這個時候，李世民才後知後覺，大驚失色，對著房玄齡說道：“你要是不說，我差點就失去此人了。”
於是當即把杜如晦征為自己的幕僚了。你別當官了，跟我混黑社會吧，到時候我混出頭，有你一半的功勞。於是，杜如晦就這樣被李世民坑蒙拐騙上了船。
但對於杜如晦來說，能侍奉明主，引為親信，又何嚐不是一種證明自己的機會呢。於是在此後，征討：薛仁杲、劉武周、王世充、竇建德，都是隨軍出征，參謀帷幄。
時軍國多事，忙多必然出錯，這個時候，當局者迷，那麼就特別需要一個旁觀者，可是都是局中人，上哪兒找旁觀者呢？
杜如晦便擔任起了秦王府的旁觀者，他入局不迷局，時常為李世民剖析事情的本質，決斷群臣的謀劃，如果說帝王的本質就是選擇題和判斷題，那麼杜如晦就是在旁邊，告訴帝王，這個判斷題要選什麼的人。我要有這樣的人，當年也不至於英語全靠蒙了。不過，你換杜如晦來，他也得靠蒙，蒙著蒙著蒙的煩了，說不定就跟李世民說：媽的，什麼鳥語言，敢不學中國語言，滅了！
於是杜如晦深受當時秦王府的眾人所服，頗有演義裏諸葛亮火燒新野之後，折服關羽張飛的意思。
在平定了這麼多人之後，李世民被封天策上將，允許其開府，而杜如晦也官拜從事中郎，秦王府十八學士，杜如晦為之冠首。懷忠履義，身立名揚。
不過有一則趣事，杜如晦生性張揚，他曾因為在李淵寵妃尹德妃父親門前，騎馬而過，被家奴攔住了馬匹，拉下馬來打了一頓。並且質問杜如晦：“你是何人？敢過我家門前不下馬？”
我很難評，這到底是杜如晦的張揚，還是尹德妃的張揚。之後，尹德妃的父親害怕杜如晦把這件事情捅到李淵那裏，於是他惡人先告狀，直接讓尹德妃進讒言說杜如晦欺負他。李淵甚至要問罪杜如晦，在李世民慟哭流涕的求情之中，杜如晦才幸免於難。你換房玄齡來，肯定就沒這回事兒，他那性子，估計都不敢騎馬。
但這也更加堅定了杜如晦要讓李世民登掌大位的決心。
杜如晦這樣的能臣，跟房玄齡一樣，同樣也遭到了隔壁李建成的忌憚，他對齊王李元吉說道：“秦府中所可忌憚者，唯有杜如晦與房玄齡。”
因此，在李建成的讒言下，杜如晦跟房玄齡一塊兒被趕出了京師。兩人的遭遇就是如此相像。
但不久，他倆就喬裝打扮，冒死進京，為李世民謀劃玄武門大計，有杜如晦跟房玄齡在身邊，總讓李世民覺得十分安心。好像天下也不過彈指之間。
玄武門之後，杜如晦與房玄齡並列功居第一，跟房玄齡當了同一個官兒——太子左庶子。
在改元貞觀之後，杜如晦入主兵部尚書，進封蔡國公。奇了怪了，怎麼一個文臣，能當兵部尚書呢，李靖侯君集都當不了麼？功勞這麼大，總該給個三省長官吧？
這就要說李世民當時的想法了，我們之前說過，秦王府內部在贏得玄武門之變後，已經開始居功自傲，以袂指天，以手畫地。拿著衣領指著天，兩手背在後麵指著地，簡直是拿鼻孔瞪人了。你當他入主兵部，他能把軍需物資全給貪了。秦王派的人，就沒有幾個在貞觀時期不貪的。
這個時候，兵部就顯得極為重要了，既不能是武德派的人，也不能是太子派的人，這兩派的人不熟，萬一來個忠心為主，反民複成，那不玩脫了麼。
於是杜如晦這種寵辱不驚的臣子，就成了掌管兵部最好的人，同時，因為突厥南下，兵部事情太多，除了杜如晦，李世民一時間也找不到更加合適的人選。兵部就是一個對於戰爭形勢判斷的機構，他可以不懂戰術，但一定要知道戰略。通俗一點說就是，你可以不知道這座城池怎麼打下來，但你一定要知道現在要打哪座城池。
所以杜如晦這種善於決斷軍機大事的臣子，就被安排進了兵部。
從此事可以看出，房杜深受重用，將兵部所有事情，交給杜如晦，這已經是莫大的信任了，很多時候，兵部尚書都是宰相兼任，並不單獨設立，譬如李靖，就曾以中書令兼任兵部尚書。
但談起房杜，還是離不開封倫，杜如晦也如同房玄齡一樣，對這位老前輩走的近親，同樣，杜如晦也遭到了蕭瑀的彈劾。
哎，互補之人，連這種事兒都是一模一樣，真是天生的一對。
但是比起房玄齡那種唯唯諾諾，謹小慎微，杜如晦就硬氣許多了，你彈劾我？那你彈劾好了。你有本事就把我彈劾回家，我大不了繼續當我的京城少爺。
於是蕭瑀的彈劾，並沒有起到什麼負麵影響，倒是在貞觀二年，僅僅一年之後，杜如晦就身兼三職，以兵部尚書，代理門下省長官，也就是侍中，並且兼任六部之首——吏部尚書。
六部的順序是吏部、戶部、而後兵部、刑部，最後是禮部、工部。官員升任大概是禮部轉一圈，然後刑部轉一圈，然後跳一跳，戶部轉一圈，最後再到吏部。六部明麵上沒有隸屬關係，但是潛規則是十分明顯的，甚至都不叫潛規則了，那都不藏著掖著了，還叫什麼潛規則。一個吏部侍郎，甚至可以在工部尚書麵前頤指氣使。