當前國家對外資企業內銷實行配額製度。簡單地說，就是外資企業生產的產品用於外銷與內銷之間有一個比例規定。內銷配額的大小一般是根據外資企業的員工人數、工資水平、產量等因素而決定。這對於大型外資企業來說，問題不大，但是對於小規模的外資企業來說，要獲取內銷配額，就比較困難（Yang，2006）。在這樣的政策下，珠三角等地就出現了“香港一日遊”的奇怪現象。即一些沒有內銷配額的外資企業為了供應當地的其他外資企業，先把產品出口到香港，第二天再以進口的方式運到在大陸的客戶那裏。這樣的結果無疑會對企業的效率產生負麵影響。於是，一些外資企業就選擇自己生產部分零部件，以降低對外部供應的依賴。這也是一些當地外資企業出現垂直整合的重要原因之一。
一些製度當初的製定目的是為了促進外銷和規範外企投資行為，最後卻成為阻礙內外資建立聯係的阻礙。比如，外資企業在本地進行加工貿易，可以享受到稅收優惠政策，如保稅監管或先征後退。若外資企業與內資企業進行上下遊的合作，內資企業需要先申請自營進出口權，因為在內資企業沒有外銷權或者外資企業沒有辦理內銷權的情況下，是不能實現的。即使具有相關的內外銷權，其產業合作仍然需要受到海關的監管。這一過程不但手續繁複，而且還要補充征收相關稅款。這一切都給外資企業和內資企業增加了許多學習成本和交易成本，形成了內外資之間難以逾越的鴻溝。這非常不利於內外資之間的生產轉包，內外資原料零部件相互供應也相當困難。另外，對於具有內外銷權的外資企業，為了避免外資企業串料而逃稅，海關製度規定實行內銷的外資企業需要將生產功能分開管理。在實際操作中，無論是內資企業或是外資企業，由於企業生產的稅收管理問題，需要將內銷產品的生產功能和外銷產品的生產功能分開管理，各自核算。這無形中增加了企業的經營成本，即使內外銷的產品完全一樣，也需要各自獨立的機器設備進行生產（王緝慈，2005）。這對於企圖進一步開拓國內市場的外資企業來說，事實上形成了一大製度障礙。
2.阻礙了外資企業的升級。
以東莞“三來一補”企業的發展為例。東莞集聚了大量的“三來一補”。“三來一補”企業沒有獨立的法人資格，隻能做加工，沒有原料的采購自主權以及銷售的自主權，因而長久以來受到有關部門的輕視，升級乏力。其實，現時部分“三來一補”企業已接近於“不設注冊資本的合作企業”。外彙局不允許外商彙入資金購買國內設備，這種做法不利於帶動國內設備的出口和銷售，同樣也不利於“三來一補”企業的技術升級。來料加工具有審批手續簡單，辦事效率較快的優勢，由於增設備或退設備的手續簡化，來料加工廠更有利於更新設備和技術，達到升級的目的。來料加工廠內一樣可以設立研發部的，而且，經外商委托，一樣可以在國內采購料件，一樣可以更新設備和技術，不斷提升工廠的生產技術水平（王緝慈，2005）。
3.阻礙了本地企業的成長。
與本地企業嵌入全球價值鏈的門檻越來越高不相協調的是，我國許多製度一直並不利於中小企業成長。比如，內外資稅率差異使內資企業處於競爭的劣勢地位。大量的內資企業本來就先天不足，加上人為施加的歧視性高稅負以及各種法律、法規上的限製，事實上產生了抑製內資企業發展的效應。有統計數據顯示，在政府的稅收方麵，東莞的內資企業比外資企業高出10%以上的稅率（王緝慈，2005）。於是一些內資企業通過各種辦法，如通過香港、維京群島等自由港變成為外資再返投資東莞。一些內資企業變不成外資，就與外資合資。即所謂的“內資外資化”現象。又如，融資難一直是我國中小型企業和民營企業遇到的老大難問題。民營企業無論是規模擴大，或是技術研發，都麵臨著資金不足的問題。僅僅靠自身的積累來升級成長，其難度非常大。再如，國家實施的“抓大放小”的國有企業改革政策帶來兩個結果：一方麵，如上麵所述，小企業受到忽略；另一方麵，鼓勵了大企業走上垂直整合的道路（甚至有“拉郎配”，“好幫壞”的現象）（王振寰，2005），而並不鼓勵建構地方的生產網絡。兩方麵無疑都不利於內資中小企業的成長和技術能力的提升。