這五種刑罰，笞就是鞭打，杖就是棍打，徒就是監禁，流就是流放，死就是處死。
客觀來說，在封建社會這些刑罰並不算重。這也是朱元璋考慮到前朝的刑罰過重而作出的一種改進。
但是朱元璋並不是個按套路出牌的人，在對付貪官汙吏和反對他的大臣上，他依靠的絕不僅僅是這幾招。這也是讓那些大臣聞風喪膽的地方，自己犯了法，按照規定處罰不會很厲害，但是朱元璋經常出其不意地使出一些混合招數，給自己用些別人沒見過也沒用過的措施，真真是不可思議。在老朱越殺貪汙的人越多的情況下，他是怒從心中起，惡向膽邊生，把一些真正富有想像力和高度技術含量的發明用在了實際生活中。實施的刑罰中，最有名的莫過於淩遲，就是把人綁在柱子上，用刀慢慢割，那是個細工活兒。如果行刑的人技術好，那受刑者就要受苦了，據說最高紀錄是割3000多刀，把肉都割完了人還不能死。除此外，老朱還發明了所謂的抽腸（在肛門處將人的腸子抽出，直到掏空內髒）、刷洗（將不斷沸騰著的開水澆在人體上，然後用鐵刷子刷，直到剩下一具骨骼，殘忍）、秤杆（用鐵鉤將人心窩鉤住後吊起示眾，直到風幹）、閹割、挖膝蓋等等。聽起來真的覺得不是一般的殘忍，是相當殘忍。
但是人的欲望是填不滿的溝壑，即使老朱想出來的這些招數，讓人死的很藝術，聽起來讓人生畏，但是官員們仍然前腐後繼，活像一群敢死隊，成群結隊地走到朱元璋的刑具下。
據統計，因貪汙受賄被殺死的官員有幾萬人，到洪武十九年（1386），全國十三個省從府到縣的官員很少能夠做到滿任，大部分都被殺掉了。在當時當官未必是件好事，能平平安安地活到退休就算是功德圓滿的，完全可以自豪地說一聲阿彌陀佛。